Category Archives: 研究の進め方

まだ自分のPCに実験データを保存してるの?

実験して得られるデータは、共用の測定機器や画像解析装置につながったPCのハードディスクドライブに一度保存され、ラボや大学の人たちに迷惑が掛からないようにそれらのデータを自分のPCにUSBメモリなどで移すというのが、一般的な流れではないかと思います。つまり、多くの場合、実験データはデジタルデータであり、それらは実験した研究者が所有するPCの中のハードディスクドライブやその研究者が所有する外部記憶装置(外付けハードディスクドライブ、USBメモリーなど)に保管されていると思います。このような研究データ管理をしている限り、その研究データは実験した本人にしか利用できません。また、研究不正が発覚した場合にも、オリジナルデータがそもそも存在していたかどうかが不明瞭なままになる恐れもあります。

さらに、実験した本人は気づかないだけで、そのデータにはまだまだ解析すれば面白いことが見つかるかもしれません。つまり、従来のように研究者個人が実験データを管理しているのは、非常にもったいない話であって、もしもこれらの研究データを第三者が二次利用できれば、新たな知見が生まれる可能性があり、研究に対する投資効果が今までよりももっと大きくなることが期待されます。研究データを他者が利用可能な状態で管理するほうが望ましいのです。そのような考えが世に広がっていることから、最近は、研究データ管理(Research Data Management; DRM)、データシェアリング、オープンサイエンスといった言葉をよく見かけるようになりました。

 

実験生データ、加工した中間ファイル、論文図表を研究所が保存・管理

大きな研究不正事件を2度も経験した東京大学の分生研(分子細胞生物学研究所)は定量生命科学研究所に衣替えしましたが、研究不正防止を目指した研究データ管理はかなり徹底しているようです。

  • 論文の基となったデータとして、計測機器などが出力した生データ生データを加工して得られた中間加工データ全て収集
  • 論文の原稿図表は論文受理から3日以内に、生データ中間加工ファイルは1カ月以内にアップロードすることを義務づけ

研究不正の反省から 独自の対策システムを開発 論文に関わる全ての研究データをアップロードして保管 NII TODAY No.85 Sep 2019

うえのウェブ記事を読むと、研究不正防止に賭ける定量生命科学研究所の本気度が伝わってきます。それに対して、臭いものにフタをしたままの東大医学部では、今でも相変わらず、実験値とは一致しない論文のグラフを”手作業”で作成しているのでしょうか?

  1. 東大医学部の疑惑論文等を画像ソフトで確認
  2. 医学系論文に関する報告がまだ済んでいない東大

 

データマネジメントプランの義務化

研究不正防止の観点も加味されているのだと思いますが、AMEDによる研究助成への応募書類の中には研究データ管理計画書(データマネジメントプラン、Data Management Plan; DMP)の提出も義務付けられています。

  1. データマネジメントプランの提出について 国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED) 平成30年3月14日 第4回研究経営評議会 資料 平成30年度より『データマネジメントプラン』提出を義務化 適用対象等 平成30年5月1日(調整中)以降にAMEDが新規公募する事業 記載事項 事業年度  事業名  研究開発課題名  研究から産出されるデータ及びデータ群の総称  研究開発データの説明  データサイエンティストの所属・氏名等   リポジトリ(保存場所)  その他必要事項(各事業の特性等に応じ設定)Q. データサイエンティストとは、どのような人ですか? A. ここでいうデータサイエンティストとは、「データ解析の高い能力を有し、かつ、 AMEDの研究目的を達成するためにデータの収集、質の確保、意味づけ、保存と活 用等を行う研究者」 のことを言います。
  2. 日本医療研究開発機構(AMED)データマネジメントプラン様式 Ver4.0 記載要領 令和3年 11 月策定 AMED は全ての委託研究開発事業の契約締結時及び AMED が指定する一部の補助事業(医 療分野の研究開発の助成を行うもの)の交付申請時において、データマネジメントプラン (以下、「DMP」という。)の提出を義務づけています。

 

研究データ管理とオープンサイエンス

オープンサイエンスとは、論文だけでなく研究データを含む研究成果の積極的な公開を通じて、研究成果の再現性・透明性を確保し、その再利用や分野横断型研究への発展を促進しようとする国際的なトレンドです。2013年G8科学技術大臣会合において「公的資金を得た研究データのオープン化」について共同宣言がなされたのち、統合イノベーション戦略において「オープンサイエンスのためのデータ基盤」が日本におけるイノベーションを生む重要な基盤になると言及されるなど、我が国でも重要な政策と位置づけられています。公的研究資金を受けた研究について、研究データの公開計画を含めた研究データ管理計画を提出することは今や世界の常識となりつつあり、日本でもJSTやAMED、NEDOで同様の取り組みが始まっています。(1. 設立の趣旨 設立の趣旨 情報処理学会 オープンサイエンスと研究データマネジメント研究グループ 設立日 2019年4月1日 )*太字強調は当サイト

  1. オープンサイエンス時代の研究データ管理 国立情報学研究所

研究データ管理と研究倫理

  1. 研究不正の反省から 独自の対策システムを開発 論文に関わる全ての研究データをアップロードして保管 NII TODAY No.85 Sep 2019
  2. Requirements Analysis of System for Research Data Management to Prevent Scientific Misconduct 船守美穂, 林正治, 込山悠介(無料抄録)

 

研究データポリシー

  1. 大学における研究データポリシー策定のためのガイドライン 大学ICT推進協議会 2021 年 7 月 1 日

研究データ管理とオープンサイエンスにおける利活用の潮流

  1. AMED 研究データ利活用に係るガイドライン 1.1 版 令和 3 年 3 月 国立研究開発法人 日本医療研究開発機構 令和 2 年 3 月初版
  2. 大学での研究データマネジメントの今 (Research Data Management)  研究データマネージメント部会 主査:青木学聡 (名古屋大学) 大学ICT推進協議会

研究データ管理ツール

  1. 研究データ管理基盤「GakuNin RDMの本運用を開始しました(2021.2.15)国立情報学研究所(NII)オープンサイエンス基盤研究センター(RCOS)

研究データ管理計画ツール

  1. https://dmptool.org/

 

参考

  1. 研究データ管理に求められる支援スキル・支援体制 古川 雅子 国立情報学研究所情報社会相関研究系/オープンサイエンス基盤研究センター 「はじめての研究データ管理とそのサポート」 2021年2月1日(月)13:00-15:00 国立情報学研究所
  2. オープンサイエンス推進のための研究データ管理講座の開発 国立情報学研究所オープンサイエンス基盤 NII RCOS /2020/06/08/
  3. オープンサイエンス時代の研究データ管理:第3週:メタデータ・法倫理的問題4 – 研究不正研究倫理 2018/02/15 国立情報学研究所(YOUTUBE)

 

研究の行き詰まりを打開する18のアイデア

実験するたびに思い通りの結果が得られて、研究がさくさくと進めば研究者の人生はとても楽でいいのですが、そんな風に物事がうまく運ぶことはそうそうありません。実験というものは、ほとんどが失敗の連続で、あれこれ手を変え品を変え条件検討をしていってようやくうまくいく実験条件にたどり着き、そこで初めてまとまったデータが出せてなんとか論文発表に漕ぎ着けるというのが、ありがちな研究の進み方なんじゃないかと思います(個人差あり)。

自分は研究が上手くいったことが少ないのでどれくらい参考になるかわかりませんが、ネット上の記事も紹介しつつ、研究に行き詰ったときに状況を打開する方法を考えてみたいと思います。

 

できて当たり前の実験ができなくて行き詰まる場合

実験手技の習得

実験が下手なせいでうまくいくはずの実験が上手くいかなくて行き詰まる場合には、確実な実験手技を身に付けることで問題が解決します。

大学院修士課程の頃は自分は、あとから振り返ると実験が下手くそでした。自分が最初に取り組んだ分子生物学実験なんて、ピペットマンでチューブからチューブへ溶液を移して、溶液同士を混ぜたり、チューブを遠心して上清を吸い取ったり、沈殿を溶かしたりする程度の操作しかしないので、人によってうまい下手が生じるなんてなさそうに思えるかもしれませんが、なぜか大きな差が出てくるものです。単純な操作でも手技の良し悪しでまず差がつきます。さらに、ひとつひとつのステップできちんとチェックをして、うまくいかなかったステップがあればすぐにそれに気づいて、すぐに戻ってやり直して着実に前に進んでいけるかどうかでも差がつきます。

できて当たり前の実験で失敗するのは、非常に大きなストレスです。自分は人より不器用ということはない、どちらかといえば手先は器用なほうだし、注意力や集中力もあるはずで、人にできて自分にできないことなんてあるわけがないという自信がどこかにあるからこそ実験科学の道に入ったわけなのです。ところがいざ実験を始めてみると、先輩たちがすいすいとこなしている実験がなぜか自分がやるとうまくいかないということを経験しました。

実験操作には確率でぶれるようなことはないので、うまくいくにも失敗するにも再現性があると思います。うまくいく方法でやれば、誰がやってもうまくいくはずなのです。できるはずの実験ができないで行き詰ったときは、その実験が上手くできている先輩や同僚に頼んで、一連の実験操作を見せてもらうか、実際に一緒に実験をやってもらうか(見てもらう)するのが良いと思います。失敗の原因に気付くことができるかもしれませんし、特に心当たりがなかったとしても、ちょっとした何かが自分の中で無意識であっても修正されて、それ以降かならずうまくいくようになるものです。

腕が悪くてうまくいかないときのほとんどは、実験の段取りが悪くてスピーディーさにかけるときである。‥ 何度も同じ実験を繰り返していると突然うまくいくことがあるのは、その実験に慣れて効率よく早くおこなえるようになるからである。研究が進むひとは、実験も早いし正確だ。ここで小結。うまくいくはずの実験がうまくいかないときは、操作は正確にスピーディーに。(研究につまづいたら 東原和成 ┃ 化学 ┃ 2009年2月号 )

 

うまくいってほしい実験が上手くいかなくて行き詰まる場合

ひとつひとつの実験のステップはうまくできているはずなのに、期待通りの結果が得られないことがあります。その場合には、何かcriticalな条件があることに気付けていないか、あるいは、作業仮説がそもそも間違っているという2つの可能性が考えられます。

うまくいく実験条件を突き詰める

criticalな条件を探すというのは実は研究における通常のことなので、決して行き詰っているわけではありません。これは考え方を変えることです。取りこぼしがないようにあらゆる可能性を最初に考えてから条件を絞り込んでいくしかありません。

うまくいく方法を見つけるためには、なぜうまくいかないのか、どうすればうまくいくのか、原理的な部分にまで降りて行って考えるしかありません。

研究テーマに対する行き詰まり感は消えず、むしろそれは強まる一方で、‥ その分野の研究の第一人者の論文をその人が学生であったころまでさかのぼって、調べてみたりもしました。‥ いつ研究のブレークスルーとなる論文を出したか、それはどのような理由によるか、という点に着目して論文を読み直してみました。(研究者への軌跡 古本 強 広島大学理学部・大学院理学研究科)

 

仮説を修正する・仮説を捨てて新しい仮説を考える

自分が考えた仮説が間違っている場合には、それを実証しようとしても全てが徒労に終わることもあります。古い話で恐縮ですが、ゲノムが全て解読される前の時代では、一つ重要な遺伝子が見つかると、そのファミリーメンバーとなる2番目、3番目の遺伝子を探すというのが研究を発展させる常套手段でした。しかしタイプ1以外に、タイプ2,タイプ3などが存在するのかどうかは、その答えは見つけてみないかぎり 誰にもわかりませんでした。タイプ1を見つけたラボで、新しく入ってきた大学院生にタイプ2以降を見つけさせる実験テーマを与えた場合、タイプ1よりも重要な機能をもつタイプ2や3を見つけることができてヒーローになれるかもしれません。逆にその遺伝子がゲノム上にそもそも1つしかなかった場合には、何も見つけられず全てが徒労に終わる危険性もあります。

仮説によっては、その仮説を反証できるような実験が考えられることもあり、それをやってみるというのも一つのアイデアです。作業仮説が間違っている(間違っていそう)場合には、仮説を修正するか、どこかで見切りをつけてその仮説はあきらめて別のことを考えるかが得策です。仮説を捨てられなくてズルズルとお付き合いするとどんどん時間が無駄になります。いわゆるサンクコストの増大です。仮説をもっともらしいものに修正するというのは、研究における通常の作業です。

間違った予測のもとに、間違った力点が置かれた実験をやったとしてもね、実験結果として出てくるのは、いつでも客観的なファクトのわけですよ。間違った仮説のもとに実験をやっていれば、当然はじめのうちは予測と実験結果がずれてくるわけです。そういう場面にぶつかったときにどうするかで、正しい方向に戻れるか、どんどん間違った方向に深入りしてしまうかが分かれる。(立花隆・利根川進『精神と物質』)

 

再現性が得られなくて行き詰まる場合

細胞や組織をすりつぶしてサンプルを調整して行う生化学実験などは、同じロットのサンプルで実験を繰り返す限り、再現性は比較的高いものです。しかし、動物個体などを使った実験の場合は、個体ごとのばらつきが大きく再現性が悪くなっていきます。自分の経験だと、個体の例数を増やすほどバラつきが大きくなったり、実験条件を精密にしていけばしていくほどバラつきが大きくなるようなことがありました。いい加減な実験をしている人間のほうがよっぽど対照群と実験群との差が出るんじゃないかと思ったほどです。

個体でバラつきが大きくなる理由としては、実験する時刻の違い、個体の栄養状態の違い、発生時期の違い、遺伝学的な背景の違いなど、いろいろあると思います。個体差の大きさに関しては、10人の人に同じ言葉を投げかければ、10人10通りの反応が返ってくるであろうことからも想像できると思います。

バラつきに対処するためには、まずは野生型(対照群)に関して実験をして、バラつきの大きさを把握しておく必要があります。「介入実験」をした場合に有意差が出るかどうかは、欲しい差の大きさを決めて、差があったときに差が検出できるサンプルサイズを予め計算しておくのがよいでしょう。そのサンプルサイズが現実的に実行不可能な大きさになってしまうのなら、その実験には手を出さないことです。

遺伝学的な背景が均一な系統で実験するなどの工夫も可能かもしれません。ただしその場合は、いわゆる外的妥当性が低いという欠点からは逃れられません。

 

作業が膨大過ぎて終わりが見えなくなり行き詰まる場合

人の手を借りる

いまどきの科学研究は、網羅的にやるのが当たり前になってきています。そうなると一人あるいは少人数で網羅的にやるのはなかなか大変でしょう。その場合の解決方法としては、人の手を借りる、マンパワーを投入するというのが一つの方策だと思います。腐らずに一人で頑張っていれば、ボスが見かねて技術員をつけてくれるかもしれません。いっそ頼み込んだら、すぐにでも考えてくれるかもしれません。

実験を自動化する

誰もが応援を頼める立場にいるわけではないでしょう。個人が抱える問題を個人で解決するしかない場合には、実験や測定、観察などを自動化してしまうという方法もありえます。

実験を自動化する場合には、それ相応のハードとソフトが必要です。その開発にまた時間がかかるため、自動化する手間と手作業でやる手間とを天秤にかける必要はあります。しかし実験作業をうまく自動化できれば、自分がやらなくてもラボテクニシャンや学生に実験をまるごと任せることもできて、研究の効率化、進展には大きなアドバンテージがあります。

 

研究が行き詰まっている原因がわからない場合

人に相談する

研究が行き詰まっている原因がわからない場合は、自分一人で悩んでいても仕方がないので、ラボメンバーに相談してみましょう。研究の進捗状況を報告するためのラボミーティングが定期的にあるでしょうから、自分の番で自分の状況をありのままに話してみてアドバイスを請うのも一つの方法です。うまくいっていない現状をきちんとみなに説明すれば、客観的な意見が貰えると思います。誰からもいいアドバイスがもらえなかったのであれば、その研究テーマ、その研究方法をそのラボでやること自体が、賢明でないのかもしれません。

研究初心者の場合は、ポジコンやネガコンといった、対照の置き方がまずいせいで実験が進んでいない可能性も大いにあります。

関連記事 ⇒ 実験の正しい進め方 ポジコン、ネガコンの重要性

 

研究のアイデアが浮かばない場合

よく寝る

研究のアイデアが浮かぶかどうかは、本人の頭の出来にもおおい依存すると思いますが、どれだけ関連論文を読み込んだか、どんな分野の勉強をそれまでしてきたかにもよります。また、頭を取り換えるのは無理だとしても、その頭がどれくらい冴えた状態か、というのも大事です。そのために役に立つ方法としては、まず十分な良質な睡眠を確保する、関連しそうな文献を読み漁る、周辺分野の勉強をする、古典的な教科書を読んでみるなどが考えられます。

 

研究で行き詰らないテーマを最初から選ぶ

枯れた方法を使う

研究で行き詰ったときに打開する方法として、全く逆の発想で、そもそも行き詰らないような研究のやり方をやるということも考えられます。

枯れた実験方法すなわち十分に普及していて必ずうまくいく実験方法の組み合わせにより、まだ誰もやっていない新しいことに取り組むのが一つ。

仮説の検証結果がポジティブでもネガティブでも大きな意義があるテーマを選ぶ

結論がどっちに転んでも論文になるようなテーマを選ぶのも一法です。

結果が必ず意味を持つテーマを選ぶ

何かのパラメータを決定するといった、かならず結果が得られることを手掛けるのも一つの方法。

目的と方法がひっくり返っている場合には是正する

何か新しいことを明らかにしたい場合に、それに必要な方法論の開発に何年も費やすことがあります。その場合、方法論の開発自体にもそれなりの労力がかかるため、研究に行き詰ったときに本来の研究の目的がおろそかになってしまい、方法の開発が目的になっていてしかもそれがどつぼにハマってしまっているということがあります。その場合、実は目的を達成するためには別の方法が存在することもあります。例えば、ベストではないけれども従来からある方法をなんとか使って目的を達成するとか、あるいは、他所のラボが開発した方法を借りてきてやってみるなど。確かに新しい方法を確立するとそれ自体も研究成果なのですが、良いジャーナルに論文を掲載させるためには、その方法を使って新しいことを示すことが要求されるのが普通です。

方法に走るか、本来の目的をとりにいくかは、場合によっては悩ましい選択になります。

 

行き詰った研究テーマを手放す

損切りの判断は難しいのですが、現実的な年数でものになりそうにないテーマはスパッと諦めて、うまくいきそうなテーマに切り替える潔さも大事だと思います。研究テーマがひとつしかないとやめるのが難しいので、常時複数のテーマを走らせておいて、最初に上手くいき始めたテーマに全力を注いで論文にまでもっていくというのが良いのではないかと思います。

 

気分転換をする

夏であれば夏休みをしっかりと取るとか、ゴールデンウィークであれば世間の人たちと同じようにしっかり休むとかして、研究とは関係ない古い友達に会うなどするととても良い気分転換になります。研究に行き詰っていると視野が狭くなりがちで、良いアイデアも浮かんでこないので、まずは心身をリラックスさせることをしてみるのがいいと思います。

休んだからといって中断していた研究が突然進展したりブレークスルーが起きたりするとは思いませんが、正しい判断をするためには心身が健康な状態であることが必要です。

 

環境を変える(ラボを移る)

同じ場所に何年もいて研究がなかなかうまくいかない場合、思い切って研究環境を変える、すなわちラボを移るのも一つの手だと思います。自分や自分の家族にとってその国での生活が合わないのかもしれないし、PIとの相性が良くないのかもしれないし、そのラボの雰囲気が合わないのかもしれません。テーマが良くないのかもしれません。別に何も悪いことはなくて、いい環境のはずなのに、結果が出ないということもあるでしょう。何年も同じラボにいると、どうしても「慣れ」が生じて、フレッシュな緊張感は失われます。研究を進展させるうえでそれがいい方に転べばいいのですが、結果が出ないのなら、何かを変えてみるのも一つの方法です。もちろん、結果が出るまで同じ努力を積み重ねる必要があることもあるので、そのあたりの判断は難しい場合もあります。

規則正しい生活をする

研究者は結果が全てなので、別に朝遅くラボに来ようが午後早い時間に帰ろうが、結果が出ていれば誰も文句は言いません。しかし、そうは言っても、成果を挙げている研究者の多くは規則正しい生活をしていると思います。

自分は大学院生の頃、やることなすこと全てどつぼにはまってしまい、朝起きられなくなってラボに出る時間がどんどん遅くなっていってしまったことがあります。今から考えるとあれは結構抑うつ状態だったのかもしれないと思います。大学院生がラボに来なくなって、ついにはやめてしまうという話は全く珍しいものではありません。実験が順調でない場合は大学院の生活は大変なのですが、なんとか生き残るためにはまず生活を整えることが大事だと思います。実験がうまくいこうがうまくいかなかろうが、決まった時間に起きて、決まった時間にラボで仕事を始めて、決まった時間に帰り、夜はぐっすりと眠るのが大事。

 

研究で行き詰らない人間になる

正直、自分には今でもよくわからないことなのですが、そばで見ていてもいつもリラックスした生活態度で涼しい顔をしているのに、論文をトップジャーナルにコンスタントに出し続ける研究者がいます。あるいは、トップジャーナルにコンスタントに出し続けるラボというものがあります。同じような研究分野にいて、同じような研究リソースを持っていて、同じような研究テーマをやっていて、いざ論文出版となるとなぜこのような大きな違いが生まれるのでしょうか。残念ながら自分は明確な答えを持ち合わせていません。しかし、研究で行き詰らない方法の一つは、研究で行き詰らない人間になることなのでしょう。

上で気分転換の重要性を述べましたが、実のところ、気分転換が必要ないくらいにのめり込める研究テーマを選び、24時間365日それに取り組むというのも時として大事なんじゃないかと思います。

関連記事 ⇒ 沼研の伝説的なエピソード (沼正作1929-1992)

 

研究を行き詰らせているメンタルなブレーキを外す

研究者はみんな研究を少しでも前に進めるべく毎日努力をしているわけですが、自分では気づかないうちにメンタルなブレーキがかかっているせいで研究が行き詰まっていることもあるかと思います。

そんな潜在意識レベルの障害がないか考えてみるキッカケになる本が、『なぜあなたの研究は進まないのか?』。とてもいい本で全ての行き詰っている研究者にお勧めですので、目次を紹介しておきます。目次の質問に対して自分なりの答えを考えるだけでも、気付きが得られるはず。

  1. 何のために研究しているか,明確な答えがあるか?
  2. 承認欲求が研究の第一のモチベーションになっていないか?
  3. 避けられない評価と競争をどう考えたらいいのだろうか?
  4. 目の前の疑問やテーマにすぐに飛びついていないか?
  5. 遠くの景色を見ているか?
  6. 「なぜ?」を大切にしているか?
  7. 頭でっかちになっていないか?
  8. 車輪を2度発明しようとしていないか?
  9. 「仮説」と「結果の予想」の違いが答えられるか?
  10. モデルとは何か理解しているか?
  11. 研究分野について総説・レビューを書けるか?
  12. モデルになる研究論文を見つけられたか?
  13. 身近に確立された「系」や「手法」で使えるものはあるか?
  14. 諸手続きは進んでいるか?
  15. パイロットスタディはデザインできているか?
  16. コントロールの重要性に気が付いているか?
  17. 自分1人でやろうとしていないか?
  18. 八方美人になっていないか?
  19. 研究で困難に直面し,辛い思いをするのは無駄ではないと知っているか?
  20. 殻に閉じこもっていないか?
  21. 直感を磨いているか?
  22. よく眠っているか?
  23. 一歩前に進んでいるか?
  24. 今できることで悩んでいるか?
  25. 感謝しているか?
  26. 逃げ道を用意しているか?
  27. 今やっている研究の意義と仮説を1分で説明できるか?
  28. 「ネガティブデータ」の意味に気が付いているか?
  29. 「常識」にとらわれすぎていないか?
  30. バックアッププロジェクトを準備しているか?
  31. パイロットスタディの迷路に迷い込んでいないか?
  32. 論文の形を作ってみたか?
  33. 実験や解析の部分さえ終われば,すぐに論文になると思っていないか?
  34. To doリストに優先順位を付けているか?
  35. 主任研究者(PI)としてbig pictureを描けているか?
  36. 夢・目標を共有できる「仲間」として,後進を引き受けられるか?
  37. 研究環境の改善や資金獲得には地道な努力が必要と認識しているか?
  38. 人のネットワークを広げることができるか?
  39. 人一倍勉強しているか?

 

なぜあなたの研究は進まないのか?』(アマゾン)

 

参考

  1. 研究につまづいたら 東原和成 ┃ 化学 ┃ 2009年2月号
  2. 研究に悩んだら図書館へ: 研究が進まないと感じたときに読む本 九州大学付属図書館 「なぜあなたの研究は進まないのか 理由がわかれば見えてくる、研究を生き抜くための処方箋」
  3. 私は大学院生の女です。YAHOO!JAPAN知恵袋 研究に行き詰まったときや、方法が思い当たらないとき、みなさんはどのようにして解決していますか?
  4. 行き詰まったときは、「世の中はどうなっているのか」を考えてみよう、というお話

ラボは何時間労働?ボスからの手紙

沼研には正月休みが1日しかなかったそうですが、そこまでとはいわなくてもボスはやはりポスドクにはできるだけ長時間働いて欲しいみたいです。似たような話があったので紹介。

下の記事によれば、カルテックや他のエリート大学ではこの程度の労働時間は通常だそう。

Note that in this missive, Carreira does not impose his own rules on Guido, but those of Caltech. In fact, sources assured me that such work practices were and still are perfectly standard at Caltech. Working in the lab late and on weekends was normal, everyone had to do it, as the sources said. Caltech used to be infamous for people working ungodly hours. Sometimes, lights were on in the labs even at 2 AM on a Saturday morning. Other US elite universities were not really much better, or same. (New JACS EiC Erick Carreira: “correct your work-ethic immediately” SEPTEMBER 6, 2020 For Better Science)

ちなみにこのエリック・カレイラさんは、この手紙がネットに出回り、時折話が蒸し返されることを非常に不快に思い実際かなり迷惑しているみたいですが、事態を収拾するためなのか、その後、この手紙に関して反省文のような声明を出しています。

  1. New JACS EiC Erick Carreira: “correct your work-ethic immediately” SEPTEMBER 6, 2020 For Better Science
     

大学院生やポスドクは何時間働けば良いのか

自分が大学4年生のときの隣のラボのボスは、「1日12時間も働けばクタクタになるよ」と言っていました。それを聞いて、このボスの期待は1日12時間くらいということなのかなと思いました。実際、こんをつめて12時間働くとクタクタになります。途中で息抜きをしながらだと12時間以上働くことは可能です。

自分が大学院のときは、朝8時半始まりで夜は特にルールはなかったのですが、みな終電(24時前頃)まで実験していました。一番早く帰る人が21時くらいに帰っていたと思います。それを見て、結果を出している人は21時に帰っても誰も文句を言わないんだなと思っていました。

自分がアメリカにポスドクで行ったときのラボは、朝は9時~10時の間にみな来ていました。夜は早く帰る人が18時半~19時頃。一番遅く帰る大学院生が21時頃。研究所の日本人のポスドクだけは夜中近くまでいることもあったようです。ただし、夜中に帰るのは安全上の問題があるため、”足”(車)があるかどうかで22時~24時の間に帰っていたのではないかと思います。土日は大学院生も既婚者のポスドクも、あまり来ていませんでした。自分がいたラボには、週末には日本人のポスドクとボスしかいなくて、ボスは「俺が大学院生の時は土曜も実験してたのになぁ。」とぼやいていました。しかし、夜遅くまで実験しろとか、朝早く来いとか、週末も来いなどと強要することは全くありませんでした。

日本の大学院生に比べればアメリカの自分のいたラボの大学院生は圧倒的に少ない労働時間だったと思いますが、セル、サイエンス、ネイチャー、それらの姉妹紙に大学院生が論文を出すようなアクティビティの高いラボでした。この違いは一体なんなんだろうとずっと不思議でした。正直言って今でもはっきりとはわかりません。ただ思うのは、やはりテーマ選びが一番大事なのだろうということです。面白くない仮説を検証しても良い論文にはなりません。だからといって当初のアイデア通りに事が運ぶことなどそうそうなくて、ボスが提示した研究テーマや実験がみなうまくいくということなど決してありませんでした。みな試行錯誤、暗中模索する部分は当然あって、その点に関しては、日本で研究していたときとなんら変わりませんでした。どこで違いが出てくるのかわからないのですが、どうやって良いストーリーにしていくかを実験データを見ながら柔軟に対応していたのかもしれません。あるいは、良いストーリーにならないようなテーマは見切りを付けたり、ストーリーを作るために最低限必要な実験(=必要性、十分性を示す実験)が実現可能なテーマだけに手を出すようにするなどの工夫があったかもしれません。少なくとも、ラボのボスが、手持ちのデータから最大限の知見を引き出す能力に長けていて、ストーリー性のある論文を書く能力が高かったのだろうとは思います。もちろん、エディターキックを回避して、査読にまわしてもらい、査読者の要求にひとつずつ答えていくという忍耐力や覚悟がどれくらいあるかも大事です。

結局のところ、論文を書くのに不必要な実験を何か月もやって無駄にする人もいますので、労働時間と生産性は必ず比例するというものでもありません。長時間労働してしまう学生の中には、実験を失敗したり、論文に必要ない実験をやってしまったりということに原因がある場合もあります。自分を振り返ってみたとき、がむしゃらに馬車馬のように働いたのにぜんぜん結果が出せない期間もありましたが、仕事量が結構落ちてるにも関わらずなぜか研究は順調に進んだ時期もありました。ただし、ストーリーが見えてきて論文が行けるとなったら、集中してアクセプトに漕ぎ着けるまで全速力でやるしかありません。

関連記事 ⇒ イシューからはじめよ【書評】

関連記事 ⇒ 研究テーマの選び方 21のポイント 

関連記事 ⇒ ネイチャー(Nature)に論文を出す方法 

 

 

参考

  1. 研究室メンバーに向けて書かれた恐ろしい手紙 2016年1月23日 アレ待チ
  2. エリック・カレイラ Erick M. Carreira ケムステ
  3. Something Deeply Wrong With Chemistry

臨床医のための 臨床研究テーマの見つけ方

臨床研究を行う理由

T医師が漠然と感じているような疑問は、臨床に携わっていると日常的に沸き起こってくるはずです。

「臨床研究」とは、このような漠然とした疑問を、検証可能な「リサーチクエスチョン」として構造化させ、科学的な手法を用いて解決していく過程です。そして疑問を解決していく中で、また新たなリサーチクエスチョンが生まれて来る。そのような連鎖が、臨床医学を前へと進める推進力であり、臨床研究のだいご味です。(臨床研究者育成プログラムのご紹介 東京大学医学部

病気を深く知ろうとする行為そのものが研究であると考えれば、よい臨床医になるためには研究という作業が必ず伴うのではなかろうか。(京都大学大学院医学研究科・医学部 皮膚科学 教授エッセイ

 

臨床研究テーマの見つけ方

臨床研究の大きな流れとしては、まず「後向き研究」からスタートして糸口をつかみ、「前向き研究」の「観察研究」で方向性を定め、さらに「介入研究(臨床試験)」で確認する、というのが王道ですね。…

こうした疑問点をガイドラインなどで調べても、エビデンスがはっきりしない場合がしばしばあります。こういう時こそ問題解決の一つのチャンスなので、さあ後向き研究をやろう、となるわけです。…

後向き研究をやってみると、何かしら解決すべき問題が出てきて、これを前向きに調べることになります。そこまでやると、自分のテーマとしてこれを突き詰めたくなる。(インタビュー第6回:神山 圭介 教授 「治験」と「臨床研究」の違い 慶応義塾大学病院臨床研究推進センター)*太字強調は当サイト

 

書籍

  1. 実践対談編 臨床研究立ち上げから英語論文発表まで最速最短で行うための極意 (すべての臨床医そして指導医にも捧ぐ超現場型の臨床研究体験書) 2018/4/18 原 正彦
  2. 臨床研究立ち上げから英語論文発表まで最速最短で行うための極意 (すべての臨床医に捧ぐ超現場重視型の臨床研究指南書) 2017/12/4 原 正彦

 

臨床研究 英語論文 最速最短は臨床医に研究を勧めて、実際にアイデアの出し方から論文アクセプトに至るまでの道のりをガイドしてくれる本なのですが、基礎研究しか知らない自分が読んでも非常に面白く、大変役立つ内容でした。自分の研究の一番のブレーキになる上司とのかかわり方であるとか、論文原稿を教授が何か月も放置して読んでくれないときにどうすべきかなど、研究者がしばしば遭遇する困難への対処方法、実践的なアドバイスが満載です。

参考

  1. 臨床研究:実戦的基礎知識 国立国際医療研究センター「初期臨床で身につけたい臨床研究のエッセンス」Vol.2 第4章より抜粋・改変
  2. Douglas A. Mata. Once You’ve Found the Question: How to Take the Next Steps in Research Nov 08, 2017 (NEJM Resident 360)
  3. Sadaf Aslam and Patricia Emmanuel. Formulating a researchable question: A critical step for facilitating good clinical research. Indian J Sex Transm Dis AIDS. 2010 Jan-Jun; 31(1): 47–50. PMC3140151 step-by-step guidance on the formulation of a research question
  4. David A. Katzka. How to Balance Clinical Work and Research in the Current Era of Academic Medicine. Gastroenterology. November 2017; Volume 153, Issue 5, Pages 1177–1180.

「3た」論法とは

3た論法の例

  1. 「薬を使った、治った、故に薬が効いた」(私の医歴書◆久道茂・東北大学名誉教授 Vol.17  2015年12月17日 m3.com
  2. 「ダイエットサプリを使った、やせた、ゆえにそのサプリは効いた。」(あの人に効いたら、私にも効くのか? 朝日新聞DIGITAL アピタル・大野智 2017年7月27日06時00分)
  3. 「雨乞いした。雨が降った。だから、雨乞いは効いた。」(佛教大学保健医療技術学部論集 第 9 号2015 年 3 月  相関と因果(1)「3 た」論法をめぐって  村岡 潔 PDF

 

3た論法がダメな理由

「三た論法」とは、対照を置かないで「投与した、治った、故に効いた」とする論法のことである。投与したことと治ったことは事実だとしても、そのことからすぐ「故に効いた」とは言えないのである。プラセボ効果に似た作用で効いたように見えたのかもしれないし、薬とは関係のない医師の指導で効いたのかもしれないし、単純に運動と食事を変えただけで治ったのかもしれないのである。(科学性と倫理性 医学系研究科教授 久道 茂 tohoku.ac.jp)

 

参考

  1. 薬効評価の三「た」論法再訪 -EBMとbest case projectの時代を背景に - 日本薬史学会2007年会 長崎, 2007.11.11(日) 東京大学大学院薬学系研究科・医薬政策学 津谷 喜一郎
  2. 単群試験の薬効評価法と統計的課題の紹介 エーザイ株式会社 兼清 道雄
  3. 「科学的根拠」とは (うねやま研究室|畝山 智香子 2008年8月6日)

まだ紙の実験ノート使って研究してるの?【電子実験ノートの浸透】

アカデミアにおける電子実験ノートの普及率

電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN)を大学の研究室(生命科学系)で見たことはありませんが、いまどき、製薬企業では通常、電子実験ノートが使われているのだそうです。有機合成を行う化学系のラボだと大学でも導入が進んでいるのかもしれません。

アカデミアにおける電子ノートの浸透の度合いは、「研究データのモニタリング(QC)及び生データの保管に関する調査」(PDF)に、アンケート調査結果として示されています。調査期間は平成 29 年 2 月 23 日から6 月 30 日、調査対象は、AMED の研究資金を多く受けている 70 の国内大学・研究機関の270 の学部・研究科・センター等に所属する、AMED から研究資金の配分を受けている研究室主宰者たち。

結果は、「誰も使用していない」、「ごく一部」との回答を合わせると 7 割を超えており、電子実験ノートはあまり使用されていないという状況だそうです(下図)。

自分は電子実験ノートの使用者に会ったことがないので、むしろこの数字(3割弱が電子実験ノート使用)を「意外に多い」と感じました。有用性が非常に高い化学系のソフトウェアとして電子実験ノートが開発された経緯があるために、化学分野での普及に比べると生物系ラボでの電子実験ノートの利用はまだまだといった状態なのでしょう。

But in the less digitally aligned areas of biology, the shift from paper to electronic laboratory notebooks and similar online tools has been slow, sometimes glacially so. (Steve Dickman. Forbes.com 2017)

 

電子実験ノートの価格

電子実験ノートがいくら便利とはいっても、メジャーな製品に関して言えば、個人やラボが気軽に使える値段ではないようです。

アクセルリス  「 Accelrys Notebook 」 
大学・1 ユーザー¥20,000-/ 年間
サーバー版・・・50 ユーザー ハードウェア類込みで約¥7,000,000-

アジレント・テクノロジー 「OpenLAB ELN」
10 ユーザ ¥3,000,000-( サーバハード別)

(引用元:理科研2014

電子実験ノートの市場は活況を帯びており買収が盛んなので、発売元の企業や製品名がよく変更になります。ちょっと混乱しそう。アクセルリスは2014年にダッソー(Dassault Systèmes)に買収されました。アジレントは2018年にGenohmを買収しています。

 

ダッソー・システムズ BIOVIA Notebook

紙のノートの欠点

  • 実験を重ねて、数年に渡って記録した紙のノートが何十冊、何百冊と溜まってくると、その中から関連する結果を利用しようと思っても、どこに何が書いてあったかを記憶を頼りに探し当てるのは相当に困難で、必要とするデータに辿り着くためには、膨大な時間を要する
  • 紙のノートに貼付けたプリントデータや画像、手書きメモなどは、次第にノートが厚くなったり、糊でページがくっ付いてしまうという不便さが付きまとうとともに、年月が経過するごとに劣化して、該当ページから分離したり、紛失したり
  • 学生が何を書いているのか分かりにくかったり、メモ書き程度の中身しかなかったり

クラウド型電子実験ノートの利点

  • 学生が記録した実験ノートをクラウド上で随時確認できる 海外に出張している時でも、出張先から日々ノートのチェックが出来る
  • 電子化したことで学生にもしっかりまとめようという意識が高まった為でしょうか、内容まで非常に充実して読みやすくなった
  • 関係する研究者の間で、実験条件なども含めたデータを一括してリアルタイムに共有することが可能に
  • 『BIOVIA Notebook Cloud』なら、キーワードによる全文検索のみならず、反応式や構造式による検索が可能
  • 過去に行った関連する実験や同様のテーマを検索して、その結果を瞬時に表示することも簡単
  • 電子実験ノートの最大のメリットのひとつである知財管理や、アクセス履歴管理による不正な改ざんの防止

(ケーススタディ:北海道大学 創薬科学研究教育センター  BIOVIA、DASSAULT SYSTEMS)( PDF

  1. BIOVIA Notebook (Accelrys) BIOVIA Notebook (旧 Contur ELN)および BIOVIA Science Cloud は、さまざまな研究分野に対応する、柔軟性に優れた低コストの電子実験ノート(ELN)です。
  2. BIOVIA Workbook LSTECH CTC(伊藤忠)のライフサイエンス情報サイト
  3. BIOVIA I NOTEBOOK CLOUD (CTC) インストール不要なクラウドベースのシステムなので、インターネット接続しているパソコン1台あれば、すぐにご利用になれます。初期導入コストを抑えられるので、研究者個人、研究室単位でのスタートが可能です。
  4. 伊藤忠テクノソリューションズ株式会社(略称CTC) 
  5. BIOVIA Notebook(DAIKIN)BIOVIA Notebookは、低いコストで、かつ簡単に電子ノートを導入できるソフトウェアです。
  6. ダッソー・システムズとAccelrysが協力 3Dエクスペリエンス企業であるダッソー・システムズは、サンディエゴに本拠を置くAccelrys社を買収しました。Accelrys社は、化学、生物学、資材分野の科学的革新ライフサイクル・マネジメント・ソフトウェアを提供するトップ企業です。
  7. The Human Element In Lab Informatics (By Rick Mullin, c & en (Chemical & Engineering News) Volume 92 Issue 42 | pp. 12-15 Issue Date: October 20, 2014) In April, the most acquisitive of them, Accelrys, was itself acquired by France’s Dassault Systèmes, which develops software for three-dimensional modeling and product life-cycle management. Dassault folded Accelrys into a new group called Biovia with a goal no less ambitious than supplying the software needed for the lab of the future.
  8. Accelrys CEO on Dassault Acquisition (By Allison Proffitt, Bio IT World January 31, 2014) Yesterday, Dassault Systèmes, a Paris-based company focused on Product Lifecycle Management (PLM), announced its intention to acquire Accelrys for approximately $750 million.

BIOVIA Notebook Walkthrough BIOVIA Notebook 2017/06/27 動画時間42:24

 

IDBSの電子実験ノート

  1. IDBS THE E-WORKBOOK CLOUD The place where science happens
  2. IDBS E-WorkBook  (CTC 伊藤忠)

中外製薬における電子実験ノート(IDBS)の導入事例

  • CTCLSが提供するIDBS社電子実験ノートシステム「E-WorkBook」を導入し、生物系部門における実験ノートを電子化
  • 中外製薬はスイスの製薬会社Roche Group(以下、Roche社)の一員ですが、そのRoche社がIDBS社電子実験ノートシステムE-WorkBookを導入
  • 生物系業務向け電子実験ノートとして設計・開発されたE-WorkBookは、海外でも導入実績が多く、デファクトスタンダード
  • あたかも紙の実験ノートのように、白紙のページに情報をドラッグ&ドロップで自由に貼付できる
  • 貼付した電子ファイルを時系列に並べられ、電子ファイル内の要所をレビュー表示できる
  • 化学系と生物系業務の電子実験ノートシステムのシングルプラットフォーム化には拘らなかった
  • 2016年内に、神奈川県鎌倉市と静岡県御殿場市の研究本部全体まで、E-WorkBookを本番稼働させる

取材時(2016年3月15日)引用元:ls.ctc-g.co.jp

ELN IDBSsoftware 2019/02/12 1:57

 

パーキンエルマーの電子実験ノート

Signals Notebook

  1. Signals Notebook(PerkinElmer)
  2. パーキンエルマーのクラウド型ELNが国内市場で好調 (ccsnews.jp) 2017.11.02-パーキンエルマーインフォマティクスが提供するクラウド型電子実験ノートブック(ELN)が好調だ。ワールドワイドの導入実績はすでに数百社・機関に達しており、日本国内では製品体系を一新して今年4月から本格的に販売を開始したが、大学や民間企業での採用が急ピッチで進んできている。クラウド版であるため毎月のように機能強化が実施されており、国内ユーザーが要望した機能も実装されてきているという。使用権は「ChemOffice Professional」にバンドルされており、国内の多くの大学がライセンスを所有している状態になるため、来年にかけて一気に普及するとも期待される。同社は、オンプレミス型のELN市場をリードするベンダーで、製薬企業向けの「E-Notebook」は国内トップシェア。これに対し、クラウド型ELNは2013年に買収したWingu社の「Elements」がベースで、日本語が入力できないなどの制約があったため、実績は欧米が先行していた。その後、順次機能強化を進め、製品名を「Signals Notebook」に変えて本格的に日本市場に投入したのが今年4月。世界では、今年夏から旧「Elements」ユーザーの「Signals Notebook」への移行も進んでいる。クラウドで動作するELNであるため、利用者側でソフトをインストールする必要はなく、インターネットとブラウザーがあれば、PCでもタブレットでも機種やOSに制限はない。また、画面構成が自由で、化学・薬学以外でもさまざまな分野の研究に活用することが可能。

E-Notebook

武田薬品工業における電子実験ノートE-Notebook 導入事例

紙媒体を介さずに記録・管理する完全電子化ソリューションへ移行し、PerkinElmer社が提供するChemBioOffice Enterprise Suiteのパッケージの一つであるE-Notebookとその関連システムを連携させることを提案した(図ー2)。E-Notebookは主として製薬企業に向けた化合部合成実験情報の入力・検索・表示を実現するパッケージ製品である。(FUJITSU.65,1,p。69-74(01,2014) PDF)

  1. 武田薬品、国内最大規模となる富士通の電子実験ノートシステムを導入し、紙での運用を廃止ビジネス+IT 2010/09/01 sbbit.jp)富士通は武田薬品工業(以下、武田薬品)と共同で、創薬研究部門の生産性の向上と高度化を促進し業務改革を推進するため、合成実験の計画や結果を電子的に記録し、ナレッジとして共有・活用する国内最大規模の電子実験ノートシステムを構築した。これにより、武田薬品では国内で初めて、合成研究部門における実験ノートの運用を完全に電子化することに踏み切り、紙での運用を廃止した。

大日本住友製薬における電子実験ノートE-Notebook 導入事例

2016年3月に生物系電子実験ノートは本稼働しましたが、その浸透には時間をかけました。「使っていけばメリットは実感できます。まず慣れることから始めて、使いやすいと思った人から電子実験ノートに切り替えてもらいました。現在、共同研究など電子実験ノートが対応できないケースを除いて全員が利用しています。(引用元:富士通導入事例カタログ2017年3月 PDF

 

東レにおける電子実験ノートE-Notebook 導入事例

  • 弊研究所では、2008 年より研究情報の管理・共有化の観点から全ての合成研究者を対象にCambridgeSoft 社の電子実験ノート E-Notebook の利用を原則義務付けている。
  • そのような事情から、ChemOffice 付属ソフトE-Notebook に注目し、実験ノート作成作業の効率化を図れないか検討を開始した。
  • 2005 年にデスクトップ版からWeb版であるE-Notebook Enterprise にシステムを移行した。
    (引用元:CICSJ Bulletin Vol.26 No.5 (2009)

The PerkinElmer E-Notebook for Biology PerkinElmer Informatics 2015/04/14 動画時間3:24

  1. E-Notebook (PerkinElmer) 紙の実験ノートを置き換える電子実験ノートブック
  2. E-Notebook Enterprise 製品概要(富士通)

 

アジレント・テクノロジーズ

  1. Agilent Technologies to Enhance Lab Informatics with Acquisition of Genohm (BuisinessWirecom May 02, 2018 04:30 PM) Agilent Technologies, Inc. (NYSE: A) today announced that it has entered into a definitive agreement to acquire privately-held Genohm, a developer of highly differentiated, on-premise and cloud-based software solutions for laboratory management. … Genohm’s main laboratory software automation suite, SLIMS, is a digital platform that provides laboratories with a rapidly deployable and seamless laboratory information management system (LIMS) and electronic lab notebook (ELN) environment that is used in biobanks, research labs and next gen sequencing facilities. … The modern architecture of SLIMS is perfectly aligned with the values of Agilent’s OpenLab products. By integrating this technology with our broad and diverse instrument portfolio, we are in a unique position to support and enhance the operations of modern laboratories—truly helping our customers to do more with their data.
  2. Access Agilent 2010年4月号 OpenLAB 電子ラボノート(ELN) 当初は Kalabie ELN と呼ばれていた OpenLAB 電子ラボノート Electronic Laboratory Notebook (ELN) は、2010 年春にリリースされる バージョン 4.1 で OpenLAB ソフトウェアポートフォリオの一部になります。

Agilent Technologies OpenLAB

Get Work Done Faster with OpenLAB ELN Agilent Technologies 2016/03/04

Genohm SLIMS

SLIMS introduction (Genohm 2017/08/30)

  1. genohm.com

ArxSpan

  1. ArxLab Notebookはクラウド型システムで、ご利用にあたりソフトウエアやデータベースのインストール等一切不要です。
  2. 米アークスパンが日本市場でELNなど本格販売開始 (ccsnews.jp) 2014.05.13-米アークスパンはこのほど、日本市場で本格的な事業を開始した。電子実験ノートブック(ELN)などクラウド型の医薬R&D支援ソリューション「ArxLab」(アークスラボ)を売り込んでいく。… 現在、既存ユーザーの半分は米国の製薬会社で、残りの半分ほどはその製薬会社の仕事を請け負っている中国のCROだという。… 実際、同社はELN市場では後発となるため、既存システムとの共存・連携を前提にした製品づくりが行われており、CROから製薬会社へ提供されるデータを変換して、その製薬会社が使用しているパーキンエルマーやアクセルリスなどのELN製品が管理するデータベース(薬理、化学、インビボ、インビトロなどの区分あり)へ直接格納することが可能。

 

Waters

  1. ラボ用電子実験ノート Waters(R) NuGenesis(R) ELN Waters(R) NuGenesis(R) ELNは、NuGenesisラボ管理システムのラボ用電子実験ノートです。

 

CBIS

  1. Chemical and Biological Information System(CBIS)(PDF) 化合物カタログ・試薬在庫・細胞株・機器分析データ・文書等の研究に関わるあらゆるデータを統合して管理できるWebシステム

 

ELSEVIERの電子実験ノート HiveBench

  1. hivebench.com Built by scientists. For scientists.
  2. Hivebench(エルゼビア)生命科学分野のワークフローと問題点を理解している生命科学の科学者が作った、簡単に使用できるElectronic Lab Notebook (ELN)

 

labfolder

  1. labfolder

Introduction to labfolder’s ELN by CEO Dr. Simon Bungers labfolder 2018/02/02

Chemotion ELN

  1. Chemotion ELN: an Open Source electronic lab notebook for chemists in academia Journal of Cheminformatics20179:54

 

マイクロソフトOneNoteを電子実験ノートとして使う方法

  1. A quick guide for using Microsoft OneNote as an electronic laboratory notebook. PLoS Comput Biol. 2019 May 9;15(5):e1006918. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006918. eCollection 2019 May.

 

電子実験ノートの一覧および市場展望

今後、大学の生物系の研究室でも徐々に電子実験ノートに移行していくことになるのではないかと思います。以下、アルファベット順。

  1. Abbott Laboratories
  2. Agilent Technologies, Inc.
  3. Arxspan, LLC
  4. Benchling, Inc.
  5. Bio-ITech BV (elabJournal)
  6. Dassault Systemes SE
  7. Docollab
  8. eLabJournal
  9. Hivebench
  10. ID Business Solutions (IDBS) Ltd. (Danaher Corporation)
  11. KineMatik Inc.
  12. Lab-Ally, LLC
  13. Labfolder GmbH
  14. Labguru
  15. Labii Inc.
  16. LabArchives, LLC.
  17. LabLynx, Inc.
  18. LABTrack, LLC
  19. LabVantage Solutions, Inc.
  20. LabWare, Inc.
  21. Mestrelab Research, S.L.
  22. PerkinElmer, Inc.
  23. RURO, Inc.
  24. SciNote, LLC
  25. SEQOME Limited
  26. Thermo Fisher Scientific Inc.
  27. Waters Corporation

参考

  1. The Electronic Lab Notebook in 2019: A comprehensive guide. labfolder.com
  2. Electronic Lab Notebook (ELN) Market Report 2019 7ᵗʰ edition Top Companies, Sales, Revenue, Forecast and Detailed Analysis (Eric Shaw Eric Shaw May 30, 2019 markettrendsnews.com)
  3. 2019 review of the best electronic laboratory notebooks April 5, 2019 — Published by Victoria MARMILLOD. This article follows a review that has been published in 2017. After a lot of feedback gathered from ELN editors and users, Labs Explorer is releasing this updated review.
  4. Global Electronic Lab Notebook (ELN) Market 2018-2023 – Increasing R&D Activities / Growing Automation in Laboratories / Technological Advancements / Rising Need for Regulatory Compliance (Sep 12, 2018, 13:15 ET prnewswire.com)
  5. The 9 Best Electronic Lab Notebooks (ELN) Review for Your Research April 16, 2018 splice.bio.com
  6. 2017 review of best electronic laboratory notebooks. March 15, 2017 — Published by Benedicte Huchet labsexplorer.com

 

参考

  1. Lists of ELNs

  2. How to pick an electronic laboratory notebook. Roberta Kwok. 06 AUGUST 2018 Nature.com
  3. デジタル実験ノートはあなたにピッタリ?(エナゴ学術英語アカデミーJan 30, 2015 Last updated Jul 6, 2018 )英語エディターのウィリアム・スティーブンソンが、化学者としての自分の経験も踏まえて、「デジタル実験ノート(digital lab notebook、digital labbooks、eNotebooks)」について考察してみました。
  4. 電子ノートか紙のノートか (2017/11/22 Chem-Station)
  5. Lab Notebook Software, Bypassed By Biologists, Poses Tough Challenge For Software Developers Steve Dickman Nov 8, 2017, 11:56am Forbes
  6. Electronic lab notebooks: can they replace paper? 2017 May 24. J Cheminform. 2017; 9: 31.
  7. A pocket guide to electronic laboratory notebooks in the academic life sciences. 2016 Jan 4. F1000Res. 2016; 5: 2.
  8. Electronic Laboratory Notebooks: More than Notes (CNI: Coalition for Networked Information 2015/06/11 YOUTUBE 46:41) ウィスコンシン大学における電子実験ノートLabArchivesの導入事例と電子実験ノートが抱える問題点
  9. 電子実験ノートを用いた知的財産保護の前線 (原田 明彦, 間杉 奈々子 富士通株式会社テクニカルコンピューティング・ソリューション事業本部H P Cアプリケーション統括部 情報管理 vol. 57 no. 10 2015)
  10. 電子実験ノートもクラウドの時代? Accelrys Notebook (Chem-Station 2014/12/11) サーバーがいらないってどういうこと?と思うかもしれませんが、正確にいえば自分でサーバーを持たず、管理されているサーバーにアクセスして随時情報を更新していく、つまりクラウド型の電子実験ノートであるということです。
  11. STAP騒動をSTOPできた? 「電子実験ノート」の実力(田中 淳=日経コンピュータ 2014/06/25 00:00)(会員限定記事)
  12. 第5回 ELN 研究会開催の案内PDF) 日時:2013年5月22日(水)会場: 富士通株式会社 関西システムラボラトリ(大阪京橋) アジレント・テクノロジー OpenLAB ELN、アクセルリス クラウド版創薬データ共有ツール(Accelrys HEOS)/電子実験ノート(Contur ELN)、CTCLS  IDBS E-WorkBook、パーキンエルマー E-Notebook Enterprise
  13. A Review of Electronic Laboratory Notebooks Available in the Market Today Michael Rubacha, Anil K. Rattan, Ph.D.*, Stephen C. Hosselet, Ph.D. February 1, 2011
  14. 電子ノートシステムの動向と展望 アスビオファーマ株式会社 島本哲男 CICSJ Bulletin Vol.26 No.5 (2009)
  15. 電子実験ノート導入を成功させるためのアプローチ 株式会社 NTT データ ビジネスコンサルティング 林 正博 CICSJ Bulletin Vol.26 No.5 (2009)
  16. Meeting the Specialized Requirements of the Biologist Through a Biology-Focused Electronic Laboratory Notebook. October 1, 2007. American Laboratory.
  17. The status of electronic laboratory notebooks for chemistry and biology. Keith T Taylor. Current Opinion in Drug Discovery & Development 2006 9(3):348-353 (PDF)
  18. Electronic Lab Notes (Feb 9, 1987 HOWARD KANARE TheScientist) Electronic notekeeping can be easier and more useful than traditional handwritten records. However, many scientists and lab managers who have relied on traditional paper-based records are concerned about depending on electronically recorded notes.

実験ノートの書き方

以前、研究者として成功するための実験ノートの付け方を記事にしました。

⇒ 大きな差を生む小さな習慣:実験ノートの効果的な書き方

それ以前の話として、もっと基本的な実験ノートの書き方に関して纏めておきます。

実験ノートをつける必要性

以前STAP細胞の事件で実験ノートの重要性が注目を集めました。論文報告した内容に再現性はあるのか?再現するためにはどんな実験条件がCRITICALなのか、そもそも本当に著者は実験したのか?などなどあらゆる疑問や疑惑に答えるのが実験ノートです。再現性がないことを論文報告するわけにはいかないので、自分で実験を再現するためにも、他人に再現してもらうためにも、実験条件や結果の記録を残すことが必要になります。

 

どんなノートを使うべきか

実験ノートには、実験をちゃんと行って、そのような結果を得たという物的証拠の役割があります。そのため、あとからページを差し込めるようなバインダー式のもの(ルーズリーフ)は不適切です。データを保存するためのクリアファイルを後から差し込めたりする利便性からルーズリーフのノートを使う人がいまだにいるかもしれませんが、やはり時代の要請に合わせて現在の公的なガイドラインに従うのが良いでしょう。研究不正に関してあらぬ疑いをかけられたときに、証拠として実験ノートを即時公開できるくらいにきっちりとしたほうが良いと思います。

 

コクヨや他のラボノート

研究機関やラボによっては、研究員に同じラボノートを使わせるところもあります。5年、10年(あるいはそれ以上)保存する必要があることを考えると、普通の大学生が使うようなキャンパスノートでなく、定番のコクヨのラボノートがお勧め。

   

 

実験ノートはプロジェクトごとに分ける?

違う種類の実験を同時並行して進める場合には、ノートを分けるべきかどうかという疑問が湧きます。自分は昔は分けていましたが、2つの実験が収斂して一つのプロジェクト(論文)になることもありますので、そうなると次の新しい実験はどっちのノートに付けるべきかと迷う状況も起こり得ます。自分の場合、ノートは一冊だけにしてただひたすら時間軸に沿って書くことに落ちつきました。

 

タイトル

日々の実験をどう管理するかよくよく考えたほうが良い事柄です。何年間にもわたって様々な実験結果が膨大なデータ量になったときに、いつのどの実験データが論文に使えるのかがわかりやすくなっていないと、論文の図をつくるときに手間取ることになります。図を作り直す必要が生じたときにいつでも元データに戻れること、そのときの実験条件が直ちにわかることが大切。

 

日付

実験ノートの日付は決定的に重要です。実験を始めた時刻や終了時刻なども書くと信頼性が高まって良いと思います。あとから予想外なこととして概日周期の影響が疑われないとも限らないので、実験した時刻を細かく書いておくことも有意義です。温度が影響する実験を室温で行った場合には、当然室温、(場合によっては湿度)なども重要な因子です。

 

実験目的

研究は紆余曲折を経て進展していくものなので、後から考えたときに、なぜその実験をその当時したのかがしばらくすると忘れたりすることがあります。ノートを見た瞬間に、実験目的がわかるように、きちんと実験ごとに目的を書く必要があります。

 

材料・方法、実際に行ったこと

いつも使っている試薬キットを使う場合、細かいことを書く必要はないかもしれません。しかし、キットも改良版が出たりして何年か経つと条件が曖昧にならないとも限りません。できるだけ使った製品情報もわかるように記録した方が良いでしょう。一番大事なポイントは、論文を書く際に必要となる情報を全て記録することです。論文のMaterials and Methodsセクションに書く必要がないくらいのどうでもよい細かいことであれば、必ずしも書かなくてもよいでしょう。

しかし、実験が上手くいかなかった場合に、試薬のロットのせいではないかとかいろいろ気になることがでてきますので、詳細に記録するにこしたことはありません。

方法や手順に関しては、実験を始める前にノートに書き出しておくのが普通です。実験の手順は事前のノートに記しておいてからは実験を始めないと、最中にあれが足りないこれが足りないということになります。最初から最後まで実験を頭の中でリハーサルしておくことが必要です。実際に実験したときに思い通りに行かないこともあるわけで、うまくいかなかったことは、ことこまかにメモする必要があります。実験操作のちょっとしたことが結果に大きな影響を与えるかもしれないので、後から分析が可能なように、実験中に気付いたことや気になったことは何でも書き留めましょう。

 

実験結果

実験結果が測定装置から電子データとして吐き出されることも多いので、そのときのファイルの保存場所やファイル名と実験ノートの記録とが紐づけされていることが大切になります。

データの整理は、「年月日時刻」ー「動物などの個体番号」ー「調整サンプルの番号」ー「実験記録測定番号」などをしっかりと実験ノートに記して、PC上に蓄えられた電子データと対応付ける必要があります。有意差のありなしをいうときに、例数(n=いくつ)が問題になりますが、例数が、同じ調整サンプルを用いた実験回数なのか、動物個体数なのかでは全く意味が異なってきます。その辺が曖昧になるような実験ノート記録だと、記録としての意味を成しません。

 

実験結果に関する考察

実験ノートは実験の記録だけでなく、その実験をやったときの自分の頭の中の思考過程の記録でもあります。何を考えてその実験をしたのか、その実験結果を見てどう考えたのか、次にどんな実験をすべきだと考えてたのか、最終的にどんなストーリーの論文にまとめたいと思っているのかを書き記しておけば、数年後に見返しても、自分の辿ってきた道のりがよくわかります。

実験のやりっぱなしは、時間と労力の無駄です。実験データを解析して、実験結果をまとめて、考察までしっかり行うということを習慣づけることが大事。考察を毎回しっかりと行っていれば論文化までの道のりが最短になるはず。

 

実験ノートは誰のもの?

実験ノートの実例(生物系)

ネット上で実験ノートを披露されている方がいるので、良さげなものを紹介します。字がキレイで第三者がちゃんと読めて、実験を始める前に手順が書かれており、実験中に起きたことがリアルタイムでメモされていて、結果や考察が書いてあるのがお手本と言えます。

  1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4722687/figure/f1/

実験ノートの実例(化学系)

キュリー夫人の実験ノート

  1. 実験室ノート/キュリー夫人 明星大学 貴重書コレクション
  2. 学生時代の実験ノート(穐田宗隆)
  3. 筆者の実験ノート(1991年-1992年) 2017-07-01 Life + Chemistry 化学の講義録+大学を楽しく面白い学びの場に変える試みの記録 (北里大学・野島 高彦)
  4. TVのおかげで「実験ノートの人」になっちゃった私が考えてること 2014-04-06 Life + Chemistry 化学の講義録+大学を楽しく面白い学びの場に変える試みの記録 (北里大学・野島 高彦)

実験ノートに何をどう書くか【静岡県立大学 薬化】 眞鍋敬 2016/04/08

 

実験ノートの実例(物理系)

  1. ロバート・ミリカンの実験ノート In Defense of Robert Andrews Millikan
    by David Goodstein

 

電子実験ノート vs. 紙の実験ノート

自分は詳しく知りませんが最近は電子実験ノートというものもあるようです。これも、後から変更できない、もしくは編国履歴まで記録として残すことにより、物的証拠としての実験ノートの役目を担保しているようです。企業だと電子実験ノートの導入が進んでいるらしいですが(ChemStation)、自分の知るかぎり大学の研究室で電子実験ノートを使っている人にはまだ会ったことがありません(生物系)。

紙のノートだと検索機能がないため、何冊もたまった実験ノートの中から、あの実験はどこに書いてあったっけ?と探すのは大変になります。ノートをサーっとめくったときに欲しい情報がすぐに飛び込んでくるように、論文の図になるようなメジャーな結果は印刷してノートに貼り付けておくなどの工夫をしておくとよいです。あるいは、PC上で、行った実験項目の日付順または実験カテゴリー順一覧を作っておくと便利。

  1. 電子実験ノートとは Waters 昨今、実験ノートの電子化も進んできました。電子化するメリットとして、検索性が一番に挙げられます。

 

実験ノートに関する各大学、研究機関の取り組み

京都大学

これまでのiPS細胞研究所独自の取り組みとしては、担当部署(医療応用推進室知財グループ)による実験ノートの定期的(3か月に一度)な検認、論文の最終稿に関するデータ提出のルール化、相談室の設置による内部組織課題への対応、研究不正の防止や早期発見に努めてきた。これらに加え、次の取り組みにより不正防止対応を強化する。
1)実験ノートの提出について
・各研究室の実験ノート提出率を100%にするために必要な措置を講じる。
・担当部署が実験ノートを確認後、主任研究者が複層的に確認し、指導する。
2) 論文データの提出について
・データ保存ルールの明確化により、適正な研究情報の確認と保管を徹底する体制を構築する。

(以下割愛 引用元:文部科学省

CiRAの研究従事者約300名の実験ノートを確認することでも研究の進行を把握することを試みております.なお,実験ノートを確認した後は,その証としてノートに署名をしております.(京都大学iPS細胞研究所における知的財産権に対する取組み 高尾 幸成 生物工学 第92巻

 

東京大学

3)データ登録スキャンシステムの整備と運用 画像データスキャンによる不適切画像の洗い出し 論文生データの管理登録および公開 (定量生命学研究所 研究倫理推進室 研究倫理部門)

 

参考

  1. 実験ノートの書き方、まとめ方 http://www.shiga-med.ac.jp/~tnaka/HTM/3.PDF
  2. 実験ノートウィキペディア)「どのような実験を行ったときどのような結果が得られた」といった実験の一次的データの記録や、場合によっては「研究の過程での議論」、「データの一次的な解析(計算など)」「実験及び解析中などに思いついた事柄」など実験に関わる様々な事柄を記録、処理するためのノートブック
  3. Ten Simple Rules for a Computational Biologist’s Laboratory Notebook. Santiago Schnell. September 10, 2015https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004385
  4. 実験ノートとは shinshu-u.ac.jp
  5. 小保方リーダー&若手研究者必読!今さら人に聞けない「正しい実験ノート」の書き方 中山敬一 [日本分子生物学会副理事長、九州大学教授] 2014.4.23 DIAMOND online
  6. 確実に成果をうむ実験の考え方と記録・実験ノートの取り方 セミナーID:100671 日本能率協会が主催する公開セミナー

実験のやり方とポジコン、ネガコンの重要性

一生懸命実験しているのに、研究が先に進まないことがあります。その理由として、実験のデザインがそもそも賢くない、”ぬけている”という可能性があります。そんな非効率な実験をしてしまわないための、非常に教育的なツイートやウェブの記事を紹介します。ラボできちんとした教育を受けられない学生でも、いまどきSNSから情報を拾うことができれば救われるかも。

 

研究するにあたって無駄な実験をしてしまわないための基本的な考え方

「急がば回れ」ということわざが研究においても真理ですね。次のラボミーティングは自分が発表する番なので、それまでに結果を出したいと思って焦って、当たればラッキー的な実験デザインを組んでしまうと、一歩進むつもりが二歩下がるだけです。

複数ステップを踏む実験の場合、各ステップごとに結果を確かめる、各ステップごとにポジコン・ネガコンを置くということが重要です。複数のステップを途中のチェックなしに一気にやってしまうと、うまくいかなかった場合には、結局、一番手前まで戻ってやり直すハメになります。

コントロール実験がうまくいく実験系を立ち上げることができれば、とりあえずそれだけでもラボ内では十分な成果でしょう。

ポジティブ・コントロールがない場合、実験自体がうまく行ってなかった場合でもうまく行かなかったことが分かりません。例えば、温度制御が設定と異なっていた、停電があって、きちんと温度が保持できなかった、試薬を添加したつもりが添加していなかった、試薬自体が不良品だった、というような場合には、実験自体が成り立ってなくて正しい結果が得られません。うまく行かなかったとしても、それは実験系自体の問題であって、アイデアが間違っていたとは限りません。

また、何もしてないネガティブ・コントロールでも、実験の条件によっては一見効果が出る場合もあり得ます。だとすれば、ネガティブ・コントロール無しでできた、と思っても、実際にはできていませんから、実験のアーティファクトで、再現性の無い実験になってしまいます。(コントロール(対照試験)の無い実験に基づく発明の特許性 2013/04/14 2017/02/01 大平国際特許事務所

条件はそれでよいのか、ネガコン、ポジコンは正しく置かれているか (はじめての実験ノート: 書くべき必要事項 九州大学付属図書館

つまりは、適切なポジコンやネガコンを置いた実験をしなさいということです。

 

PCRにおける対照実験は何か

  • ネガティブコントロールのチューブに滅菌蒸留水を 5μL 加えふたをする。
  • 必ずポジティブコントロール、ネガティブコントロールを用意し、反応を行う。これにより、毎回の PCR の評価を行うことができ、コンタミネーションやその他の異常に気が付き、時間や費用のロスを少なくすることができる。(PCR 実験の手引き TaKaRa

 

ELISAにおける対照実験は何か

抗体を用いた実験においては、コントロールを置くことが必要です。ELISA においても、得られたシグナルを偽陽性から区別するために、また得られなかったシグナルを偽陰性と区別するために、ポジティブ・コントロールとネガティブ・コントロールを置くべきです。またそのアッセイがうまく行かなかった時にコントロールがあれば、トラブルシューティングが容易になります。ここでは ELISA で使用するさまざまなタイプのコントールについて説明します。 参照 ⇒ ELISA において必要なコントロール Abcam

 

免疫染色における対照実験は何か

免疫染色(IHC)実験では、陽性(ポジティブ)コントロールと陰性(ネガティブ)コントロールを同時に使用することが非常に重要です。人為的なミスがなかったかどうか、あるいは、得られた染色結果が正確かつ妥当であるかどうかを検証することができる、とても有益な情報源です。現在、免疫染色の特異性決定に役立つ免疫染色(IHC)コントロールが6種確立されています。 参照 ⇒ コスモバイオ

 

PCRやELISA、免疫組織化学のよう定番の実験の場合には何がポジコンで何がネガコンになるのかはわかりやすいと思います。しかし、一般的にポジコン、ネガコンと言った場合、何か一つ決まったものがあるわけではありません。特に、自分で考えた新しい実験であれば、何がポジコンになるのか、何がネガコンになるのかまで自分で考えて、実験を組む必要があります。その辺りの突き詰め方が甘いまま実験をしてしまうと、労多くして得るものが無いという残念なことになります。

実験系を真似することにやっ気になると、何がポジコンかわからなくなりますが、実験系を作るつもりで考えると、おのづと必要なポジコンが出てくるのではないでしょうか?(ポジティブコントロールとは? No.675-TOPIC – 2008/02/13 (水) 22:10:13 Bio Technicalフォーラム

 

もっと恐ろしいシナリオとして、面白い結果が得られたと喜んだあとで、ネガコンの実験をやってみたら同じ結果が出てしまったということもあり得ます。


GFP陽性が出たと喜んだら、実は自家蛍光に過ぎなかったというのもこのパターン。

 

対照実験の重要性

そういえば、大学院に入ったら先輩たちがやたら、「ネガコン」、「ポジコン」という言葉を発していて、何ソレ?と思った記憶があります(卒研のときの記憶がない)。

修士課程・5、6年生の目標

3. ポジティブコントロール、ネガティブコントロールの意味を理解し、各実験のステップにおいてポジティブ・ネガティブコントロールをおくことができる。(分子細胞生化学分野 pharm.tohoku.ac.jp

分子生物学的研究の基礎を学ぶ際にまずたたき込まれたのは、結果が「正しい」と言えるための厳密さ、すなわちネガティブコントロール(ネガコン)とポジティブコントロール(ポジコン)の重要性です。例えば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)で想定されるバンドが出た場合、ポジコンでバンドあり、ネガコンがバンドなしがそろって初めて正しい実験だと言えるということです。バンドがない=結果が陰性、と言えないわけで、特にポジコンの概念は新鮮でした。(自治医科大学医学部同窓会報「研究・論文こぼれ話」その30 同窓会報第84号(2018年7月1日発行))

しかし複雑な組み合わせでサンプル数も多いとつい面倒になりエイとやってしまう。実験そのものがうまくいかなかったり、得られた結果が予想と反した場合、コントロールがないとその結果の解釈が難しく一からやり直しというはめになる。またコントロールはデータの信頼性を増し、人を納得させるためにも必ず必要だ。(実験の3原則(2012-4-7) Yoshimura Lab

 

ImageJインストール方法と使用事例

ImageJは無料の画像処理ソフトです。マックでもウインドウズでもリナックスのOSでも使えて、研究で必要な画像処理が比較的簡単にできるので、バイオ研究者の間で非常によく使われています。自分も長年にわたり使ってきましたが、画像データを見直したり簡単な解析(特定の領域の平均輝度を取得するなど)を行うときには、Image Jを使うのが一番手軽で便利な方法だと思います。

Fijiの勧め

実際には、Image Jよりもさらに高機能なFijiを自分は使っています。Fijiは単にImageJそのもので(Fiji is just ImageJ)、プラグインが最初からたくさんくっついてくるだけです。Image Jは様々なデータ処理・データ解析のためにプラグインを入れることができますが、Fijiには最初からこれらのプラグインがてんこ盛りで入っていますので、いちいち後からインストールする手間がなくて良いです。顕微鏡メーカーやカメラメーカー独特の画像フォーマットでも、大抵の画像ファイルがFijiで開けてしまいます(Bio-Formatsを利用するなどして)。

 

Image Jのダウンロード

ImageJは、https://imagej.nih.gov/ij/download.html からダウンロードできます。Fijiは、https://imagej.net/Fiji/Downloads からダウンロードできます。

 

Image Jのインストール方法

インストール方法は、ダウンロード後の指示に従って行ってください。

 

Image Jの使い方

アイデア次第でいろいろな画像処理がImageJでできますが、自分がよくやる画像処理をいくつか紹介します。

Image Jを用いて画像を二値化する方法

元画像としてカラヤンの画像をウィキペディアから拝借。

メニューからImage, Adjust, Threshold…を選びます。2つのスライダーを調節して、望む画像になるような閾値を探して決めましょう。今の場合、76-255としました。Applyボタンをクリックして適用します。

 

ImageJを使って細胞の数を数える方法

サンプルとしてこの血球の画像をお借りします。

この画像を使って、ImageJでカラー画像を白黒にし、2値化して、粒子解析の機能を利用して、細胞の数を数えてみます。

メニューからFile, Open…として、ダウンロードしておいた目的の画像ファイルを開きます。

メニューからImage, Type, 8-bitと順に選びます。これで白黒画像に変更されました。

メニューからImage, Adjust, Threshold…を選びます。2つのスライダーを調節して、全ての細胞が分離できそうな閾値を探して決めましょう。今の場合、183-255としました。Applyボタンをクリックして適用します。

 (黒い部分の画素値が0で白い部分が255)

さてそれでは粒子解析 (Particle Analysis) の機能を使って、数を数えましょう。

抽出された粒子(今の場合、赤血球)のパラメータとして何を知りたいかは、メニューからAnalyze, Set Measurements… とすることにより選択できます。パネルの中のAreaにチェックが入った状態にします。他は今はとりあえず不要です。ここで、写真の中の赤血球のだいたいの面積を知っておきましょう。メニュー上にあるROIの形(四角形や丸や不定形など)から丸(Oval)を選び、赤血球の一つがちょうど同じ大きさになるように合わせます。そして、Analyze, Measureと選ぶと、Resultsという名のウインドウ上に(みあたらなければ、メニューからWindow,Resultsと選ぶと、最前面に表示されます)Areaが表示されます。今の場合420という数値になりました。カーソルを細胞の上にあてると画素の値が出ますが、今やってみると、黒く表示されている赤血球の画素の値が0で、白いbackグランウンドの値が255でした。粒子を数えるときは値が255でないと困るので、ここでメニューからEdit, Invertを選び白黒を反転させます。

 (白い部分の画素が255、黒が0)

それではいよいよ粒子解析を行うため、Analyze, Analyze Particles…を選びます。粒子としてカウントするサイズをここで選ぶことができます。ここで粒子の面積のサイズが取りそうな範囲を適切に設定してやれば、画面上のノイズや目的外のものを除外できる可能性があります。さきほど赤血球の面積がおよそ400画素程度だったので、ここでは広めにとって、Size (pixel^2): 200-800 としておきましょうか。Circularityは全範囲にしておきます。明らかに丸っこいものしかないというのであれば、ここで強い条件(1に近い範囲)を設定してやれば、不定形のごみを区別して除くこともできます。あとは、Display results, Clear results, Summarize, Include holesにチェックを入れておきます。 Include holesというのは、赤血球の丸い形の真ん中が2値画像にしたときに抜けていても、その穴は埋めた状態として(つまり穴に見える部分の画素も細胞に属する画素として)考えてくれるということです。あと、Show:Masksを選んでおきます。粒子解析を実行した結果、マスク画像として以下が得られました。ここには、粒子としてカウントされたものが表示されています。たしかに「穴」も埋められていることがわかります。

さて、Summaryというウインドウに結果が表示されており、それを見るとCountが573、Average Size(粒子の面積の平均)が419.211となりました。つまり、赤血球の数がおよそ573個あって、それらの面積の平均は419画素だったというわけです。ちなみに、もとのカラー写真をみると白血球みたいなものも一つありましたが、この画像処理ではそれは無視されて赤血球と区別がつかなくなっているため、カウントされています。

 

ImageJを使ってくっついている細胞同士を分離する方法

こんなふうに細胞同士がくっついて見える写真で数を数えるにはどうすればいいのでしょうか?

 (元画像のリンク

メニューの欄からImage, Type, 8-bitと選び、まず白黒画像にします。

 8-bit

Image, Adjust, Threshold…で2値化します。スライダーをうごかして、できるだけ細胞がはっきり見えるように調整しました。細胞の画素が0で背景が255になっていたので、Edit, Invertで白黒を反転させます。

  Threshold

Process,Binary, Fill Holesで細胞の真ん中部分の「穴」を埋めます。まあ完全ではありませんが。これくらいなら、手作業で不完全に残った「穴」の開いた細胞を埋めてもいいかもしれません。

 Fill Holes

さて、この画像は結構細胞同士がくっついていますが、Process, Binary, Watershed により、無理やり分離させてみます。

 Watershed

完全とはいいがたいですが、大半に関してくっついていた細胞が分離できています。これの画像に対して視野を覆うように円形のROIを適用してParticle Analysisを適用すれば、細胞数が数えられるでしょう。

  • Basic Intensity Quantification with ImageJ (PDF)  If you have particles that have merged together, Process →Binary→Watershed can often (but not always) accurately cut them apart by adding a 1 pixel thick line where it feels the division should be. *2つの粒子がくっついている場合にウォーターシェッドというアルゴリズムを用いて分離する機能もImageJにはあるようです。

Watershedの機能も用いて細胞を分離して、細胞数をカウントする方法を示したYOUTUBE動画があったので紹介しておきます。
Counting Cells with ImageJ by Kevin Foley 2013/09/10



Image Jを用いて蛍光標識された多数の物体の面積を求める方法

たまたま検索でヒットした論文の図をお借りして、調べたい構造の面積をImageJを使って求めてみます。Fig.1Dに蛍光画像があるのでそれを出発材料にします。

まずは白黒にしましょう。ImageのメニューでImage, Type, 8-bitと選びます。

さて、蛍光標識された細胞内の構造物の大きさ(画像上の面積)の絶対的な数値を求めるのは困難でしょう。閾値の設定しだいでいくらでも面積が変わってきてしまいます(標識された部分と標識されていない部分の輝度に十分の差があればそこで区切れますが)。この3枚の写真が同じ撮影条件だったとして、一つの閾値を3枚に適用することにして、一番もっともらしいと主観で判断した閾値にしてみます。Image, Adjust, Threshold… としてスライダーで適当な値を選びました。

これでおのおのの「粒子」の面積を計算してみます。写真にラベルがあって邪魔なのでその部分は除いて計算します。そのためには解析したい範囲だけ四角いROIを設定します。Analyze, Set Measurements…でまず計算したいパラメータとしてAreaにチェックを入れて他は今は不要なので外しておきます。そして、Analyze, Analyze Particles…を選び、Size pixel^2):1-Infinity, Cirularity:0.00-1.00, Show:Masksとして、Display results, Clear results, Summarize, Include holesにはチェックをいれておきます。これでOKをクリックすれば、計算が行われます。ROIを次の写真に移動させて同様に計算していきましょう。

Controlの写真の解析結果は、Count:154, Average Size:92.526となりました。Results(個々の粒子の面積のデータ)をResultsウインドウ上のメニューからFile, Save As…で保存しておきます。

Sam3の写真の解析結果は、Count:287, Average Size:165.491となりました。同様に、結果を保存します。

Sam18の写真の解析結果は、Count:202, Average Size:144.337となりました。これも結果を保存します。

この論文で具体的に蛍光写真からどうやって面積を計算したのかは読んでいないのでわかりませんが、まあだいたいの傾向は論文のグラフと合っているのでよしとしましょう。

  • ELLI-1, a novel germline protein, modulates RNAi activity and P-granule accumulation in Caenorhabditis elegans PLOS Genetics

  • P granules Jennifer T. Wang and Geraldine Seydoux Curr Biol. 2014 Jul 21; 24(14): R637–R638. Author manuscript

 

Image Jを用いて輝度を調べる方法

実験群と対照群に関して、何かの遺伝子発現の変化を、GFPリポーターを発現する細胞の蛍光写真で見比べて定量しようという実験がありがちだと思います。このような定量に関しては、蛍光写真撮影時に蛍光強度が飽和しないようなカメラの露光条件だったか(サンプルの蛍光強度と画像上の画素数が本当に比例するのか?ある明るさ以上は飽和してしまっていないか)、実験群と対照群の撮影条件は同一だったのか等のCRITICALなポイントが前提として存在します。そういったことがいい加減だと、ImageJで定量したつもりになっても、正しいデータ処理をしたことにはなりません。結果的に間違った結論を出す恐れがありますので注意が必要です。

 

Image Jで画像にスケールバーを入れる方法

自分はスケールの写真を、サンプルを撮影したのと同じ条件(倍率)で撮影しておき、あとから画像の中の目盛りを長さを測るツールではかって算出しています。そしてその長さの長方形を画像に張り付けています(ROIをつくってカットするとバックグラウンドが白なら白く抜けるのでそれがスケールバーになる)。しかし、ピクセルと長さ(ミクロンなど)の関係をもとにスケールバーをつける機能がImageJに用意されています。

Analyze, Set Scale…を選びます。例えば20ミクロンが100ピクセルだとわかっていれば、Distance in pixels:100, Known distance: 20, Pixel aspect ratio:1, Unit of length: micronとします。すると、自動的に計算された結果として今の場合、Scale: 5 pixels/micronと表示されますので、OKをクリックします。

次に、画像を開いた状態で、Analyze, Tools, Scale bar…を選びますと、パネルが出現しますので表示させたいスケールバーの長さを例えばWidth in micron: 20, Height in pixels: 5, Color: White, Location:Lower Right などと選びOKをクリックします。すると画面右下に20ミクロンのスケールバーが表示されます。micronsとしていた単位は、写真に埋められたスケールバーにはギリシャ文字でμmと表示されました。

プレゼンテーションのスライド用なら数字と単位があったほうが便利でしょうから、これは便利な機能だと思います。Overlayがチェックされていなければスケールバーの長さを変更するとリアルタイムで反映されます。これでよしとなったら、Overlayにチェックを入れればよいでしょう。数字や単位を表示しないオプションは見当たりませんでした。

 

Image Jでマクロを使うことの勧め

研究においては大量の画像に対して同じ処理を適用するという作業が頻発することがあります。そのとき、ひとつひとつの画像に関して全て手作業で行うのはとても骨が折れますが、マクロを書いて一気に処理してしまうと楽ちんです。マクロを書くと言っても、ImageJにはマクロレコーダーという便利な機能がありますので、ゼロから自分で書く必要など全くなくて、マクロレコーダーをオンにした状態で自分がやりたい処理を一通りやってみて、マクロレコーダーが吐き出してくれるマクロをちょっと修正すれば良いのです。メニューから、Plugins, Macros, Record…と選べば、マクロレコーダーが起動します。プログラミングに苦手意識があって、マクロを使ったことがない人は若干敷居が高いと感じるかもしれませんが、一度使ってみればその便利さに驚き、手作業でやることがバカバカしくなること請け合いです。

 

Image Jの使い方に関する書籍(アマゾン)

  1. ImageJではじめる生物画像解析 三浦 耕太, 塚田 祐基 著 2016/3/26 学研プラス
  2. バイオ画像解析 手とり足とりガイド〜バイオイメージングデータを定量して生命の形態や動態を理解する! 小林 徹也, 青木 一洋 編集 2014/11/29 羊土社

 

『機械学習を生命科学に使う! シークエンスや画像データをどう解析し、新たな生物学的発見につなげるか? 』(実験医学増刊 Vol.38 No.20 小林徹也,杉村 薫,舟橋 啓/編 2020年12月14日発行) の第1章 機械学習入門 2.ImageJを使った機械学習による生物画像解析入門【三浦耕太】 にもImageJと機械学習を使った解析方法が紹介されていました。ImageJと機械学習、深層学習(ディープラーニング)とが組み合わせられるというのは知りませんでした。

  1. 機械学習を生命科学に使う!(羊土社)

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この本を読むと、科学研究の手法の開発・普及の速さに驚かされ、また、自分が時代から取り残されたような気分がしました。研究者は、テクノロジーの進歩にキャッチアップするのが大変です。しかしそれを怠ればサバイブできません。

 

Image Jの使い方に関する参考サイト

  1. Bio-formats https://imagej.net/Bio-Formats
  2. imageJで画像にスケールバーを入れる 2013/8/20 LifeScienceProject
  3. スケールを設定しよう http://tec.miyakyo-u.ac.jp/hoshi/imagej2014/scale.htm
  4. 研究室での画像処理:ImageJの使い方・基礎編 2017.5.13 大金賢司 (26 page PDF)

あなたが論文を書けない理由がわかる40の質問


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なぜあなたの研究は進まないのか?
なぜあなたは論文が書けないのか?
なぜあなたの発表は伝わらないのか?


 

実験を頑張って良い結果を得ることと、それらのデータに基づいて論文原稿をまとめることは、頭や体の使い方がまったく異なる別の作業です。事実、実験は楽しくてそれだけで満足感が得られるが、その後、論文を書くのは苦痛という大学院生やポスドク研究者は相当数います。さらに、論文原稿を書き上げてから、実際にどこかの学術誌にアクセプトされるまでがまた遠い道のりです。

Work, Finish, Publish. (Michael Faraday) 「はたらき、まとめ、出版せよ」(科学者として成功した秘訣をたずねられたときのマイケル・ファラデーの答え) (参考:学術論文作成の基本 2012エルゼビア ランチョンセミナー PDF

論文掲載に至る途上には、研究者の気持ちをくじく障壁はたくさんあるわけですが、それを全てクリアしてめでたく論文アクセプトに持っていく底力が、研究者には要求されます。この力は論文を実際に出すことによってしか身につきません。ただし、その際、見通しが良くなるような指針があるとその苦労は軽減されます。

 

「なぜあなたは論文が書けないのか?」という、多くの研究者をギクッとさせるタイトルの本があります(メディカルレビュー社 2016年)。自分が責められているような気分になる人がいるかもしれませんが、ご安心を。副題は、「理由がわかれば見えてくる,論文を書ききるための処方箋」となっており、論文を書くという行動に心のブレーキをかけている研究者の心強い味方となる本です。

本書のプロローグのQ3では、まず、論文が書けない人、出せない人のパターンを4つに分けて分析しています。あなたの今の状況も、以下の4つの症状のどれかに当てはまるのではないでしょうか?

症状1:論文を書こうとパソコンに向かいはするが、どうも効率が悪い。いつまでたっても仕上がらない。

症状2:論文を書きたい、あるいは書かなければならないとは思っている。しかしどこから手をつけたらいいのかわからず、堂々巡りを繰り返している気がする。

症状3:論文を書いていはいるが、クオリティが低い気がする。それぞれのパートをどのように仕上げていったらいいかわからず、しっくりこない。

症状4:論文を一度は書き上げたもののpublicationに結びついていない。どこかの段階で止まってしまっている。

(Q3 論文作成のどこが律速段階になっているか─論文欠乏症の具体的症状を考えてみたか? より)

本書では、各々の症状に対する処方箋が章仕立てになっているので、解決策がすぐに見つかります。

 

IMRAD(Introduction, Methods, Results And Discussion)の解説本は多数ありますが、本当に論文をアクセプトにまで持っていくための心の持ち方、時間の遣い方や生活態度、論文の各セクションの書き方のポイントをここまで実践的に教えてくれる本は、他に例がありません。論文を書くときに一番悩ましいのがディスカッションのセクションだと思いますが、これに関しても、その必要性、目的、盛り込むべき内容、典型的な書き方のパターンなど、具体的かつ実際的な解説があります。

また、せっかく論文の原稿を書き上げたのにボスが読んでくれずに放置されているという悩みを大学院生やポスドクがしばしば口にします。この問題はQ38で取り上げられており、問題点の分析および対処法が述べられています。

 

論文を書かなきゃいけないのに億劫がっている人には、本書の目次だけでもかなり参考になるので、以下、目次を紹介します。

プロローグ

Q1 何のためにあなたは論文を書くのか,明確な答えがあるか?
Q2 論文を書くことはあなたの人生にとって無駄ではないと言い切れるか?
Q3 論文作成のどこが律速段階になっているか─論文欠乏症の具体的症状を考えてみたか?

CHAPTER 1 あなたが論文を書けないのには理由がある 執筆スタイルから取り組む論文作成術

Q4 学会発表は結構しているのに論文が書けていない,ということはないか?
Q5 論文をイッキに書き上げようとしていないか?
Q6 論文作成の大部分は「単純作業」だと認識しているか?
Q7 目標と同時に「持ち時間」も小分けにしているか?
Q8 「まとまった時間がないから書けない」を言い訳にしていないか?
Q9 論文作成はあなたにとって「差し迫った」問題か?
Q10 論文作成中,ついネットやメールをしていないか?
Q11 論文作成に必要な「知的作業」のために,まとまった時間を確保しているか?
Q12 論文作成中にデータが不十分だと感じて筆を止めていないか?
Q13 書きかけの論文が複数ないか?
Q14 英文を書くことに意識過剰になっていないか?

CHAPTER 2 すべての物事は2度作られる いよいよ論文執筆? その前にやっておくべきこと=第一の創造

Q15 論文の核になるデータがあるか?
Q16 データさえ揃えば論文はすぐに書けると思っていないか?
Q17 ストーリーは描けているか?
Q18 論文の構想(第一の創造)を相談できる相手がいるか?
Q19 論文のテーマに関連した文献を30 以上集めて目を通したか?
Q20 モデルとなる論文が3 本程度見つかったか?
Q21 論文作成のためのWord 文書を作成したか?

CHAPTER 3 なんとなく書いていないか? メリハリをつけるパート別論文執筆のコツ

Q22 まずはここから:論文の結論を1 ~ 2 行で簡潔に書ききれるか?
Q23 Introduction 1 明確な研究の「目的」または「仮説」を書いているか?
Q24 Introduction 2 知識のギャップを中心にした3 段論法を展開できているか?
Q25 Introduction 3 味付けはサラッとしているか?
Q26 Materials and Methods 1 なぜ何を書くかを頭の中で整理できているか?
Q27 Materials and Methods 2 Reviewer・読者にわかりやすく簡潔にまとまっているか?
Q28 Result 1 Figure の紙芝居で組み立てたストーリーに沿って書き進めているか?
Q29 Result 2 建て前と本音を区別して読者を誘導できているか?
Q30 Result 3 Result とDiscussion の棲み分けができているか?
Q31 Discussion 1 なぜ論文にDiscussion が必要かを理解しているか?
Q32 Discussion 2 書き出しのパターンを押さえているか?
Q33 Discussion 3 ポイントとなる結果と過去の文献を使って結論を支持しているか?
Q34 Discussion 4 研究の限界(limitation)を述べているか?
Q35 すべてのパートが同じベクトルを持って書かれているか?

CHAPTER 4 書いただけで終わっていないか? ここからが本当に大事なツメの作業

Q36 目標Journal の投稿規定に目を通したか?
Q37 倫理規定は守れているか?
Q38 書き上げたはずの論文が放置されていないか?
Q39 Reject されて心が折れていないか?
Q40 Reviewer の質問に,前向きかつポジティブに答えられているか?

 

以上40個の質問に対する答えが自分の頭の中で明確に整理できていない人には、本書の内容が非常に深い示唆を与えてくれるでしょう。やるべきことが明らかになれば、論文を書くモチベーションが高まり、アクセプトまでの道のりがたとえ長くても、そのモチベーションを維持することができるはずです。

 

参考

  1. なぜあなたは論文が書けないのか?(メディカルレビュー社 書籍詳細ページ )

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なぜあなたの研究は進まないのか?
なぜあなたは論文が書けないのか?
なぜあなたの発表は伝わらないのか?


中学理科の教科書が教える仮説駆動型研究

研究目的が曖昧なまま実験を続ける大学院生、仮説をもたずに研究している研究者、実験結果を得ていないのにグラフを作成してしまうトンデモナイ人、考察が書けずに悩む人、次の研究テーマが思い浮かばない人など、研究の現場にはさまざまな悩みや問題を抱えた人たちがいます。いまいちど、中学校の理科の教科書に立ち戻って、研究の進め方に関する基本事項を再確認してみるというのはいかがでしょう?

以下、中学校1年生の理科の教科書(教育出版)の最初の数ページから、一部を抜粋して引用・紹介します。

理科学習の進め方

進め方1 疑問を持つ
はじめに、不思議に思ったことや疑問に思ったこと、知りたいことなどをはっきりさせておきましょう。

進め方2 課題を設定する
知りたいことや調べたいことがはっきりしたら、これから取り組む課題を設定しましょう。

進め方3 仮説をもち、計画をたてる
課題がきまったら、自分はその課題に対してどのような考えかたをもっているか、どのようにしたら自分の考えが正しいかどうかわかるのかを話し合いましょう。 自分の考えは仮説としてノートに書いておき、調べたあとで振り返ることができるようにしておきましょう。

進め方4 観察や実験を行い、結果を得る
自分で立てた計画に沿って、実際に観察や実験を行い、得られた結果は、あとで考察しやすいように表などにまとめましょう。また、結果をグラフに表すと、知りたいことがわかりやすくなる場合があります。

進め方5 得られた結果をもとに考察する
観察や実験が終わったら、得られた結果からどのようなことがわかるか、そして、自分の立てた仮説は正しいといえるか、考察し、自分の考えを発表しあいましょう。

進め方6 新たな疑問から、さらなる課題へ
みんなの考えがまとまり、設定した課題が解決したら、観察や実験を行ってわかったことが、次にどのように役に立つのか考えましょう。また、調べてみて、新たな疑問が生じたら、次の課題を設定して、さらに調べていきましょう。
中学校理科1 教育出版 文部科学省検定済教科書 中学校理科用 17教出 理科731 平成28年度 2~6ページ)

日本の中等教育の教科書は科学的な態度を育むように書かれています。高校の教科書にも、研究の進め方が解説されています。以下、啓林館の「生物基礎」から一部を抜粋して紹介。

●私たちの探求活動●

仮説を立てずに観察・実験する方法もありますが、ここでは仮説を設定する方法で考えます。

<課題の発見>

最初は自然現象をよく観察することです。疑問を生み出す方法を紹介します。まず比較という方法があります。.. 5W1Hを活用する方法もあります。「何が(Who)」「何を(What)」「いつ(When)」「どこで(Where)」「なぜ(Why)」「どのように(How)」のパターンで疑問をつくってみます。 .. この課題でやろうと思ったら、同じテーマですでに研究されているかどうかを調べてみます。

<仮説の設定>

仮説を設定します。考えつく限りの仮説をあげていましょう。仮説が立ったら、その仮説は、どのような観察や実験を行えば証明できるのかを考えて実験・観察を計画します。実験・観察から得られる結果から、立てた仮説が論理的に導かれるように計画する必要があります。

<観察・実験>

観察・実験で大切なことは「再現性」です。 .. 因果関係を調べるときには「対照実験」の設定も必要です。対照実験とは、比較のために対象とする条件以外を同じにして行う実験のことです。 ..

<結果の記録と処理>

結果の記録は正確に行うように心がけます。 ..

<考察>

実験などの結果かが仮説の正しさを証明したかを考察します。結果が仮説と矛盾しないかを考えます。ひとつの仮説を検証すると、そこから新しい疑問や課題が生じてくるものです。また明らかになった知見が、これまでに知られていることとどう関係するかも考える必要があります。 ..

<報告書の作成と発表>

研究したことは報告にまとめて、発表するようにしましょう。 ..

(引用元:啓林館 平成30年度 生物基礎 改訂版 本川達雄 谷本英一 編 (10~11ページ) 61啓林館 生基315 文部科学省検定済教科書 高等学校理科用)

中等教育(中学、高校)でも、高等教育である大学でも、サイエンスの基本はまったく同じです。たとえば、放送大学「自然科学はじめの一歩」の授業内容の説明には、

実際の科学研究は分野によらず、問いを立て、仮説を設定して検証し、結論を導き出すという一連の作業を通して進行する。さらに文献調査、論文執筆といった作業が伴う。放送大学「自然科学はじめの一歩」第15回 自然科学の展望:さらなる一歩へ向けて

とあります。放送大学の放送の中では、子供の自由研究と科学者が行う研究との違いは何でしょうか?実はやっていることはどちらも変わらないんです。ただし、プロの研究者は、自然界に関する新しい知識を作り出してそれを人類で共有するために論文発表をする、それが唯一の違いですと解説されていました(主任講師: 岸根 順一郎 2017年7月22日放送 第15回 自然科学の展望:さらなる一歩へ向けて)。

このように日本の理科教育では、研究がいかにして進められるかに関してしっかりと教えるようになっています。ところが、肝心の、プロの研究者を育てる場であるはずの大学院においては、仮説に基づいて実験するという当たり前の態度がなぜかないがしろにされている研究室が散見します。中学や高校での理科教育で強調されてきたことは、研究の現場である大学院でも実践されて然るべきでしょう。

トップジャーナルに通る論文の作り方

トップジャーナルにとっての新規性とは、その分野の本質的な問題、すなわち一般人が疑問に思うようなクエスチョンに答える明確なメッセージがあるものであり、学術的意義のみならず社会的意義もあるものなのである。トップジャーナルに限らず、論文を書くときに大事なのは、前面にだすメッセージ性はなにかといつも問いかけることである。次に論文作成に必要なのは、ロジックの強いストーリーを構築することである。論文構築は、絵を描いたり彫刻を造ったりするようなものである。まず、図を作って大まかな流れをデッサンすることからはじまって、結果の細部を描く過程で、おさえておかなくてはいけない実験や、結論をサポートする多角的アプローチからの実験を塗り重ねていく。そして、間違った解釈をせずに良いディスカッションをするためには、次にやるべき実験の結果がでているとよい。そして、最後に、英文校閲にだし、英語独特のロジックと文体を補強し色づけを鮮やかにする。作品のメッセージ、ストーリー性、そこから湧き上がるロジックをだすために、いつも美意識を忘れないようにすることである。美しい自然の摂理を描くのだから。(「化学」2009年5月号コラム 美しい論文は必ず通る 東原和成)

 

Drawing on his experience, Yokoyama focused on the perspective of journal editors and how their decision-making on high impact science affects ongoing research. Editors evaluate the potential impact of individual papers by judging their conceptual advance, that is, whether a study advances a field in a large leap, rather than an incremental step. Yokoyama emphasized that the challenge for researchers who aim to publish in high impact journals is to collect strong data that is both grounded in existing knowledge but linked to a new idea or model.Data alone provide the foundation for an advance but without communicating how the results fit or refute an existing model they fail to provide a conceptual advance.  Communication is essential for scientific impact,” said Yokoyama. (PDFA event explores the path towards creating high impact science RIKEN BSI) (下線はscienceandtechnology.jpが付した)

 

Chalesは「良い論文を書くための準備は、研究構想を練るところからすでに始まっている」と言います。方向性が悪ければ、どうやってもいわゆるhigh-impact journalに論文を出すことは難しい。そこで何が最も大事かといえば、「Conceptual Advance」に尽きるとのこと。ただこれまでの研究を発展させた、では駄目で、根本的に重要で、今までに解かれていない問題は何か、その問題を解くのに最善の(多くの場合には、もっとも最先端の)手法を用いているか……、そういう、実験を開始する前のコンセプトが大事であり、なんとなく実験を初めて、集まったデータからストーリーを考えるのではなく、きちんと最初にストーリーを考えるべし、ということなのだと思います。(何が為に科学するか Conceptual Advance 東北大発生発達神経科学分野 2015年10月16日)(太字強調は当サイト)

参考

  1. How to get published in high-impact journals: Big research and better writing (Naturejobs Blog 03 Nov 2014 Posted by Julie Gould)
  2. PDFA event explores the path towards creating high impact science RIKEN BSI
  3. 「化学」2009年5月号コラム 美しい論文は必ず通る 東原和成

 

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沼研の伝説的なエピソード:沼正作(1929-92)

沼正作博士(1929-1992)は、神経伝達物質の受容体やイオンチャネル等の一次構造を次々と決定していき、脳内で働くさまざまな神経機能素子の分子的実体や構造機能相関を明らかにすることにおいて多大な貢献をした科学者です。あの怒涛の業績を産み出した沼研では、どのように研究が進められていたのでしょうか?当時、京都大学医化学教室(医化学第二講座) 沼 研究室で活躍された研究者の方々が語るエピソードには、非常に興味深いものがあります。

 

研究に対する厳しさ

大学院に入って数日後に
君,もう大学院をやめなさい
と言われました。当時私の研究していた酵素は室温で数秒で失活する酵素で,私が不安定を言い訳の材料にしたことに沼先生は激怒しました。  (医 化 学 教 室 と 私)

フラコレが夜中にとまって活性画分を失ったとき:
何でや。
「フラコレがとまっておりました。」
君なんでみとらんのや。フラコレなんて故障するにきまっとる。夜中じゅう起きてチェックするのが当然で私はいつもそうしてますよ。」 (医 化 学 教 室 と 私)

コンピューターに間違いはつきもの。ヌクレオチドシークエンスをアミノ酸に読み替えるのは,目で全部チェックしないとコンピューター間違えますからね。今までずっとそうしてきましたから。そのおかげで,これまでの論文1つも間違いがありませんわ。」 (医 化 学 教 室 と 私)

沼 先生が風邪を引いたヒトに向かってよく言っていたことですが,
緊張感が足りないと風邪を引きます。緊張感を保ってACTHを分泌するようにしておけば風邪は引きませんよ。従って私は風邪を引いたことがない。
それが昂じて,風邪で病院に行っていてプログレス報告会に遅れたヒ トに先生からの一言
公私混同すべきじゃない。」 (医 化 学 教 室 と 私)

ほぼ毎日夜10時ころ沼先生が研究室へおりてこられ,
きょうの実験は如何でしたか?
と質問され,わたしがデータを説明すると,
では明日はどこそこまで進みますね。」,
なにかミスがあると,
なぜすぐやり直さないのですか。
といった調子でした。 (医 化 学 教 室 と 私)

共同研究者に対して:
もうほかの部分全部できてて,あと先生のアラインメントだけができてないんですわ。いつできますか?
「あさってくらいには」
いや,こっちはずっと待ってるんですよ。
「それではあしたには」
もう他にすることないんですわ。
「じゃ,今からすぐ やります。」
今晩遅くまでいますから。ほなよろしく。」 (医 化 学 教 室 と 私)

この精製された ACTH-mRNA の純度を調べるべく当時東大におられた本庶先生のところへ教えて頂きに行くことになり,第6研究室から本庶先生にお願いしましたところ,都合がついたら Tel しますと言われ待っていました。3~4日たったところで,沼先生が,
「北さん」東大行きはどうなりましたか??
本庶先生からの御連絡を待っています,と 答えましたところ,突然,
あなたに熱意を感じない!!以前から,あなたは,時々土,日曜日に labに来ていない事に気付いていましたが,研究に対する努力は無限ですよ!!」 (医 化 学 教 室 と 私)

ある時竹島先生が沼先生に少しだけ口答えしたらこう言われたそうだ。
私は戦争に行って上官の 言うことを聞かなかったやつを見て来た。戦場で頭を下げろと言われて逆らったやつは次の瞬間、首がなかった』 (努力は無限/竹島先生のこと Yoshimura Lab 2007-7-7)

留学するという最後の日,挨拶にうかがった時,先ず出たお言葉は,
君はこれまで私に対して数々の無礼があった
であった。これは,また2時間説教か,と思った瞬間,
まあ,ええけどな。頑張れや
ときた。(医 化 学 教 室 と 私)

厳しかったですねえ。たとえば、お昼に本庶研沼研合同の論文抄読会をやっていて、大学院生が論文を発表するのですが、論文の紹介の仕方が悪いと両巨頭の前で叱責されるんです。…沼先生は他人に厳しいだけでなくご自分にもものすごく厳しくて、研究室を帰られるのが朝の5時ごろ、サイエンスにすべてを捧げる生活をしておられた。 (テルモ生命科学芸術財団 インタビュー)

沼教授室の明かりは毎晩午前2時ごろまで消えることがなかったという (月刊 化学 2015年10月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 最終回)

 

論文発表に対する厳しさ

沼先生に
これから始めるからな
といわれたら, 筆頭著者はその瞬間から論文原稿を書き終えて出版社に郵送するまで, 沼先生との2~3週間にわたる一対一の濃厚な毎日, さらにその最後はほとんど徹夜の数日間が続くことを覚悟しなければならなかった. (月刊 化学 2015年7月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第2回)

ペーパーワークに睡眠なし。夜中の3時か4時頃ようやくデスマッチがおわり,かえって寝られるかと思いきや,
君は今から文献やって,明日朝9時には秘書さんにこれとこれやるように指示しとけよ。」 (医 化 学 教 室 と 私)

その後論文を書いて,教授に持って行き,その後2週間に渡る「デスマッチ」が始まりました。数日経った頃でしょうか,
北さん,あなたの英語は,中学生以下です!!
といわれ私の論文をビリビリに破られました。(医 化 学 教 室 と 私)

「中学生以下ならましですよ, 僕は”幼稚園児“とまでいわれた」と語ってくれた友人もいる. (月刊 化学 2015年7月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第2回)

沼先生の論文の書き方は基本的に「英借文」だった. 極力オリジナルの表現を排除して先行文献の表現を借りてくるよう指示した. 先行文献も英米人が一流雑誌に書いた表現でなければ採用されず, しかも一つでなく複数の先行文献で使われていることをしめさなければならなかった. (月刊 化学 2015年7月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第2回)

それどこに例がありますか
と言うのがペーパーワークでの沼先生の口癖でした。 (医 化 学 教 室 と 私)

新しい知見や考え方が含まれている場合には当然オリジナルな文章を「英作文」せざるを得ない. 沼先生は筆頭著者が書いた原稿を, 声をだして読むように指示した. 沼先生はそれを聞きながら,
ここは文章が続かんな
とか
これはうちで使った文章じゃないな
といったコメントを発した. (月刊化学 2015年7月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第2回)

論文は外国に遅れたらしまい。1日でも早く投稿すること。そのためには,出来上がった原稿を火曜日の午後1時までに大阪中央郵便局に持参し,窓口で今日の便に間に合いますかと確かめて投函すること,そうすればその日の夜の便でロンドンに水曜日には到着し木曜日には Nature のオフィスに届く。万一遅れても金曜日には着くのでその週にまにあう。 (医 化 学 教 室 と 私)

原著論文作成の時の沼先生の気合いの入れようは,経験したものでないと分からない,一種独特な世界があった。私などはペーパーワークの経験が乏しかったた め,ペーパーに関するいろいろな調べものを命令されたりしたとき,何事につけても要領を得ず,かつ対応が遅かったため,たびたび叱責された。沼先生は教授室から電話でお叱りになることが多く,医化学第3研究室の黒い電話のベルが鳴るたびに「また先生に叱られるのではないか」という思いから一気に心拍数が上昇し,身体が固くなり,冷や汗が噴き出すという条件反射が形成された。 (医 化 学 教 室 と 私)

教授室でのデスマッチのやり取りは一対一であり、筆頭著者の証言に頼るしかないが、ある友人は
あなたは傲慢なうえに嘘つきです。嘘つきは決して研究者にはなれません
といった厳しい言葉を浴び、激昂した沼先生が椅子を蹴り倒したのを目にして血の気が失せたと語ってくれた。 (月刊化学 2015年7月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第2回)

当時はもちろんパソコンなどない. … そのため膨大な量の配列データを手作業で整理し, 電卓で図上の長さを計算し, B4サイズの紙に原図を書いていった. 原図を受け取った秘書はロットリングを使って作図し, できあがったものを論文上でのサイズに縮小コピーした. 沼先生はそれに定規を当てながら確認していき, 1mmの数分の一でも違っていると思ったら原図にもどっての書き直しを指示した。図のプロポーションが気に入らない場合も同じだった. … 沼先生は基本的にホワイトを使った修正を認めなかったので、何度かの書き直しの末、ようやく大きなマルチプル・アラインメントの図が完成した. ところが確認していくと1か所だけ本来破線であるべきところを実線(同じ種類のアミノ酸であることを意味する)にしていたことがわかり, 一同は落胆した. 今回ばかりはホワイトを使おうかとみなが思ったとき, 若い秘書の流した涙がこぼれ落ちて図をにじませた. これで否応なく書き直しになったという話である. (月刊化学 2015年7月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第2回)

研究者にとっての論文というのは, 画家にとっての絵と同じなんですわ. 納得がいくまで何度でも書き直すんです. 最後の一筆まで力を抜いたらあかんのですわ.」 (月刊化学 2015年7月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第2回)

 

24時間365日

日曜の朝6時に沼先生に
PstI はありませんか?
と電話をかけられ起こされた (医 化 学 教 室 と 私)

12月31日に仕事を終え,医化学でのほんの少しの仕事を 沼先生に引き継いで頂き,自宅に戻り元旦を久しぶりに家族でゆっくり過ごしました。明けて2日の 昼頃でした。さて郷里の明石に帰って2~3日ゆっくりすごそうと準備していると,突然電話がなりはじめ愚妻が取り上げると沼先生からだとの事。これを聞いて小生が電話口にでると,
沼ですが(しばし沈黙)。正月は休むと言っていましたが,もう2日です。いつから研究室に来るのですか?」  (医 化 学 教 室 と 私)

医化学第二講座の故沼正作教授とアセチルコリン受容体の研究を共同でされておられた時に,沼教授が深夜でも電話をかけてくるとこぼしておられました.久野先生のほうから,沼教授に夜中は応対しないと告げられたそうで,それからは,そのようなことはなくなったそうです.(PDF 久野宗先生追悼のことば 東北大学大学院生命科学研究科脳機能解析分野 八尾寛)

 

  1. 研究室メンバーに向けて書かれた恐ろしい手紙 2016年1月23日 アレ待チ

 

沼 正作 博士の言葉

沼先生は、怖い先生だと聞いていましたが、私達の話を聞いて、にこやかに

教科書で得る知識も大事だが、実際に実験をしてみないと生きた知識にはならない。実験をしながら考えることがもっと重要だ。

と諭され、実験をすることを勧められました。(プロフェッサーがヒヨコの頃 第3回 筑波大学医学群医学類 副学類長 桝 正幸 先生 国立大学医学部長会議

「努力は無限ですよ。」 (『二人の偉大な研究者との出会い』筑波大学医学群 桝 正幸 教授

「何をやっても時間がたつのだから、出来るだけ大事で、意味がある仕事をやりなさい。」 (京都大学大学院医学研究科神経・細胞薬理学教室 メッセージ

「目の前の100人を治療する医師も重要だが、将来の100万人の治療に役立つ基礎研究も重要である。」 (京都大学ウイルス研究所 増殖制御学分野 影山研究室 影山教授からのメッセージ)

「私が憂えているのは、今の日本の若い研究者が比較的早く論文の書ける ようなテーマしかやらないことだ。私は日本人に独創性がないとは思わない。欠けているとすれば、思い切って難しいことに挑戦しようというチャレンジ精神だ と思う。ヒマラヤ登山なら失敗すれば命がなくなるかもしれないが研究で失敗しても命はなくならない。多少のリスクは冒してでも、これは大切と思うテーマに は賭(か)けられるような若い人を養成してほしい。これが私の言い残したいことだ」 (産経新聞 平成4年3月14日朝刊 / 1991(平成3)年度修士学位記授与式式辞 1992(平成4)年3月26日 平成3年度修士学位記授与式式辞 学長 鈴木 正裕 / 『神戸大学学報』No.427 1992〈平成4〉年4月)

世の中には重箱のすみをつつくような研究をしている学者がいっぱいおるんですわ. そんな研究は時間の無駄やから私はやりません. そして研究テーマは世の中の流れに対して早すぎても遅すぎてもいけません. 一歩早いと早すぎます. 半歩早いテーマを選ぶことで成功するんです.」 (月刊 化学 2015年8月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第3回)

最初のテーマには、痛みを感じる時に分泌される神経ペプチドであるサブスタンスPを選びました。ACTHの成功例から考えて、サブスタンスPの遺伝子をクローニングして調べれば、きっと新たな神経ペプチドが発見できる。そうすれば、痛みのメカニズムがより詳しくわかるだろうと思ったのです。この狙いも的中し、サブスタンスPとよく似た神経ペプチドを発見し、これをサブスタンスKと名付けました。この研究も世界的に高く評価され、新しい研究室を無事スタートしたとほっとしたのですが、ある時、沼先生から「君を教授にしたのは、あんな研究をしてもらうためではない。もっと新しい道を進むべきである」と言われました。(サイエンス・ライブラリーNo.53 中西 重忠 JT生命誌研究館

少しは酒も飲めた方がええんですわ. 人生には酒でまぎらわさないと耐えられないようなつらいことがありますから.」 (月刊 化学 2015年10月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 最終回)

 

     
 

参考

  1. 医 化 学 教 室 と 私
  2. 京都大学医化学教室 沼教授時代[昭和43(1968)年2月1日~平成 4(1992)年2月15日]
  3. 伝説の生化学者 沼正作物語 第1回 こうして誕生したデンセツの京大医化学第二講座 ●柿谷 均  (月刊化学 2015年6月号 化学同人):”京都大学医学部に沼正作(1929-1992)という伝説の生化学者がいた.幾多の優れた業績からノーベル賞候補にものぼり,自らもノーベル賞を強く意識していた.だが,大腸がんという病魔に襲われ,志なかばの63歳という若さでこの世を去った.これは,ありし日の沼先生を語る実録・沼 正作物語である.” “沼先生は教室員に元旦以外休みを取ることを許さなかったという「伝説」で有名だが, 実は厳格な論文作成の作法こそが最も際立った特徴であったように思う.” ”…この成果はNature誌のアーティクルに掲載され, 雑誌の表紙を飾った. 1979年春のことである. このとき沼先生は50歳, 世界の表舞台にデビューする年齢としてはかなり遅かった. 周囲は「遅咲きの研究者」という見方をしたが, あとから振り返ればここに至るまでの十分なトレーニングと準備を重ねていたということだろう, 沼先生の快進撃はここから始まった.”
  4. 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第2回 論文作成をめぐる壮絶をきわめたデスマッチ ●柿谷 均  (月刊化学 2015年7月号 化学同人
  5. 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第3回 ぶっちぎりのアセチルコリン受容体 ●柿谷 均 (月刊化学 2015年8月号 化学同人
  6. 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第4回 病を隠して研究の陣頭指揮をとる ●柿谷 均 (月刊化学 2015年9月号 化学同人
  7. 伝説の生化学者 沼 正作 物語 最終回 沼 正作先生が遺したもの ●柿谷 均 (月刊化学 2015年10月号 化学同人
  8. 山田財団のご援助に感謝(山田財団2005年年報)(東大医学部生化学・分子生物学 教授 清水孝雄):”7年間の早石研究室での修行を終えて、私は希望に燃えながらパスツール研究所かカロリンスカ研究所への留学という贅沢な悩みを抱えていた。パスツール研では娘のための日本人学校まで探してくれていた。タンパク化学をしっかり身につけていた私に期待されているのは当然、アセチルコリン受容体の精製である。神経科学をしっかり勉強する良いチャンスだと思った。しかし、不安もあった。留学すると最初は半年くらいフランス語を勉強しないとサラリーが出ないということ、それよりさらに問題だったのは、当時沼研で成功し始めた遺伝子工学による神経科学への接近であった。私の留学の半年ほど前に、沼教授はつかつかと私の横に来られ、「アセチルコリン受容体の材料は何が良く、それはどの様に入手できるか」と聞かれた。私はシビレエイの研究をされていた岐阜大学の先生をご紹介したが、「これは下手をするともろにぶつかるのではないか」という不安がよぎった。私は治安や言葉のこと、また、北欧への漠然とした憧れにより、最終的 にカロリンスカへの留学を決めた。この決断は、脂質メディエーターの研究から離れることが出来なくなった運命的な留学となったが、私の予想は的中し、出発から1年も経たないうちに沼研から受容体クローニングのネーチュアアーティクルが大々的に発表された。分子神経生物学の誕生の日であり、世界中が興奮したが、私の安堵感は誰も知らなかったはずである。”
  9. Beam et al., Function of a truncated dihydropyridine receptor as both voltage sensor and calcium channel. Nature 360, 169 – 171 (12 November 1992); doi:10.1038/360169a0
  10. Heinemann et al., Calcium channel characteristics conferred on the sodium channel by single mutations. Nature 356, 441 – 443 (02 April 1992); doi:10.1038/356441a0
  11. Tanabe et al., Repeat I of the dihydropyridine receptor is critical in determining calcium channel activation kinetics. Nature 352, 800 – 803 (29 August 1991); doi:10.1038/352800a0
  12. Mori et al., Primary structure and functional expression from complementary DNA of a brain calcium channel. Nature 350, 398 – 402 (04 April 1991); doi:10.1038/350398a0
  13. Adams et al., Intramembrane charge movement restored in dysgenic skeletal muscle by injection of dihydropyridine receptor cDNAs. Nature 346, 569 – 572 (09 August 1990); doi:10.1038/346569a0
  14. Tanabe et al., Regions of the skeletal muscle dihydropyridine receptor critical for excitation–contraction coupling. Nature 346, 567 – 569 (09 August 1990); doi:10.1038/346567a0
  15. Tanabe et al., Cardiac-type excitation-contraction coupling in dysgenic skeletal muscle injected with cardiac dihydropyridine receptor cDNA. Nature 344, 451 – 453 (29 March 1990); doi:10.1038/344451a0
  16. Mikami et al., Primary structure and functional expression of the cardiac dihydropyridine-sensitive calcium channel. Nature 340, 230 – 233 (20 July 1989); doi:10.1038/340230a0
  17. Stühmer et al., Structural parts involved in activation and inactivation of the sodium channel. Nature 339, 597 – 603 (22 June 1989); doi:10.1038/339597a0
  18. Takeshima et al., Primary structure and expression from complementary DNA of skeletal muscle ryanodine receptor. Nature 339, 439 – 445 (08 June 1989); doi:10.1038/339439a0
  19. Tanabe et al., Restoration of excitation—contraction coupling and slow calcium current in dysgenic muscle by dihydropyridine receptor complementary DNA. Nature 336, 134 – 139 (10 November 1988); doi:10.1038/336134a0
  20. Imoto et al., Rings of negatively charged amino acids determine the acetylcholine receptor channel conductance. Nature 335, 645 – 648 (13 October 1988); doi:10.1038/335645a0
  21. Fukuda et al., Selective coupling with K+ currents of muscarinic acetylcholine receptor subtypes in NG108-15 cells. Nature 335, 355 – 358 (22 September 1988); doi:10.1038/335355a0
  22. Tanabe et al., Primary structure of the receptor for calcium channel blockers from skeletal muscle. Nature 328, 313 – 318 (23 July 1987); doi:10.1038/328313a0
  23. Fukuda et al., Molecular distinction between muscarinic acetylcholine receptor subtypes. Nature 327, 623 – 625 (18 June 1987); doi:10.1038/327623a0
  24. Noda et al., Expression of functional sodium channels from cloned cDNA. Nature 322, 826 – 828 (28 August 1986); doi:10.1038/322826a0
  25. Mishina et al., Molecular distinction between fetal and adult forms of muscle acetylcholine receptor. Nature 321, 406 – 411 (22 May 1986); doi:10.1038/321406a0
  26. Noda et al., Existence of distinct sodium channel messenger RNAs in rat brain. Nature 320, 188 – 192 (13 March 1986); doi:10.1038/320188a0
  27. Sakmann et al., Role of acetylcholine receptor subunits in gating of the channel. Nature 318, 538 – 543 (12 December 1985); doi:10.1038/318538a0
  28. Noda et al., Primary structure of Electrophorus electricus sodium channel deduced from cDNA sequence. Nature 312, 121 – 127 (08 November 1984); doi:10.1038/312121a0
  29. Mishina et al., Expression of functional acetylcholine receptor from cloned cDNAs. Nature 307, 604 – 608 (16 February 1984); doi:10.1038/307604a0
  30. Noda et al., Structural homology of Torpedo californica acetylcholine receptor subunits. Nature 302, 528 – 532 (07 April 1983); doi:10.1038/302528a0
  31. Furutani et al., Cloning and sequence analysis of cDNA for ovine corticotropin-releasing factor precursor. Nature 301, 537 – 540 (10 February 1983); doi:10.1038/301537a0
  32. Noda et al., Primary structures of β- and δ-subunit precursors of Torpedo californica acetylcholine receptor deduced from cDNA sequences. Nature 301, 251 – 255 (20 January 1983); doi:10.1038/301251a0
  33. Noda et al., Primary structure of alpha-subunit precursor of Torpedo californica acetylcholine receptor deduced from cDNA sequence. Nature 1982 Oct 28;299(5886):793-7. (Pubmed)
  34. Kakidani et al., Cloning and sequence analysis of cDNA for porcine beta-neo-endorphin/dynorphin precursor. Nature 1982 Jul 15;298(5871):245-9.
  35. Noda et al., Isolation and structural organization of the human preproenkephalin gene. Nature 1982 Jun 3;297(5865):431-4. (Pubmed)
  36. Noda et al., Cloning and sequence analysis of cDNA for bovine adrenal preproenkephalin. Nature 1982 Jan 21;295(5846):202-6. (Pubmed)
  37. Nakanishi et al., The protein-coding sequence of the bovine ACTH-beta-LPH precursor gene is split near the signal peptide region. Nature 1980 Oct 23;287(5784):752-5. (Pubmed)
  38. Nakanishi et al., Nucleotide sequence of cloned cDNA for bovine corticotropin-beta-lipotropin precursor. Nature 1979 Mar 29;278(5703):423-7. (Pubmed)
  39. 「天才は有限、努力は無限。」(マラソンの瀬古選手らを育てた陸上競技指導者 中村清氏の言葉)
  40. Obituary  Shosaku Numa 1927–1992 (Osamu Hayaishi Osaka Trends in BIochemical Sciences)

 

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研究テーマの選び方 22のポイント

いざ大学院生として研究室に配属されたり、ポスドクとして新しいラボで働き始めたときの最初の悩みは、研究テーマとして何を選ぶかということです。フェローシップをとるために半年前に書いた研究計画があったとしても、実際にラボに来てみるとラボの状況やボスの考えが変わっていて、研究テーマを一から考え直すことになるのは珍しくありません。


 

それでは、どのような点に注意して研究テーマを決めればよいのでしょうか?自分が興味を持てるトピックを選ぶことや、与えられた年数で答えが出る(=論文が出せる)程度の大きさのクエスチョンを設定するといったことは当然のことですが、他にもいろいろ考えるべきポイントがあります。
それでは、順番に見ていきましょう!

 

1.研究テーマはボスから与えられるもの? [責任の所在]

そもそも、研究テーマは誰が決めるべきものなのでしょうか?やってほしいテーマをボスが提示することも、学生やポスドクの自主性に任せられることも、どちらのケースもあります。その中間として、漠然とした方向性や大きな枠組みだけが与えられる場合も多いでしょう。教授の教育ポリシーや、研究助成を受けている課題、ラボ全体の研究の進展状況なども関係するので、ボスとよく話し合うことが大切です。また、ボスが与えてくれた研究テーマが当たる保証は全くありません。むしろうまくいかないことのほうが多いでしょう。そのときにどうやって研究の軌道修正をするかは、研究している本人の力量にかかっています。

誰かの助力が欲しければ、その人のところに行きなさい。その人からあなたのところに来てくれることは決してない。(Stephen C. Stearns  大学院生への「ささやかな」アドバイス)

研究テーマについては自分で見つけると書きましたが、もちろん大学院生がゼロからテーマを決めるのは難しいです。ですので、まずは当研究室で行っているテーマや対象生物に近いところから始めるのが現実的です。 (北海道大学大学院 小泉研究室

成功している人には,年上から話しかけやすい,というタイプが多いように思えます.年上から話しかけやすい人にはアドバイスや良いテーマという形の「運」が舞い込みやすいし,そこに人一倍の働きがあれば認められて実を結びやすいと考 えれば自然な結果です.… 独立心が強くてシニアにアドバイスを求めないのは得策ではありません.(京都大学大学院 篠本 滋  大学院生へのメッセージ)

最初は僕が頭で考えた仮説をもとに、こんなことをやったらどうだろうと提案するわけですが、 多くは当たらない。だから僕が提案するテーマはきっかけにすぎず、残りはそれぞれが考えてやる。僕の提案と全然違う実験やって、こういう結果が出ましたと 僕のところに来ると、最初は当惑することもあるけれど、よく聞いているとこっちも面白くなってくる。こうして研究が進むわけです。(細胞から個体へ - 脇道から到達した発生生物学の本流 竹市 雅俊 JT生命誌研究館 サイエンティスト・ライブラリー

生物のセの字も知らないのに、先生からの指示がないのですから何をしていいのやらと、一人で悩みました。三ヶ月後、しびれを切らして大沢先生に会いに行くと、「え?君、なにかしたいから来たんじゃないの?」と言われ、自立しないと何もできないと悟り、目が覚める思いでした。(生命現象の基本にゆらぎを発見 柳田 敏雄 JT生命誌研究館 サイエンティスト・ライブラリー

原則として自分でテーマを探して下さい。いくら待っていても,私からテーマを指定することはありません。… 研究は,当たるかはずれるかは,誰も分からないものですから,「100%確実に博士論文になりうる安心なテーマ」など,あらかじめ誰も知りません。 そのために,博士課程の最初の1年間くらいは,視野を広げて情報を収集し,「新しく」かつ「重要な」研究テーマを見つける努力をして,できるだけまっとう なテーマ探しをしてもらっています。このプロセスは,その後に独り立ちして研究生活を続けていくための,非常に重要な訓練になります。 (大阪大学大学大学院 小川研究室

ショレムは、アダマールが誰かから論文のテーマと指導を求められて激怒しているのを目撃したことがあると話していた。「とんでもない男だ。自分でテーマを見つけられないやつが、よくも博士号をとろうなどとかんがえられたものだな!

引用元:ベノワ・B・マンデルブロ『フラクタリストーマンデルブロ自伝ー』早川書房2013年 242ページ

浮田先生が、博士課程でも有機合成に関わるテーマを出されたので、「先生は自然に起きていることを研究しろと言ったじゃないですか。僕はtRNAの構造と機能をやりたいんです」と拒否しました。怒られましたね。「今日のお前は頭がおかしい。出直してこい」と言われたので、「はいっ」と引き下がって三日後にまた同じことの繰り返し。ついに三回目、「わかりました。先生のテーマもやりますが、自分が思っていることもやっていいですか」と尋ねると、「知らんっ」とまた怒られたので、「ありがとうございます」と言って戻りました。このやりとり以来、結局、教授のテーマには手を付けませんでした。(ヒトのがんウイルスに挑む 吉田 光昭 JT生命誌研究館 サイエンティスト・ライブラリー

As a graduate student, it is wise for the principal investigator (PI) to choose the initial project, or at least play a major part in choosing the project. You simply don’t have the experience and judgment at this point to choose an interesting project with a significant chance of success. At a postdoctoral level, the decision is more conditional. If you are continuing in the field of your Ph.D. studies, you should be capable of choosing a good project. If it is a new field, however, your advisor will need to provide guidance as to what is feasible and interesting.
(How to succeed in science: a concise guide for young biomedical scientists. Part II: making discoveries. Jonathan W. Yewdell Nat Rev Mol Cell Biol. Author manuscript; available in PMC 2009 Jun 1)

 

上のツイートで紹介されている言葉の中に、”他人からはアドバイスできない”とありますが、まさにその通りだと思います。自分の経験で言えば、いい実験結果が出ると、ボスや周囲から良いアドバイスが得られますが、ポジティブな実験結果が出なくて苦しんでいるときには、誰も役立つアドバイスをくれません。研究というのはそんなものです。上のツイートでアカハラではないかと心配されていますが、多くの場合、本人が自力で頑張るしかないという状態を見守ってあげることしかPIはできないと思います。私の個人的な考えですが。

 

2.研究テーマ選びの落とし穴 [研究の意義]

大学院生やポスドクは期限が切られているため、「一刻も早く実際の仕事を始めなければ」というプレッシャーがかかります。しかし、正しい方向を見定めないうちに走り出すのは危険です。物事を始めることは簡単ですが、きちんと終わらせることも、途中で潔く撤退することも、どちらも簡単ではないからです。その研究の意義の大きさを見定めてから始めなくてはいけません。

長期的なゴール設定も無いまま、目の前の課題に盲目的に取り組み、とりあえず日々忙しいからと慢心していた。なまじ、目の前の課題は山ほどあったので、散発的にでも小さな成果が出れば、研究したつもりになれた。‥‥ 私は問題の本質から目を逸らし続け、そのまま博士3年の後期まで至ってしまった。10月後半、いよいよ問題から目を逸らせなくなった時、私の目の前にあったのは「複数の、脈絡ない研究課題の、小さな成果の寄せ集め」だけだった。個別の成果だけでは小さすぎて博論にならないし、全体を包括するストーリーは存在しない。(■博論審査を終えて(所感、長文) はてな匿名ダイアリー 2018-01-19)

 

Q:目の前の疑問やテーマにすぐに飛びついていないか? MESSAGE→その疑問には、貴重な時間と労力を費やして答える価値が本当にあるのか?(『なぜあなたの研究は進まないのか』 東京大学医学部付属病院呼吸器外科講師 佐藤雅昭 2016年 メディカルレビュー社

ちょっと面白いなという程度でテーマを選んでたら、本当に大切な事をやるひまがないうちに一生が終わってしまうんですよ。だから、自分はこれが本当に重要なことだと思う、これなら一生続けても悔いはないと思うことが見つかるまでは研究を始めるなと言ってるんです。(精神と物質 利根川進x立花隆 1993年 文藝春秋)

研究で何が大変かと言えば,研究テーマを決めることだと思います.研究の善し悪しは,はっきり言って何を研究するかを決めたときにその大勢が決まっているとも言えます.そういう研究テーマを思いつけるかどうかが分かれ目だと思います.(勉強と研究 似て非なるもの 境有紀のホームページ)

Alonはテーマ選びにおけるありがちな誤りとして、「最初に思いついたアイデアをテーマとして設定してしまうこと」を挙げています。アカデミックの研究プロジェクトは、どんな小さなものでも数カ月単位、場合によっては数年単位で組まれるものです。加えてすぐさま終わると思えた テーマでも、予測もしない箇所であちこちつまずくものです。このような事情ゆえに、安易なテーマ設定はあとで望まぬ苦痛を生み出すことになります。(「優れた研究テーマ」はどう選ぶべき? 日本最大の科学ポータルサイトChem-Station 2012年1月05日)

Choose a question that breaks new conceptural ground. Try to seek the answer to an open question, not merely to fill in some missing data in the literature. I frequently see papers where the rationale given by the authors for doing the research is that something “is not fully understood,” or that some fact is “not known.” (Stephen G. Lisberger, From Science to Citation)

長年の経験から、「良い」テーマを探すことが研究で最も難しいと思うようになりました。(a)面白い問題、(b)重要な問題、(c)人が答えを知りたがるような問題、そして(d)実際に解決できる問題を見つけるのは、とても難しいことです。研究の所要時間も考慮しなくてはなりません。一晩で解けるような些末な問題でもなく、一生かけても無理というような、永遠に取り組み続けなければならないような問題でもいけません。原則としては、大きな問題を小さな問題に分け、助成金を充当することができる3年から5年の間に、それらの小さな課題に取り組むことになります。 (ティム・ハント博士、ノーベル賞受賞者 研究で一番の難題は、取り組むべき課題を見つけること  editage Insigths)

今も一番忘れない言葉が「阿倍野の犬実験をするな」です。何のことかわからないと思いますが、阿倍野とは大阪市阿倍野区、大阪市立大学医学部の所在地であります。このことは当時の助教授の先生に何回も言われました。どういうことかというと、アメリカでアメリカの犬を調べて「ワン」と鳴いたという論文が出たら、すぐに日本の研究者は日本の犬の頭を叩いたら何と鳴くのかを調べて、「ワン」と鳴きましたという論文を書く。それは「日本の犬実験」です。さらに、うちの大学の研究者は、日本の犬が「ワン」と鳴いたので阿倍野区の犬の頭を叩いたら、やっぱり「ワン」と鳴いたという論文を書いている人がたくさんいる。だから、阿倍野の犬実験は絶対にするな。(山中伸弥京都大学iPS細胞研究所所長 2011年12月 日本分子生物学会 若手教育シンポジウム PDF)

銅鉄実験: 語源は,銅を材料にしてすでに結果が発表されている研究を,鉄を材料に変えて追試する実験から来ている.転じて,結果は約束されているがオリジナリティーや新奇性に乏しい研究のこと.(バイオテクノロジージャーナル 2006年7-8月号 Vol.6 No.4 / 実験医学Online

研究においては、ゴールを設定した時点で何割か勝負がついていると言っても過言ではありません。低い山にゴールを設定した時点で、それより高い山に登れる可能性はほとんど無いからです。研究を始めて間もない学生は、しばしば、ちょっとやればうまくいきそうなプロジェクトをやってみたい衝動に駆られがちです。しかし、そんなことをやっても、誰も見向きもしないようなことが分かるだけであるか、世の中の誰かがすでにそんなことはやっていて、実験がうまく行き始めたころに他から論文が出てくるか、そんなところがオチです。結局のところは時間の無駄なのです。こんなことが分かったら(できたら)すごい、一体どうなっているのか訳が分からない、そんなことにトライしないと意味がありません。第一、そのようなテーマでないと楽しくないですし。(高い山を目指そう。次の山を目指そう。九州大学大学院  今井研究室  教授挨拶)

 

3.研究テーマ選びの落とし穴  [手段と目的]

実験手段や研究対象となる実験材料が研究室にまず先にあって、「それを使って何ができるか」が研究テーマを探す出発点になるラボも多く見受けられます。その場合は、その研究手法の適用範囲にまで発想が狭まってしまいます。

また、研究目的を達成するために必要なツールをまず開発するという研究計画も要注意です。ツールの開発に何年もかかっているうちに、他の研究グループが先にもっと良いツールの開発に成功しそれが公開され、自分でそのツールを作る必要が全くなくなることがあります。

自分の研究において「手段と目的のどちらが大切なのか」を常に見失わないことが大切です。

金槌しかもっていないと、すべてのものが釘に見える (When all you have is a hammer, everything looks like a nail.)(Weblio 英語のことわざ辞典

研究テーマが決まると,次に,研究の目的や目標が決まります。つまり,「この研究では,どこどこまでを明らかにしたい」という目標が決まります。そして, その目標のためにベストな手段を用いて研究を進めるわけです。ところが,その手段を使うこと自体に徐々に満足してきてしまい,手段を使うことだけで研究が終わった気になる例が多く見受けられます。(大阪大学大学院 小川研究室の運営方針)

 

4.ホームランだけを狙いに行かないこと [リスク管理]

重要で大きな仕事をして良いジャーナルに論文を出したいという野心は誰にでもあります。しかしリスク管理が大切です。研究では、期待した結果が得られないことのほうが多いのですが、論文が全く出ないと研究者として生き残れません。

テー マは複数持ちましょう。…困難だけれどもうまくいけば大きな仕事になるテーマ(松)、確実に論文になることが狙えるテーマ(梅)、この中間的な性質を 持つテーマ(竹)を 持つことをお勧めします。 (「幻の原稿」編 『Q&Aで答える 基礎研究のススメ』 中山敬一 九州大学大学院教授)

もう一つ言いたいことは、「ドクターコースに進もうという学生ならば、複数の研究テーマを必ず並行して進めよ」、ということです。単に博士号が欲しいならともかく、ドクターコースに進学する学生さんは、将来、「研究する」ということを職業にしたいのだと思います。その業を積むには、文字通り業績が必要です。難しいジャーナルを狙えば狙うほど、結果を得るためには難しい実験が必要となってくるし、何種類もの異なった研究手法が必要です。したがって、すぐに成果・業績は出ません。..  我々の大ボスの宗岡先生は、「学会発表する際の内容が必ず異なるように、複数の実験を走らせよ。研究は上手くいくこともあれば、そうでないことの方が大部分なので、保険実験が重要」ということを常に言われていました。桃栗3年柿8年ではないですが、2~3年で論文にできる仕事と、5年以上かかってもライフワークになる大きな仕事の両方を進めておく必要があります。(雑感 広島大学大学院総合科学研究科 人間科学部門 生命科学研究領域 脳科学分野 浮穴研究室のホームページ)

 

5.研究テーマ選びに際して論文を数多く読み、よく考えることの重要性 [研究動向の把握]

自分が思いつくようなことは、他の人も既に思いついていることが多いので、自分のアイデアが既に論文になっていないかどうか、先行研究をチェックする必要があります。どんな研究分野でも研究の潮流や歴史があります。その分野がどのように発展してきてどちらへ向かっているのか、どの程度成熟しているのかは、関連論文をたくさん読むことで見えてきます。

まず最初は、広く、徹底的に読んだり考えたりしなさい。(Stephen C. Stearns  大学院生への「ささやかな」アドバイス)

研究プロジェクトが辿る道のり 1.どんな研究をするか考える 2.関連研究を探す 3…. この中でも、2→1のバックトラック(似たものを見つけちゃって元々のアイデアがつぶれる)がものすごく多いです。(コンピュータ科学の博士課程にきて初めて分かったこと4つ junkato.jp 2012年11月13日)

その頃の私は、毎週届く一流誌の論文を誰よりも先に読んで優越感に浸り、研究の最先端に居るような気になっていたのです。でもあるとき小関先生に 「君、何でもちょっとずつよう知ってるね」と言われ、ものすごく傷つきました。それを契機に、自分でアイディアを考えることが重要だと気づきそれに専念す る事にしたのです。こうして新しい実験計画を色々と考えて志村先生のところに持って行くと、先生はよくできた人ですから、「よく思いついたね」とおだてて くれます。でも色々調べてみると、そういうアイディアはもう既に論文になっている事が多く、それに気付いてがっかりし、また別のことを考えるという日々が続きました。 そのうち次第に、5年後にはこういうテーマで世界の一線の研究が動いているはずだというところまでたどりつくようになったのです。学生時代には、最初からテーマを与えられて研究をするのではなく、自分で考えることを強いる教育が重要だと思います。(常に問いを立て続けて—免疫・嗅覚・そして次は 坂野 仁 JT生命誌研究館 サイエンティスト・ライブラリー

留学したラボではすごく自由にさせてもらったので、例えばベンチに立ってなかったら働いてないと思われるような雰囲気は全然なかったんですね。…最初の2~3ヶ月で100本ぐらい読みましたが、良い論文とそうでない論文がわりとすぐに区別できるようになりました。そうなると、良い論文だけちゃんと端から端まで読んで、それ以外は一応内容がわかる程度に飛ばし読みできるようになりました。最初の100本を短期間で読むのが大事だと思います。どんどん反復することによって、脳が鍛えられます。…大学院の頃の自分だと大体300本ぐらいは読まないと自分のアイデアを誰もやっていないかどうかわからないという感じがありました。(実験医学 2015年6月号 Vol.33 No.9 シリーズ 日本のサイエンスを担うこれからのリーダーの条件を求めて 第3回 創造的な研究を行い、マイルストーンを築く ミシガン大学 山下由起子)

 

6.論文を読んでわかった気にならないこと、批判的に論文を読むこと [批判的精神]

自分のアイデアがどれもこれも既に論文になっているのを見つけると、「自分がやることはもう残っていないのではないか」と焦る気持ちにもなります。しかし、たいていの論文は「ギャップ」が目立たないように見栄えよく書かれているだけで、実際にはいろいろと問題があるものです。論文の結論が間違っている可能性すらあります。

月曜日から金曜日までの毎日、早石研、沼研の合同ランチセミナーがありました。いくつかの論文の内容を紹介するのですが、実験の組み方、結果の解釈の仕方、討論は正しいかなど、実に厳しい質疑討論が行われます。無理に筆者の立場に固執し、客観的に論文を評価できないと容赦なく批判され、時に翌日に持ち越 されます。恐怖のセミナーでした。ここで初めて、論文は批判的に読むということを勉強しました。(清水孝雄教授 退職記念誌 挨拶文)

科学者たるもの、根拠なしに信じてはいけないのです。誰かが論文などで言った結論を、第三者が紹介すると一見まともにみえるものですが、根拠となっている原典のデータやデザインをきちっと評価することが大事です。… 論文を読みながら、その根拠となる引用文献に記されたものを分析すればよいのです。すでに出版された論文であっても差読者の立場で読んでみると、よい点悪い点、論文の主張に穴があれば見えてきます。それから、自分の目で客観的に判断すると、どれだけ多くの未解決問題が残っているかがわかります。そうすると自分の考えで新しい研究を始めることができます。(実験医学  2015年11月号 Vol.33 No.18 日本のサイエンスを担うこれからのリーダーの条件を求めて 第5回 科学の原典をひも解き,知の体系を築く  近藤寿人 京都産業大学教授)

重要なことは雑誌に公表された論文をそのまま信じてはいけないと言うことです。私は大学院の指導教官であった西塚泰美先生(元神戸大学長)から「すべての論文は嘘だと思って読みなさい」と教えられました。まず、疑ってかかることが科学の出発点です。教科書を書きかえなければ科学の進歩はありません。しばしば秀才が陥る罠ですが論文に書いてあることがすべて正しいと思い一生懸命知識の吸収に励むあまり、真の科学的批判精神を失うという若者が少なくありません。(「STAP 論文問題私はこう考える」 質問8 答え8 新潮社「新潮45」July 2014 p28〜p33 本庶 祐 京都大学大学院医学研究科客員教授 PDFリンク

 

7.論文を出発点にするのでなく自分が観察した現象から出発すること [独創性]

良い研究の条件の一つは独創性があることですが、それはどのようにして生まれるのでしょうか?

[アドバイス] 生物学者アガシーの「自然を学べ、本を学ぶなかれ(Study nature, not books)」という名言があります。本を読んで自然を理解したように思い込まず、自分で自然を感じて課題を発見しましょう。(文部科学省検定済教科書 高等学校理科用 平成30年度版 生物基礎 改訂版 本川辰夫 谷本英一 編 啓林館 61  啓林館生基 315

早石道場での経験は他では得難いものでした。 … 「文献を読むのも重要だが、オリジナルなことをしようと思ったら、自分の実験結果を丹念に観察し、その中から課題を探すことだ」というのが教室の方針でした。(清水孝雄教授 退職記念誌 挨拶文)

魚の顔色を見ることでいろんなアイデアが浮かびます。これができたらすごいなとか、こんなこともできるのではないかとか「魚飼いならでは」のアイデアが浮かぶのです。これは論文を読んでいるだけでは絶対浮かびませんし、試験管をふっているだけでも浮かばないと思います。(サバからマグロが産まれる!? 吉崎悟朗  紀伊国屋書店 注目の本・書評で読む)

岡田節人教授は「論文を読んで、そこから研究を始めるな」と口癖のように言っていました。他人の論文を読み、次に自分だったらどうするか?というようなやりかただけで研究を進めると、その時代の研究の進歩には貢献するけれど、真のオリジナリティには繋がりにくい。 もうひとつ、既存の論文から研究をはじめることの深刻な問題は、メジャージャーナルに掲載された論文ですら、結論が間違っている場合がしょっちゅうあるんです。厳正なレビューを通過した論文でも、一見完璧にストーリーができあがっていると、 真の専門家でない限り問題があっても気づき難い。その場合、間違った結論の上に新しい論理構築をすることになります。研究というもの、自分の目で自然を観察し、発見することが一番大切だと思います。(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター センター長 竹市雅俊氏 トムソン・ロイター 研究者インタビュー

頭の悪い人は、頭のいい人が考えて、はじめから駄目にきまっているような試みを、一生懸命につづけている。やっと、それが駄目と分かる頃には、しかし大抵何かしら駄目ではない他のものの糸口を取り上げている。そうしてそれは、そのはじめから駄目な試みをあえてしなかった人には決して手に触れる機会のないような糸口である場合も少なくない。自然は書卓の前で手を束ねて空中に画を描いている人からは逃げ出して、自然の真中へ赤裸で飛び込んで来る人にのみその神秘の扉を開いて見せるからである。(科学者とあたま 寺田寅彦)

今から考えると、私にとっては非常に重大な決断を自分自身に対して下した。それは、他人の論文や参考文献は一切読まないということ。そして自分の実験結果だけから考えて研究を進めようと決意したことだ。(中村修二 『考える力 やり抜く力 私の方法』 三笠書房 2001年 p145)

 

8.再現実験・追試から入ること [巨人の肩に乗る]

その領域で一番重要で興味があると思う論文の追試をしろ。その結果は必ずしも著者の言っている通りにならないから、なぜ違うのかという食い違いの分析から研究をスタートするといい(細胞と人間のサイエンス 増井 禎夫 JT生命誌研究館 サイエンティスト・ライブラリー

すべての研究はひとのまねから始まる 科学は先人達が多大な努力と年月をかけて築き上げた膨大な過去の成果の上に成り立っています。従って、あらゆる科学研究は先人達の成果をまず利用する事に始まります。その第1歩は先人と全く同じ実験をやり、それが再現することを確認する事から始まります。その過程で、自身の実験技術を確認すると同時に、先人が気がつかなかった新しいテーマを見いだすことが出来ます。(大野茂男 研究室のメンバーへのメッセージ PDF)

Pavlov’s laboratory best illustrates the replication and extension approach. As a new student, you would have replicated the last dissertation conducted there. This tested your ability to follow a write-up, and motivated Pavlov’s senior students to work most carefully. Your dissertation would have been some logical extension of this preliminary work. You neither had to to survey the entire research literature nor wonder if the equipment could be constructed. The work had just been completed in your laboratory. Consequently, the duration and other costs of new research could be estimated well. (An Insider’s Guide to Choosing a Graduate Adviser and Research Projects in Laboratory Sciences by Marshall Lev Dermer)

 

9.夢中になれる研究テーマを選ぶこと [研究にのめり込めるか?]

新しい実験を行う場合、期待した結果がすぐに出るということはそうそうありません。良い結果が得られるような実験条件を探し出す努力が必要で、それが研究の労力の大部分を占めます。八方塞のような状況に陥ってもくじけずに粘って突破口が見出せるかどうかは、その研究テーマに対する愛情の深さにかかっています。そして、良い実験結果が出たあとも、それを良いストーリーに纏め上げて論文として世に出すまでには更に長い道のりがあります。長い年月付き合っても飽きず、寝食を忘れて没頭できるくらいの研究テーマを選ばない限り成功はおぼつきません。

私が知っている「幸せで成功している人」というのは、好きなことを仕事にしているだけではなく、自分の仕事に心を奪われているんです。 …犬とテニスボールで遊んだことはありますか? テニスボールを手に持って見せただけで彼らはものすごく興奮します。そして投げた瞬間興奮して走り出し、ボールに向かって一直線、リードが持っていかれたりしますよね? そう、これが幸せに成功している人々の姿です。皆さんもこんな気分になれるものを見つけて欲しいと思います。(「人生のコツはたったの3つ」Dropbox創業者ドリュー・ヒューストンの卒業スピーチが感動的 logmi.jp/8845)

日本では我慢とか忍耐の重要性が強調されますが、我慢して何かをしてもそれは良い人生にはつながらないと思います。我慢しなければ一生懸命実験できないよ うなら、それは単に自分が研究には向いてないという事だと思います。夜遅くまで実験するのは「楽しいから」であって、「いつかはこんなつらい状況を抜け出すため」ではありません。… そして自分が好きな こと(それに伴うつらいことが苦にならないくらい好きなこと)を見つけられれば、その結果成功しなくても気にならないし、でも、好きなのでどんどん努力するため成功の確率は上がると思います。(“Don’t be trapped by dogma”〜人生とは、生きる価値とは〜  山下 由起子 Life Sciences Institute, University of Michigan / 全世界日本人研究者ネットワーク 留学体験記)

Make sure that you are genuinely interested in the question you choose so that it will continue to intrigue you through a period of several years. (Stephen G. Lisberger, From Science to Citation)

you need to “pick a problem that interests you. You will be living with it for a long time. Make sure it is something you will want to wrestle with even when the going gets rough. It has to make you want to get up early, work late, come in on the weekend, and think about it in the shower.” (How to choose a fruitful research project: advice from graduate students. Lee-Anne Huber, Alexandra Guselle.SURG;Studies by Undergraduate Researchers at Guelph Vol4,No1 (2010))

10.研究テーマが大きすぎず小さすぎないこと

科学者は簡単すぎず難しすぎもしない問題を見つけ出すことによって存在感を示すのだ(ジョン・フォン・ノイマン)

参照:ベノワ・B・マンデルブロ『フラクタリストーマンデルブロ自伝ー』早川書房2013年 313ページ

 

11.研究テーマの選択がタイムリーであること

研究テーマは、その大きさという問題もありますが、それに関連するのが隊員具です。学問のっ潮流にあって、早すぎず遅すぎずと言えるものが良いと思います。

世の中には重箱のすみをつつくような研究をしている学者がいっぱいおるんですわ. そんな研究は時間の無駄やから私はやりません. そして研究テーマは世の中の流れに対して早すぎても遅すぎてもいけません. 一歩早いと早すぎます. 半歩早いテーマを選ぶことで成功するんです. (月刊 化学 2015年8月号 化学同人 伝説の生化学者 沼 正作 物語 第3回)

ダルベッコが後に僕のことをほめて言うには、トネガワはそのときavailableなテクノロジーのギリギリ最先端のところで生物学的に残っている重要問題のうち、何が解けそうかを見つけ出すのがうまい、というんだね。いくらいいアイデアがあっても、それを可能にするテクノロジーがなければ絶対に出来ない。だけど、みんなこれはテクノロジーがなくて出来ないと思っていることの中にも、そのときavailableなテクノロジーをギリギリまでうまく利用すれば、何とか出来ちゃうという微妙な境界領域があるんですね。(精神と物質 利根川進x立花隆 1993年 文藝春秋)

The thing that differentiates scientists is purely an artistic ability to discern what is a good idea, what is a beautiful idea, what is worth spending time on, and most importantly, what is a problem that is sufficiently interesting, yet sufficiently difficult, that it hasn’t yet been solved, but the time for solving it has come now. (Professor Savas Dimopoulos, a particle physicist at Stanford University)(引用元

科学者の優劣を決めるものは純粋に芸術的才能であり、優秀な科学者はこの才能でもって、何が良いアイデアなのか、何が美しいアイデアなのか、何が時間を費やす価値があるものなのか、そして、最も重要なことだが、何が十分に面白く、それでいて十分に困難であり、しかもそれはこれまでに解かれたことがなく、しかしながら、それを解くべき時が今まさに来たということを見定めるのである。(Savas Dimopoulos教授、スタンフォード大学の素粒子物理学者)(訳:当サイト)


 

12.研究テーマ選びでボスと意見が合わないとき

「好きなテーマをやっていいよ」と言われていたのに、いざ来てみると「君にはこのテーマをやってもらう」、とボスに研究テーマを強硬にあてがわれてショックを受けた人がいるかもしれません。しかし、お互いに相手がどんな人間かがよくわからない「様子見」の時期に感情的にぶつかってしまうのはもったいない話です。互いの考え方がよりよく理解できれば、研究テーマの選択に関しても自然といい方向に向かうものです。ちゃんと仕事ができる人間だということをボスに認めさせたうえで、ボスに対する愛情と敬意を示していれば、ボスの態度が軟化することもあります。与えられたテーマと自分のテーマとを同時に走らせて、うまく行ったほうを発展させるといった対処が現実的です。良い論文になることが明らかな実験データが得られれば、ボスがそれを研究テーマとして認めないということはないでしょう。

About 95 percent of the time, being able to move a person to your side of an issue comes down to how you make him (or help him) feel about himself. (Bob Burg, Adversaries into Allies)

 

13.研究テーマ選びでラボ内のほかのメンバーと競合したとき

ラボメンバーが多くて研究対象が絞り込まれているラボの場合、自分のやりたいテーマが他のメンバーとかち合うことがあります。ボスが間に入ってラボメンバー 同士のテーマが重ならないように調整することもあれば、一切介入しないボスもいます。そんなときにどう対処すべきかという正解はありません。しかし、相手が口で権利を主張しているだけで全然実験しない人であれば、自分がさっさと実験して結果を出してボスに認めさせることで決着が付くことがあります。実験系の研究室では、最初にきちんと実験データを出せた人が評価されるのが常だからです。あるいは、譲れないこと(e.g., ファーストオーサー)以外はギリギリまで譲って、協調して研究に取り組むことも可能でしょう。何はともあれ、周囲からの協力があるほうが研究はスムーズに進みますので、ラボの仲間とは信頼関係を築けていたほうがいいです。研究ができる人という評価をボスやラボの仲間からひとたび勝ち取れば、自分のやりたいことが実現しやすくなります。

Then the Sun came out and shone in all his glory upon the traveller, who soon found it too hot to walk with his cloak on. (Aesop, The Wind and the Sun)

 

14.そのラボのアドバンテージを研究テーマに反映させること

どんなラボでもそのラボ独自の強みがあります。それと自分の強みとを掛け合わせると研究にユニークさが出せます。そのラボで利用可能な研究リソース(実験手法、経験、ツール、専門的な能力や知識)をよく調べてそれらを最大限に活用することにより、そのラボで仕事をするアドバンテージが生まれます。

You ought to profit from the experience of others in the lab. It is prudent to work on a topic in which your advisor is an expert so that s/he can help you solve problems. (Stephen G. Lisberger, From Science to Citation)

 

15.ラボの中心的テーマをやるか、主流から外れたテーマを選ぶか

ラ ボにはラボの研究の歴史や流れがあります。そのラボが追いかけてきた大きなストーリーの中にある研究テーマに選ぶか、それともあらたな研究テーマを開拓するかは、ひとつの決断です。より多くの研究費が主流のテーマにつぎ込まれていて研究しやすかったり、研究の流れがある分、認知度が高く論文を出しやすいかもしれません。ただし、次のステップで独立することを考えているポスドクであれば、独立後の自分の研究テーマがそのラボと競合しないような方向性を選ぶということもあり得ます。

大学院生がきた時は、最初は放っておいて様子を見ている。どんな本を読んでいるかとか、誰とどんな話をしているかとか。はじめはこれをやれとは言わないで、何気ない顔をして観察しているのです。そしてテーマを決めたら、今の研究室でIP3やCa2+に 関する研究をしていればかなりのレベルの研究ができ、注目される成果が出るので、それにつなげるようにしながらその範囲では何をやってもよいと言うんで す。ただ、やりたいと言ってきたものが、長い経験からやらない方がいいと判断できる時は止めますけれどね。こうやっているといい仕事が出てきます。(俯瞰と徹底 分子から細胞、発生へ 御子柴 克彦 JT生命誌研究館 サイエンティスト・ライブラリー

水晶体の研究はどうするのと聞かれて、それはもうやめますと、ほぼ宣言に近い発言をしました。…細胞分化に比べると、細胞の接着なんて、発生学ではマイナーと言ってよいテーマです。いわば自分から足を踏み外したわけですが、きっと新しいことが見つかるに違いないと思っていたし、精神的にはほっとしましたね。自分で培養皿の細胞を見ていて気づいた接着現象ですが、… (細胞から個体へ - 脇道から到達した発生生物学の本流 竹市 雅俊 JT生命誌研究館 サイエンティスト・ライブラリー

 

16.ラボの体制と研究テーマ選び 

大きなラボで複数の研究グループリーダーによる研究体制が敷かれている場合は、研究テーマ選び=どの指導者につくかという問題になります。ボスを選ぶときと 同じくらい、あるいはそれ以上に誰と一緒に研究するかは重要です。大学院生の場合、その研究グループリーダーが事実上の博士研究指導教官になります。その”中ボス”が途中でラボから独立して出ていくこともあります。

 

17.前任者の実験結果が追試できないとき

前任者が出した論文の仕事の続きを研究テーマとしてボスから任されることがあります。ところが、その論文の実験結果がどうしても再現できないということが、残念ながら珍しくないようです。この場合、研究テーマとしては完全に破綻していますが、自分のラボの論文を否定したくないボスはなかなかそれを認めないかもしれません。こういうときは、前任者の成果以上にポジティブなものことを新たに見つけて、そちらに研究テーマを移行するしかありません。

 

18.誰もやりたがらない研究テーマしか残っていないとき 

面白くてしかも実現が容易な研究テーマは、すでにいるラボメンバーが手を付けており、新参者には、ラボとしては重要なテーマなんだけど、大変そうなものしか残っていないということがあります。このような場合は、体力に自信があればハードワークで解決するか、あるいは実験ステップの合理化や測定記録自動化などで、十分実現可能な研究テーマになるかもしれません。

 

19.裏実験・裏テーマの勧め [独立心の涵養]

研究室の体制によっては自由が全くなくて、言われたこと以外の研究テーマや実験が一切できないことがあります。それでもできる限りボスの目を盗んで、自分のアイデアを試すような実験をどんなに小さなことでもいいからやってみることをお勧めします。誰に言われたものでもなく自分の中から湧き出てきたアイデアを試して、期待通りの実験結果が得られれば、非常に大きな自信につながります。もしそれが論文になりそうなところまで育てば、研究テーマとして認めてもらえる日が来ることでしょう。仮に研究テーマとしてそこまで発展しなくても、研究に対する自信が自分の内部で育まれます。

30代半ばくらいまでに、小さいことでも自分が考えたことが当たって、どうやらうまくいきそうだし、しめしめと思う体験をする。他の人が誰も認めてくれな くても自分でにっこり微笑むということがあると、またやってみようと努力をすることができる。それが研究を支えている力だ、そう思いますね。(筋肉をめぐる闘いの40年  丸山 工作  JT生命誌研究館 サイエンティスト・ライブラリー

 

20.絶対に失敗しないテーマ

多くの場合は、仮説を立ててそれを検証する実験を考え、期待する結果が得られたらその仮説に基づいたストーリーをつくって論文にします。期待する実験結果が得られなかったら、ネガティブデータとしてお蔵入りです。ところが、可能性がAと¬A(Aの否定)の2通りで、どちらに転んでも面白いと思えるテーマであれば、絶対に失敗しないテーマということになり、かならず論文になります。たとえば、ある遺伝子の働きがcell-autonomousか、それとも cell non-autonomousかを調べる実験などです。生命現象の中の、何かしらの物理パラメータを決める実験も、かならず答えが出るので失敗しないテーマと言えます。例えば、ゲノム上の全遺伝子数の決定とか、細胞の中に存在する特定のタンパク質分子の個数を数える、酵素活性や、機能分子の性質を表す物理パラメータを決定するなど。

 

21.それで職が獲れるのか?

研究の意義の大きさを見定めることとオーバーラップしますが、出せるジャーナルのランクの見定めも必要です。研究者としてのキャリアを考えているのであれば、論文をトップジャーナルに出せるかどうかが極めて重要になるからです。ネイチャーやサイエンス、あるいは、せめてそのすぐ下の姉妹紙に出すかどうかで、人からの見られ方がガラリと変わります。良し悪しは別として、研究指向の大学や研究所ほどトップジャーナルに論文を出しているかどうかを重要視します。つまり、小さい論文をコツコツとコンスタントに出しても、それが評価されない、すなわち、「ジョブが獲れないため研究者として生き残れない」可能性が高いのです。

研究テーマを決めて実験を始めた段階で、仮にすべての実験が自分の思い通りになったとして論文を書いたときに、どのランクの雑誌に論文が出せるかが決まってしまいます。

研究においては、ゴールを設定した時点で何割か勝負がついていると言っても過言ではありません。低い山にゴールを設定した時点で、それより高い山に登れる可能性はほとんど無いからです。(高い山を目指そう。次の山を目指そう。九州大学大学院  今井研究室  教授挨拶)

自分にできそうなテーマを選んで、自分に書けそうな論文を、ここなら通りそうという雑誌に出したときに、その論文業績で果たしてあなたは自分が希望するジョブを得ることができるのか?と自問する必要があります。ここでしっかり吟味せずに研究を始めるのは、あまりにも考えなさすぎです。自分が想定している大学や研究所でPIのポジションを最近得た人の論文業績はどんなものなのか、よく調べてみましょう。トップジャーナルに論文を出していないと、研究ができる大学や研究所でジョブを獲るのはなかなか厳しいという現実があります。その研究テーマで実験して、全てがうまくいったときにトップジャーナルが狙えないのだとしたら、あなたのキャリアパスはPIとしてラボを持つという未来には繋がらないということです。現実的には、ラボのボスにトップジャーナルに論文を出す力があるかどうか(論文を書く力、エディターと交渉したり差読者に反駁して説得する力、部下をうまく使う力)が、大きく効いてきます。だからこそ、研究テーマ選び以前の話として、いいラボを選んでおく必要があるのです。

関連記事 ⇒ 大学院やポスドク先の研究室の選び方

 

新しいラボに入って研究テーマを選ぶことは決して容易ではありません。自分の興味やスキル、体力、将来設計、その研究分野の研究動向、そのラボの運営体制や他のラボメンバーとの兼ね合いなど、様々な要素が絡んできます。研究テーマを決めるためには、自分のやりたいことを明確にすること、自分が飛び込む研究分野の動向をよく知ること、そして新しいボスやラボメンバーと良い人間関係を築くことが大切です。

〔注意〕 人それぞれ置かれた状況により、研究テーマ選びやラボで遭遇する問題の解決方法は大きく異なることがあります。このページの内容はあくまで参考に留め、ご自分の責任で最善の判断をしてください。

22.できることをやるのではなく、本当に知りたいことをやる

Last but not least, 


 最後になりましたが、これが一番重要だと思います。多くの人が、入ったラボで、「できることは何か?」と考えて研究テーマを選んでしまっています。「何が知りたいのか?」という発想で研究テーマを選ぶためには、大前提として、自分が行こうとしているラボや自分が今いるラボは、自分がやりたいことができるラボか?を問う必要があります。

自分がアメリカに留学しようと決めて、どこのラボに行こうか悩んだときに、何を基準にラボを選ぶべきかをアメリカでPIをやっている日本人の人に尋ねたことがありました。その方とは初対面でしたが、「自分がやりたいことができるラボを選びなさい。」という答えが即座に返ってきました。今振り返って考えても、やはりそれしかないなと思います。

これを実現するためには、学部と同じ大学の大学院になんとなく進学したり、自分の学力で入れそうな大学院を選んだりしている場合ではありません。自分が受け入れられるかどうかという発想でラボを選ぶのではなく、本当に行きたいラボを選んで、それに向かって相当な努力をする必要があると思います。

 

参考

  1. 「優れた研究テーマ」はどう選ぶべき? (日本最大の科学ポータルサイトChem-Station 2012年1月05日):”「科学者として取り組むべき研究テーマは、どういう指針で選ぶべきなのか?」―これは研究者なら誰しも頭を悩ませる問題でしょう。”
  2. How To Choose a Good Scientific Problem (Uri Alon, Molecular Cell Volume 35, Issue 6, p726–728, 24 September 2009)
  3. 「幻の原稿」編 『Q&Aで答える 基礎研究のススメ』 (中山敬一 九州大学 教授)
  4. 「STAP 論文問題私はこう考える」(PDFリンク) (新潮社「新潮45」July 2014 p28〜p33 本庶 祐 京都大学大学院医学研究科客員教授)
  5. Drew Houston’s Commencement address (MIT News June 7, 2013):”I was going to say work on what you love, but that’s not really it. It’s so easy to convince yourself that you love what you’re doing — who wants to admit that they don’t? When I think about it, the happiest and most successful people I know don’t just love what they do, they’re obsessed with solving an important problem, something that matters to them. They remind me of a dog chasing a tennis ball: their eyes go a little crazy, the leash snaps and they go bounding off, plowing through whatever gets in the way.”
  6. コンピュータ科学の博士課程にきて初めて分かったこと4つ (junkato.jp 2012年11月13日)
  7. 私はこうして卒研を失敗しました (はてな匿名ダイアリー 2012-04-22):”でも初めて研究する(のが大半)なB4に、「全部自分で研究しろ」っていうのはちょっと酷じゃないか?太平洋のど真ん中に、地球の地理も泳ぎ方もわからない人を放り出すようなもんだ。せめて適切な研究テーマを与える  「自分で決めろ」というのならば、その方法を教える 研究の進め方についてアドバイスする  ぐらいは必要なんじゃないか。”
  8. “博士課程の後半になって、自分のテーマのおおもとにしていた海外の論文(某三大誌)が全くのウソである可能性が濃厚になりました。うっすら気付いていましたが、しかし嘘の部分はあってもコアの部分は真実も含まれているはず、ということを信じて再現実験を続けてきました。早い段階で再現実験をしっかりしなかった自分の責任はもちろんありますが、…” — lk http://disq.us/9rnl15

 

更新 20180526 中村修二氏の言葉を追加 20180120 はてな匿名ダイアリーを紹介  201712009 寺田寅彦の言葉を紹介 20171029 九大 今井研 教授挨拶の言葉を紹介 20170724 高校理科生物基礎 啓林館の教科書のアドバイスを追加 20170623 銅鉄実験を追加 20170528 浮穴研雑感の言葉を紹介  20170321 「阿倍野の犬実験をするな」 20170225『なぜあなたの研究は進まないのか』の言葉を紹介

研究者の仕事術
研究者の英語術
研究者のための思考法

 

 

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Silvia博士 生活を犠牲にしない論文量産術

「できる研究者の論文生産術 どうすれば『たくさん』書けるのか」の著者ポール.J・シルヴィア氏が2012年4月27日に行った講演の動画があります。しかしこの講演ではとりとめもなく延々とフリートークが続くので、ポイントを掴むには彼の著書を読むほうが早いです。

たくさんの論文が書けるのは生まれつきの才能ではなくスキルです。だから、そのやり方を学ぶことができます。(前書きより)

この本には非常に実践的な教えが書かれています。原稿が書きかけのままで憂鬱な気分になっている教授から出てくる典型的な言い訳が、「書く時間が見つからない」というものです。しかし、講義の時間がみつからないと言い訳する教授はいません。予定された授業の時間がきたら、授業をするしかないからです。論文を書くのも全く同じで、何曜日の何時から何時までは論文を執筆する時間と決めて、その時間には他の予定は一切入れずに論文の執筆に専念するということを習慣化しなさいと説いています。科学者はプロのライターなのですから、講義の時間に必ず講義をするのと同様、書くと決めた時間に必ず書きなさいとシルヴィアさんは言います。

ちなみにポール・シルヴィアさんが自分で決めた執筆の時間帯は、平日の朝8時から10時までだそうです。朝起きたら、着替えもせずシャワーも浴びず、Eメールのチェックもせず、珈琲を淹れてすぐに机に向かうとのこと。

論文を書けない理由は実はまだまだあります。現実的なところでは、書く前にデータの解析をしなければいけないとか、論文を書き始める前に参考文献を読まなければいけない、などなど。しかし、大丈夫です。シルヴィアさんは、これらもみな「ライティング」とみなします。論文の書き方の本を読むことまでも「ライティング」に含めます。これでもう書かない理由はほとんど潰されてしまいました。

論文を書く環境が悪い、椅子の座り心地が良くない、机が悪いと言って悪あがきする人がいるかもしれません。そういう人達のために、シルヴィアさんはこの本の執筆に使った机と椅子の写真を見せています。インターネットがつながらない部屋、引き出しもない机、質素な椅子。ウインドウズOSすら載っていないPC,DOS上で動くワープロソフト。書くためにはそれで十分だったとシルヴィアさんは言います。

それでもまだ、書く気が起こらない、インスピレーションが湧いてこない、どうしても書けない(Writer’s block)という人がいます。そんな人たちへの最も効果的な処方箋がまさに「決めた時間に書くことの習慣化」なのです。

論文をたくさん書かなければいけない研究者のためのライフハックツールとでも言うべき本。

How to Write a Lot – Paul J Sylvia (http://exordio.qfb.umich.mx/archivos%20pdf%20de%20trabajo%20umsnh/Leer%20escribir%20PDF%202014/Escritura%202014/How%20to%20Write%20a%20Lot%20-%20Paul%20J%20Sylvia.pdf)(73ページPDFへのリンク)

Paul Silvia, PhD – How to Publish a Lot and Still Have a Life Pt 1 (1時間1分31秒)

Paul Silvia, PhD – How to Publish a Lot and Still Have a Life Pt 2 (44分46秒)

Paul Silvia, PhD – How to Publish a Lot and Still Have a Life Pt 3 (31分59秒)

Paul Silvia, PhD – How to Publish a Lot and Still Have a Life Pt 4 (1時間18分4秒)

 

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論文出版に向けての、ボスとの協同作業

大学院に進学した学生や新しいポスドクが、新しいラボでしばらくの間研究テーマを模索し、やがて面白そうでしかも自分にできそうなことを見つけて研究を始める。ボスもそれを認めて、やりたいようにやらせる。数年後、ラッキーなことにそれなりに実験データが溜まってきて、論文を書き始める。しかし、いざ書くとなると、なかなか筆が思うように進まない。それはなぜかというと、せっかく得られた実験結果から導き出せる結論があまりにも弱いから。こうなってしまうと、良い論文を出すことは困難です。

研究プロジェクトを一度始めてしまうと、研究分野にもよりますが数ヶ月、あるいは数年間、その研究を続けることになります。その努力が良い論文として結実しないことには、本人の研究者としてのキャリアが危ぶまれますし、ラボも停滞します。最終的なアウトプットの段階でこのような後悔をしないためには、どうすればいいのでしょうか?

良い科学研究論文を能率よくラボから出すための指針を、ハーバード大学の化学者、ホワイトサイズ教授が短いエッセイにまとめています。この文章はかなり有名で、既にいろいろなところで紹介されています。

これを書いたジョージ・ホワイトサイズ教授は、これまで950本以上の論文を書いており、1981年から1997年の間でもっともよく引用された 1,000人の科学者のうち、5位にランキングされている人であり、さらに2011年12月の時点で、現存する科学者の中で一番h指標が高い研究者なので す。ハーバード大学でMITを取り、同大学で教授になって、300人を超える学生と学者を指導してきました。(http://www.editage.jp/insights/a-3-page-guide-to-scientific-writing)

以下のサイトでは、日本語訳も紹介されています。

今回紹介する文献“Whitesides’ Group: Writing a Paper”では、世界一線級の化学者であるGeorge M. Whitesides教授が自ら、優れた論文執筆法を解説しています。具体的には『アウトライン法』――すなわち、始めに論文の枠組み(アウトライン)を作り、研究データの蓄積と同時並行して何度も修正を加えてゆく、実験データはその時々で補完、図表重視のアピールを心がけ、テキストを書くのは一番最後、という論文作成法――の提唱を通じ、研究のプロダクティビティ・時間効率の向上に効果的たる仕事術にも触れています。http://www.chem-station.com/blog/2009/12/whitesides_group_writing_a_pa.html

もともとAdvanced Materialsという学術誌に2004年に掲載されたものですが、このジャーナルのアクセスランキングでいまでも上位に入るほどの人気エッセイです。

英語の原文はこちら:Whitesides’ Group: Writing a Paper, Whitesides, G.M., Advanced Materials, 2004, 16, 1375-1377. (ラボのウェブサイト上のPDFリンク)。

ホワイトサイズ教授が論文執筆について語るインタビュー動画
Publishing Your Research 101 – Episode 1: How to Write a Paper to Communicate Your Research

 

参考

  1. Whitesides’ Group: Writing a Paper, Whitesides, G.M., Advanced Materials, 2004, 16, 1375-1377:ラボのウェブサイト上のPDFリンク
  2. Whitesides Research Group: Professor George M. Whitesides, Department of Chemistry and Chemical Biologym Harvard University:ホワイトサイズ教授の研究室ウェブサイト
  3. 化学者のつぶやき Whitesides’ Group: Writing a paper(Chem-Station 日本最大の化学ポータルサイト 2009年12月24日)
  4. 科学的文章を書くための3ページのガイド(editage Insights 2014年3月31日)

 

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