Category Archives: 東大医学部論文不正疑惑

Ordinary_researchersの告発２通め11論文

東大の論文不正を告発する文書が2016年8月に2回に分けて東大などの関係各所へ送付されました。１つめの告発文書の論文は以前紹介しましたので(記事）、2016年8月29日の２つめの告発文書に記載された論文を紹介します。

小室一成氏の研究室より出された論文

Nature Communications 7, Article number: 11635 (2016) doi:10.1038/ncomms11635 Published online:18 May 2016. HIF-1α-PDK1 axis-induced active glycolysis plays an essential role in macrophage migratory capacity. Hiroaki Semba, Norihiko Takeda, Takayuki Isagawa, Yuki Sugiura, Kurara Honda, Masaki Wake, Hidenobu Miyazawa, Yoshifumi Yamaguchi, Masayuki Miura, Dana M. R. Jenkins, Hyunsung Choi, Jung-whan Kim, Masataka Asagiri, Andrew S. Cowburn, Hajime Abe, Katsura Soma, Katsuhiro Koyama, Manami Katoh, Keimon Sayama, Nobuhito Goda, Randall S. Johnson, Ichiro Manabe, Ryozo Nagai & Issei Komuro 問題点：エラーバーの長さが2種類のみの図

International Heart Journal Vol. 57 (2016) No. 2 p. 198-203. http://doi.org/10.1536/ihj.15-332. Shorter Heart Failure Duration Is a Predictor of Left Ventricular Reverse Remodeling During Adaptive Servo-Ventilator Treatment in Patients With Advanced Heart Failure.Teruhiko Imamura1), Koichiro Kinugawa1), Daisuke Nitta1), Issei Komuro2) 1) Department of Therapeutic Strategy for Heart Failure, Graduate School of Medicine, The University of Tokyo 2) Department of Cardiovascular Medicine, Graduate School of Medicine, The University of Tokyo. Released on J-STAGE 20160322   [Advance Publication] Released 20160311. 問題点：奇妙なまでに一致する平均値とSD　PubPeer.comでの議論：https://pubpeer.com/publications/26973264

Scientific Reports 5, Article number: 14453 (2015) doi:10.1038/srep14453. Published online: 25 September 2015. Angiotensin II receptor blockade promotes repair of skeletal muscle through down-regulation of aging-promoting C1q expression. Chizuru Yabumoto, Hiroshi Akazawa, Rie Yamamoto, Masamichi Yano, Yoko Kudo-Sakamoto, Tomokazu Sumida, Takehiro Kamo, Hiroki Yagi, Yu Shimizu, Akiko Saga-Kamo, Atsuhiko T. Naito, Toru Oka, Jong-Kook Lee, Jun-ichi Suzuki, Yasushi Sakata, Etsuko Uejima & Issei Komuro 問題点：Fig.7　完全に一致するエラーバーの長さ　PubPeer.comでの議論：https://pubpeer.com/publications/26571361

Scientific Reports 6, Article number: 25009 (2016) doi:10.1038/srep25009. Published online:05 May 2016. Activation of endothelial β-catenin signaling induces heart failure. Akito Nakagawa, Atsuhiko T. Naito, Tomokazu Sumida, Seitaro Nomura, Masato Shibamoto, Tomoaki Higo, Katsuki Okada, Taku Sakai, Akihito Hashimoto, Yuki Kuramoto, Toru Oka, Jong-Kook Lee, Mutsuo Harada, Kazutaka Ueda, Ichiro Shiojima, Florian P. Limbourg, Ralf H. Adams, Tetsuo Noda, Yasushi Sakata, Hiroshi Akazawa & Issei Komuro 問題点：繰り返される数字；均一化された背景

 

渡邊嘉典氏の研究室より出された論文

Cell  123(5):803–817; 2 December 2005.DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2005.09.013 The Kinetochore Protein Moa1 Enables Cohesion-Mediated Monopolar Attachment at Meiosis I. Shihori Yokobayashi ,Yoshinori Watanabe 問題点：異なる実験なのに非常に良く似た画像；不自然に揃うネガティブデータと縦軸が違うのに揃う高さ　PubPeer.comでの著者らの回答：https://pubpeer.com/publications/16325576

Nature 455, 251-255 (11 September 2008) | doi:10.1038/nature07217; Received 8 April 2008; Accepted 27 June 2008; Published online 17 August 2008. Heterochromatin links to centromeric protection by recruiting shugoshin. Yuya Yamagishi, Takeshi Sakuno, Mari Shimura & Yoshinori Watanabe 問題点：異なるSDを持つ同一データ；背景が均一なウェスタンブロット画像；背景が均一化された蛍光顕微鏡画像；グラフのデータは実在するのか？；切り貼りされ、縁の奇妙な酵母培養ディッシュ

Science 08 Oct 2010:Vol. 330, Issue 6001, pp. 239-243 DOI: 10.1126/science.1194498. Two Histone Marks Establish the Inner Centromere and Chromosome Bi-Orientation. Yuya Yamagishi, Takashi Honda, Yuji Tanno, Yoshinori Watanabe 問題点：数学的にあり得ないSD

Nature Cell Biology 12, 500 – 506 (2010)  Published online: 11 April 2010 | doi:10.1038/ncb2052 Shugoshin–PP2A counteracts casein-kinase-1-dependent cleavage of Rec8 by separase. Tadashi Ishiguro, Koichi Tanaka, Takeshi Sakuno & Yoshinori Watanabe 問題点：部分的に諧調を変更した培養ディッシュ；粗雑なグラフ　PubPeer.comでの著者らの回答：https://pubpeer.com/publications/20383139

Nature 2011 Jun 1;474(7352):477-83. doi: 10.1038/nature10179. Condensin association with histone H2A shapes mitotic chromosomes. Kenji Tada,Hiroaki Susumu,Takeshi Sakuno & Yoshinori Watanabe 問題点：エラーバーが調節された可能性；ノイズが消失した背景；その他グラフについて

EMBO Reports 2011 Oct 28;12(11):1189-95. doi: 10.1038/embor.2011.188. Acetylation regulates monopolar attachment at multiple levels during meiosis I in fission yeast. Ayano Kagami, Takeshi Sakuno, Yuya Yamagishi, Tadashi Ishiguro, Tatsuya Tsukahara, Katsuhiko Shirahige, Koichi Tanaka, Yoshinori Watanabe 問題点：背景が均一なウェスタン画像

Science 2015 Sep 11;349(6253):1237-40. doi: 10.1126/science.aaa2655. The inner centromere-shugoshin network prevents chromosomal instability. Yuji Tanno,Hiroaki Susumu,Miyuki Kawamura,Haruhiko Sugimura,Takashi Honda, Yoshinori Watanabe 問題点：SDも含めて高さの同じデータ；データの10%に揃うSEM；背景が白紙の画像

 

Ordinary_researchersは、告発文書を東京大学、文部科学省、厚生労働省、JST,　JSPS,　AMED,　内閣府、掲載誌の編集部、マスコミ各社に送付したそうですが、私の知る限り、一般には公開しませんでした。誰がアップロードしたものかはわかりませんが、２つめの告発文書PDFへのリンクが２ｃｈで紹介されているのをたまたま見かけたので、ここに転載します。

注意：この文書で指摘された問題の一部に関しては、PubPeer.com上で議論されており、著者らが回答しているものもあります。そちらも合わせてご覧ください。

東京大学医学部および東京大学分子生物学研究所（以下，分生研）の研究者らが発表した論文について，8月15日に投函した告発に続き，ここに新たに追加の告発を行う．… 2016年8月29日 Ordinary_researchers　（http://toudai20168.up.seesaa.net/image/E69DB1E5A4A7E5918AE799BAE7ACACE4BA8CE5BCBE20-20E382B3E38394E383BC.pdf）

 

 

ベクター画像とは？

ベクトルデータの図は、Adobe Illustratorなどの作図ソフトで開くと、誌面上では1枚に見えるグラフが、X軸、数字、棒グラフのデータの棒の枠、塗りつぶしにするための黒い長方形、エラーバーを構成する横棒と縦棒など、いくつもの構成要素（オブジェクト）から成り立っていることがわかる。そして、個々のオブジェクトをずらしたり、消したりできるのだ。  (論文不正の告発を受けた東京大学（２）　その解析方法の衝撃YAHOO!JAPANニュース)

エラーバーの長さをチェックする方法

資料

  1. 告発文１ 5cvq.pdf　（12ページPDF　はじめに～ 2016年8月14日）
  2. 告発文２ 5cvr.pdf (5ページPDF　研究資金リスト 2016年8月14日)
  3. 告発文３.pdf （52ページPDF　 不自然なデータの指摘 2016年8月14日）
  4. 追加の告発文 http://toudai20168.up.seesaa.net/image/E69DB1E5A4A7E5918AE799BAE7ACACE4BA8CE5BCBE20-20E382B3E38394E383BC.pdf　(2016年8月29日)

 

参考

  1. 東京大学医学部付属病院 循環器内科(小室一成教授)
  2. KAKEN科学研究費助成事業データベース
  3. 渡邊研究室 東京大学分子細胞生物学研究所　染色体動態研究分野
  4. KAKEN科学研究費助成事業データベース
  5. 捏造、不正論文 総合スレネオ 34 ：0159名無しゲノムのクローンさん2017/02/18(土) 16:47:18.74
  6. 論文不正の告発を受けた東京大学（１）　どこまで調査をするのか？ (YAHOO!JAPANニュース詫摩雅子  | 科学ライター&科学編集者 2016/10/15(土) 16:00):”9月1日までに東京大学は2通目の告発書を受け取る。今度は2人の教授、11本の論文が挙げられていた。・医学部のE教授研究室から出ている2015年の3本と2016年の1本の合計4本・分子細胞生物学研究所（分生研）のF教授研究室から2005年から2015年に出された7本 ネットにはその前から流れていたようだが、大手メディアがこの件を報じたのは9月1日からだ。 “
  7. 論文不正の告発を受けた東京大学（２）　その解析方法の衝撃 (YAHOO!JAPANニュース 詫摩雅子  | 科学ライター&科学編集者 2016/10/15(土) 22:00)
  8.  

 

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西塚泰美先生曰く「すべての論文は 嘘だと思って読みなさい」

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本庶佑博士がＳＴＡＰ問題についてコメントした「新潮45」の記事（全文ＰＤＦ）の中で、他人の書いた論文を読むときの心得が説かれています。これから研究者を目指す人、大学院生にとっては必読の教育的な内容です。

子供の頃から、教科書や本の内容、新聞記事など、印刷されて世に出回っているものは「真実」であると信じて、疑うことを知らずに育って大人になってしまった人は、学術論文も当然真実だけが書かれていると思い込んでいるかもしれません。そのような素直で正直な性格の人は、要注意です。

中世イスラムの科学者イブン・アル＝ハイサムも、過去の科学者が書いた書物を鵜呑みにするなと戒めています。

真実を捜し求める者というのは、古い書物から学ぶ際に、書かれていることを性格的に信頼してしまうような人間ではなく、むしろ、自分が書物を信じてしまうことに疑いを持ち、書物から集めた事柄に問いかけるような人間である。

論拠や実演には従うが、あらゆる種類の不完全さや欠陥でいっぱいの人間の言葉には従わないような人間である。このように、科学者の書いたものを吟味する人間の義務というのは、もし真実を学ぶことが目的なのであれば、読んだこと全てを敵にまわすこと、書かれた内容の中核および周辺に注意を向けながら、あらゆる側面からその書物に挑むことである。

また、読んだ内容を批判的に吟味する際には、自分自身を信用しないようにしなければならない。そうすることにより、偏見や甘さに陥ることを避けることができよう。(イブン・アル＝ハイサム, 965-1040　訳：当サイト)

The seeker after the truth is not one who studies the writings of the ancients and, following his natural disposition, puts his trust in them, but rather the one who suspects his faith in them and questions what he gathers from them, the one who submits to argument and demonstration, and not to the sayings of a human being whose nature is fraught with all kinds of imperfection and deficiency. Thus the duty of the man who investigates the writings of scientists, if learning the truth is his goal, is to make himself an enemy of all that he reads, and, applying his mind to the core and margins of its content, attack it from every side. He should also suspect himself as he performs his critical examination of it, so that he may avoid falling into either prejudice or leniency.(イブン・アル＝ハイサム, 965-1040.https://en.wikiquote.org/wiki/Alhazen)

 

本庶先生いわく、

”しばしば秀才が陥る罠ですが論文に書いてあることがすべて正しいと思い一生懸命知識の吸収に励むあまり、真の科学的批判精神を失うという若者が少なくありません”

では一体どのような態度で他人の論文に接するべきなのでしょうか？

”重要なことは雑誌に公表された論文をそのまま信じてはいけないと言うことです。私は大学院の指導教官であった西塚泰美先生(元神戸大学長)から「すべての論文は嘘だと思って読みなさい」と教えられました。まず、疑ってかかることが科学の出発点です。教科書を書きかえなければ科学の進歩はありません。”

なぜ他人の論文を疑ってかからないといけないのか？それは論文を書いた科学者も所詮は人間のため、自分の思い込みによってデータを取捨選択してしまったり、データの解釈を誤ってしまう可能性があるからです。

”データの加工ということは多くの論文である意味で避けられないところがあります。例えば、顕微鏡下で見た写真の中で自分の考え方に合うと思われる一部分の場所を拡大したり、その部分を集めてくるという作業は意識的・無意識的に係わらず多くの研究者たちが行うことだと思います。通常はそれが意図的な変更でないことを別の方法で検証したデータをつけます。読む方としては当然そういうことも計算に入れて論文を読む必要があります。”

実際のところ、世に出回っている論文のうち、どれくらいの割合で間違いが存在するのでしょうか？

”私の大雑把な感覚では論文が公表されて１年以内に再現性に問題があるとか、実験は正しいけれども、解釈が違うとか、実験そのものに誤りがあるとか言った理由で誰も読まなくなる論文が半分はあります。2 番目のカテゴリーとしては、数年ぐらいはいろいろ議論がされ、まともに話題になりますが、やがてこの論文が先と同様に様々な観点から問題があり、やはり消えていくもの30％ぐらいはあるでしょう。論文が出版されてから20 年以上も生き残る論文というのはいわゆる古典的な論文として多くの人が事実と信じるようになる論文で、まず20％以下だと考えております。中には最初誰も注目しなかったのに５～１０年と次第に評価が上がる論文もあります。”

以前、「医学生物学論文の70%以上が、再現できない!」というネイチャーの記事が話題になりましたが、ウソや間違いが論文発表されている割合は思いのほか高いようです。

STAP細胞はまだ詳細な調査報告結果が発表されましたが、不正の疑義が呈されても、「研究不正はなかった」の一言で誤魔化して、実験が正しく行われていた証拠を一切見せない大学もあります。そんな論文を信じていいいのかどうか、ご自分でご判断ください。

関連記事 ⇒ 東大医学部疑惑論文をフリーソフトで確認

 

参考

  1. STAP 論文問題私はこう考える （分子生物学会ウェブサイト内 ＰＤＦリンク 本庶 佑 元役員 2014年7月9日　新潮社「新潮45」July 2014 p28～p33より転載）
  2. NIH mulls rules for validating key results (31 July 2013):”…In a 2011 internal survey, pharmaceutical firm Bayer HealthCare of Leverkusen, Germany, was unable to validate the relevant preclinical research for almost two-thirds of 67 in-house projects. Then, in 2012, scientists at Amgen, a drug company based in Thousand Oaks, California, reported their failure to replicate 89% of the findings from 53 landmark cancer papers….
  3. ”白楽は、大学院生の頃から、論文を吟味しながら読む習慣がある。というか、まともな研究者は全部そうだろう。論文をハナから信じることはない。むしろ、間違っている点はどこか、不備な点・足りない点はどこかと思って読む。そうでなければ、その論文を越える研究ができない。他の研究者の研究成果は、まず、吟味する。しつこく、徹底的に吟味する。イヤラシイほど吟味する。そして、ほとんどの場合、間違っている点・不備な点・足りない点を見つけてしまう。”　（研究倫理　白楽ロックビルのバイオ政治学　研究界の不祥事の全体像）