スケールバーとは研究者であれば一生付き合っていくことになります。せっかく良い顕微鏡写真を持っていても、スケールバーが入っていなくて撮影条件(倍率)の記録がないと、論文発表に使えず泣く泣く諦めざるを得ません。
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スケールバーが無い写真の運命
But no scale bar…would never let my students publish it…
but seriously does anyone know what the radius of the ring is?
— David Schuster (@schusterqed) April 10, 2019
そんな、研究者にとっては切っても切れない縁のあるスケールバーですので、スケールバーに纏わる話題を纏めてみました。
病理学の世界におけるスケールバーの存在の耐えられない軽さについて
スケールバーがない顕微鏡写真なんて、プロの研究者としてはあり得ないと長年思っていました。これは、ほとんどの研究者の共通する感覚のはずです。
スケールバー!スケールバーをつけて!(職業病)
— 鈴木 誠也 (seiya suzuki) (@SSeiya60260) December 12, 2018
こういう画像はスケールバーを入れてほしい pic.twitter.com/fpr7absoHd
— うめよっしー (@Today_hey320) March 6, 2020
ですから、科学の世界にも、スケールバーが存在しない領域が存在していることに気付いたときは大変驚きました。
同様の驚きは、他者にも共有されているみたいです。
病理切片の論文ってスケールバーが無いのが多い・・・なんで?
— バイクくん@超お嬢様のパグ (@Micheletto_D) September 28, 2011
まさかと思って論文を見てみると。
下の写真は、Human Pathologyというインパクトファクターが2.735の雑誌のとある論文の中の写真ですが、確かにスケールバーがありません!
Fig. 5. Serous carcinoma, transitional cell carcinoma-like pattern. Ovarian tumors: a survey of selected advances of note during the life of this journal Author links open overlay panelRobert H.YoungMD, FRCPath Human Pathology Volume 95, January 2020, Pages 169-206
別の、American Journal of Clinical Pathology (AJCP) という雑誌(インパクトファクター=2.094)も見てみます。
Representative pulmonary photomicrographs. A, Low-power magnification of right lower lobe showing focal emphysema. B, Low-power magnification of left lower lobe showing emphysema occupied by mononuclear cells. C, High-power magnification of right lower lobe highlighting focal emphysema and near absence of mononuclear cells within alveoli. D, High-power magnification of left lower lobe showing alveolar spaces occupied by lymphohistiocytic and neutrophilic infiltrates that involved but did not expand alveoli. Positive Postmortem Test for SARS-CoV-2 Following Embalming in Confirmed COVID-19 Autopsy. American Journal of Clinical Pathology, aqaa220, https://doi.org/10.1093/ajcp/aqaa220 Published: 24 October 2020
これにも確かにスケールバーがありません。さらに驚くべきことに、図の説明には、「低倍率」とか「高倍率」という説明がなされています。
捏造論文におけるスケールバーの不存在について
Here is what I found. For the top 3 rows, the center/right images appear to match the control image on the left. #Nanoparticles pic.twitter.com/qd7moQKIoS
— Elisabeth #UneCinglée Bik (@MicrobiomDigest) September 9, 2019
スケールバー:15 nm
With our #DNA-PAINT Christmas tree, approximately 25 million times smaller than its real-world counter-part, we wish Season‘s Greetings and Happy New Year. pic.twitter.com/BUdEYQd7as
— Max Planck Institute of Biochemistry (MPIB) (@MPI_Biochem) December 22, 2017
スケールバー:100 nm
#Electrontomography of adherent #cells (#fibroblast). After ultra-thin sectioning (65 nm) I recognized round structures near the ventral #plasmamembrane. They are apparently associated with the #ER and were in close proximity to #mitochondria. Cold this be a #adhesion #structure? pic.twitter.com/SIr7K143xP
— Dr. Christian Lamberz (@Christi23003438) March 11, 2019
スケールバー:500 nm
Complexity at scale. Platinum replica EM of HeLa cell inner plasma membrane. Clathrin, caveolae, actin filaments, microtubules, vesicles, membrane proteins…. Scale bar is 500 nm. pic.twitter.com/kaRZGQW5r6
— Justin Taraska (@taraskalab) September 18, 2019
スケールバー:10 μm
That’s a pretty good image of Jupiter, but I’ll stick with cells . My scale bar is 10 microns, where is yours?
DNA=red, Golgi=yellow, Centrosome=blue pic.twitter.com/rsmhebtwH0— Nasser Rusan ناصر الروسان (@RusanLab) April 25, 2018
スケールバー:1 mm
3D画像表示ソフトウェア「Molcer」の新しいバージョン(v1.6)を公開しましたhttps://t.co/OXybaXpecA
MolcerPlus v1.6 で作成したmolファイルの表示が可能です
また、スケールバーの位置を調整しやすくなりました#CTスキャン #CT画像 pic.twitter.com/Z9a2OqjjPi— 有限会社ホワイトラビット (@XRayCT) May 18, 2020
昆研の友達が見つけたゴマダラチョウの卵。物凄く小さいのに等間隔で溝が彫ってあるのすごい。
スケールバーは1mm pic.twitter.com/PI7UOc6uj0— HAL9000 (@HAL900089624170) July 24, 2019
スケールバー:5 mm
スケールバーは5mmなので甲幅4mmほどで抱卵してる謎の極小オウギガニ
もうふぁーって感じ、調べる気が起きない pic.twitter.com/qUZSUr9gwS— メナシスト (@menashi_kushima) April 27, 2020
スケールバー:10 cm
Skybalonyx skapterについて説明してる記事なんだけど、標本写真のスケールバーマジなのかな。爪だけで20cm以上って相当デカいと思うんだけど。https://t.co/5QlTriVx2D pic.twitter.com/TNwwS6ySM1
— 間久部 緑郎 (@M_namunhuaiquii) October 15, 2020
スケールバー:1 m
Composite skeletal reconstruction of Camarasaurus supremus.
Scale bar is 1m for AMNH 5761a/Fm.1 pic.twitter.com/Kw3Klj3h5D— らえらぷす/ジュラルC (@GET_AWAY_TRIKE) November 12, 2018
スケールバー:1 km
At the edge of Olympus Mons (Mars)
Reprocessed from Viking 1 images
(Thank you, @NASA & @wikimedia)Original at:https://t.co/98yoPrKD6U pic.twitter.com/sBJEi8R7aW
— Mira Behn (@tbdnonymous) July 22, 2020
スケールバー:10 km
Final one: The hypnotic movements of the Padma River, #Bangladesh. Note the *10 km* scale bar! Source: https://t.co/sTBIf1aCN5 pic.twitter.com/DHIGQFuq8g
— Jason Loxton (@jason_loxton) January 7, 2020
スケールバーの持つインパクトについて
未だかつてスケールバーの記載がある消しゴムはんこの本が存在しただろうか、いやない(多分)#京楽堂コレクション pic.twitter.com/C8t5OeNwoL
— 京楽堂 (@kyouraku_stamp) May 6, 2019
スケールバーの入れ方
いまどきの顕微鏡は電動化されているため、写真をとったときにメタデータとしてスケールバー(画像の大きさ)が自動的に記録されることが多いと思います。しかし、自分はそういう類を信じられないたちなので、自分の試料の顕微鏡写真を撮ったあとは必ず最後にスケール(スライドガラスに刻みが入ったやつ)を撮影しています。実体顕微鏡であれば物差しの写真を撮っておきます。それで1㎜や100μmなどが何ピクセルかをImageJなどで調べて、スケールバーをImageJで作成しています。スケールバーを作成するといっても、自分の場合は単に長方形をつくってその部分を切り取るだけですが。もちろんスケールバーを入れていないオリジナルの写真もそのまま保存しておきます。
- ImageJで画像中にスケールバーを作成する方法 2020.09.30 とある理系博士学生のブログ