まだ紙の実験ノート使って研究してるの?【電子実験ノートの浸透】

      2019/06/12




アカデミアにおける電子実験ノートの普及率

電子実験ノート(Electronic Lab Notebook; ELN)を大学の研究室(生命科学系)で見たことはありませんが、いまどき、製薬企業では通常、電子実験ノートが使われているのだそうです。有機合成を行う化学系のラボだと大学でも導入が進んでいるのかもしれません。

アカデミアにおける電子ノートの浸透の度合いは、「研究データのモニタリング(QC)及び生データの保管に関する調査」(PDF)に、アンケート調査結果として示されています。調査期間は平成 29 年 2 月 23 日から6 月 30 日、調査対象は、AMED の研究資金を多く受けている 70 の国内大学・研究機関の270 の学部・研究科・センター等に所属する、AMED から研究資金の配分を受けている研究室主宰者たち。

結果は、「誰も使用していない」、「ごく一部」との回答を合わせると 7 割を超えており、電子実験ノートはあまり使用されていないという状況だそうです(下図)。

自分は電子実験ノートの使用者に会ったことがないので、むしろこの数字(3割弱が電子実験ノート使用)を「意外に多い」と感じました。有用性が非常に高い化学系のソフトウェアとして電子実験ノートが開発された経緯があるために、化学分野での普及に比べると生物系ラボでの電子実験ノートの利用はまだまだといった状態なのでしょう。

But in the less digitally aligned areas of biology, the shift from paper to electronic laboratory notebooks and similar online tools has been slow, sometimes glacially so. (Steve Dickman. Forbes.com 2017)

 

電子実験ノートの価格

電子実験ノートがいくら便利とはいっても、メジャーな製品に関して言えば、個人やラボが気軽に使える値段ではないようです。

アクセルリス  「 Accelrys Notebook 」 
大学・1 ユーザー¥20,000-/ 年間
サーバー版・・・50 ユーザー ハードウェア類込みで約¥7,000,000-

アジレント・テクノロジー 「OpenLAB ELN」
10 ユーザ ¥3,000,000-( サーバハード別)

(引用元:理科研2014

電子実験ノートの市場は活況を帯びており買収が盛んなので、発売元の企業や製品名がよく変更になります。ちょっと混乱しそう。アクセルリスは2014年にダッソー(Dassault Systèmes)に買収されました。アジレントは2018年にGenohmを買収しています。

 

ダッソー・システムズ BIOVIA Notebook

紙のノートの欠点

  • 実験を重ねて、数年に渡って記録した紙のノートが何十冊、何百冊と溜まってくると、その中から関連する結果を利用しようと思っても、どこに何が書いてあったかを記憶を頼りに探し当てるのは相当に困難で、必要とするデータに辿り着くためには、膨大な時間を要する
  • 紙のノートに貼付けたプリントデータや画像、手書きメモなどは、次第にノートが厚くなったり、糊でページがくっ付いてしまうという不便さが付きまとうとともに、年月が経過するごとに劣化して、該当ページから分離したり、紛失したり
  • 学生が何を書いているのか分かりにくかったり、メモ書き程度の中身しかなかったり

クラウド型電子実験ノートの利点

  • 学生が記録した実験ノートをクラウド上で随時確認できる 海外に出張している時でも、出張先から日々ノートのチェックが出来る
  • 電子化したことで学生にもしっかりまとめようという意識が高まった為でしょうか、内容まで非常に充実して読みやすくなった
  • 関係する研究者の間で、実験条件なども含めたデータを一括してリアルタイムに共有することが可能に
  • 『BIOVIA Notebook Cloud』なら、キーワードによる全文検索のみならず、反応式や構造式による検索が可能
  • 過去に行った関連する実験や同様のテーマを検索して、その結果を瞬時に表示することも簡単
  • 電子実験ノートの最大のメリットのひとつである知財管理や、アクセス履歴管理による不正な改ざんの防止

(ケーススタディ:北海道大学 創薬科学研究教育センター  BIOVIA、DASSAULT SYSTEMS)( PDF

  1. BIOVIA Notebook (Accelrys) BIOVIA Notebook (旧 Contur ELN)および BIOVIA Science Cloud は、さまざまな研究分野に対応する、柔軟性に優れた低コストの電子実験ノート(ELN)です。
  2. BIOVIA Workbook LSTECH CTC(伊藤忠)のライフサイエンス情報サイト
  3. BIOVIA I NOTEBOOK CLOUD (CTC) インストール不要なクラウドベースのシステムなので、インターネット接続しているパソコン1台あれば、すぐにご利用になれます。初期導入コストを抑えられるので、研究者個人、研究室単位でのスタートが可能です。
  4. 伊藤忠テクノソリューションズ株式会社(略称CTC) 
  5. BIOVIA Notebook(DAIKIN)BIOVIA Notebookは、低いコストで、かつ簡単に電子ノートを導入できるソフトウェアです。
  6. ダッソー・システムズとAccelrysが協力 3Dエクスペリエンス企業であるダッソー・システムズは、サンディエゴに本拠を置くAccelrys社を買収しました。Accelrys社は、化学、生物学、資材分野の科学的革新ライフサイクル・マネジメント・ソフトウェアを提供するトップ企業です。
  7. The Human Element In Lab Informatics (By Rick Mullin, c & en (Chemical & Engineering News) Volume 92 Issue 42 | pp. 12-15 Issue Date: October 20, 2014) In April, the most acquisitive of them, Accelrys, was itself acquired by France’s Dassault Systèmes, which develops software for three-dimensional modeling and product life-cycle management. Dassault folded Accelrys into a new group called Biovia with a goal no less ambitious than supplying the software needed for the lab of the future.
  8. Accelrys CEO on Dassault Acquisition (By Allison Proffitt, Bio IT World January 31, 2014) Yesterday, Dassault Systèmes, a Paris-based company focused on Product Lifecycle Management (PLM), announced its intention to acquire Accelrys for approximately $750 million.

BIOVIA Notebook Walkthrough BIOVIA Notebook 2017/06/27 動画時間42:24

 

IDBSの電子実験ノート

  1. IDBS THE E-WORKBOOK CLOUD The place where science happens
  2. IDBS E-WorkBook  (CTC 伊藤忠)

中外製薬における電子実験ノート(IDBS)の導入事例

  • CTCLSが提供するIDBS社電子実験ノートシステム「E-WorkBook」を導入し、生物系部門における実験ノートを電子化
  • 中外製薬はスイスの製薬会社Roche Group(以下、Roche社)の一員ですが、そのRoche社がIDBS社電子実験ノートシステムE-WorkBookを導入
  • 生物系業務向け電子実験ノートとして設計・開発されたE-WorkBookは、海外でも導入実績が多く、デファクトスタンダード
  • あたかも紙の実験ノートのように、白紙のページに情報をドラッグ&ドロップで自由に貼付できる
  • 貼付した電子ファイルを時系列に並べられ、電子ファイル内の要所をレビュー表示できる
  • 化学系と生物系業務の電子実験ノートシステムのシングルプラットフォーム化には拘らなかった
  • 2016年内に、神奈川県鎌倉市と静岡県御殿場市の研究本部全体まで、E-WorkBookを本番稼働させる

取材時(2016年3月15日)引用元:ls.ctc-g.co.jp

ELN IDBSsoftware 2019/02/12 1:57

 

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パーキンエルマーの電子実験ノート

Signals Notebook

  1. Signals Notebook(PerkinElmer)
  2. パーキンエルマーのクラウド型ELNが国内市場で好調 (ccsnews.jp) 2017.11.02-パーキンエルマーインフォマティクスが提供するクラウド型電子実験ノートブック(ELN)が好調だ。ワールドワイドの導入実績はすでに数百社・機関に達しており、日本国内では製品体系を一新して今年4月から本格的に販売を開始したが、大学や民間企業での採用が急ピッチで進んできている。クラウド版であるため毎月のように機能強化が実施されており、国内ユーザーが要望した機能も実装されてきているという。使用権は「ChemOffice Professional」にバンドルされており、国内の多くの大学がライセンスを所有している状態になるため、来年にかけて一気に普及するとも期待される。同社は、オンプレミス型のELN市場をリードするベンダーで、製薬企業向けの「E-Notebook」は国内トップシェア。これに対し、クラウド型ELNは2013年に買収したWingu社の「Elements」がベースで、日本語が入力できないなどの制約があったため、実績は欧米が先行していた。その後、順次機能強化を進め、製品名を「Signals Notebook」に変えて本格的に日本市場に投入したのが今年4月。世界では、今年夏から旧「Elements」ユーザーの「Signals Notebook」への移行も進んでいる。クラウドで動作するELNであるため、利用者側でソフトをインストールする必要はなく、インターネットとブラウザーがあれば、PCでもタブレットでも機種やOSに制限はない。また、画面構成が自由で、化学・薬学以外でもさまざまな分野の研究に活用することが可能。

E-Notebook

武田薬品工業における電子実験ノートE-Notebook 導入事例

紙媒体を介さずに記録・管理する完全電子化ソリューションへ移行し、PerkinElmer社が提供するChemBioOffice Enterprise Suiteのパッケージの一つであるE-Notebookとその関連システムを連携させることを提案した(図ー2)。E-Notebookは主として製薬企業に向けた化合部合成実験情報の入力・検索・表示を実現するパッケージ製品である。(FUJITSU.65,1,p。69-74(01,2014) PDF)

  1. 武田薬品、国内最大規模となる富士通の電子実験ノートシステムを導入し、紙での運用を廃止ビジネス+IT 2010/09/01 sbbit.jp)富士通は武田薬品工業(以下、武田薬品)と共同で、創薬研究部門の生産性の向上と高度化を促進し業務改革を推進するため、合成実験の計画や結果を電子的に記録し、ナレッジとして共有・活用する国内最大規模の電子実験ノートシステムを構築した。これにより、武田薬品では国内で初めて、合成研究部門における実験ノートの運用を完全に電子化することに踏み切り、紙での運用を廃止した。

大日本住友製薬における電子実験ノートE-Notebook 導入事例

2016年3月に生物系電子実験ノートは本稼働しましたが、その浸透には時間をかけました。「使っていけばメリットは実感できます。まず慣れることから始めて、使いやすいと思った人から電子実験ノートに切り替えてもらいました。現在、共同研究など電子実験ノートが対応できないケースを除いて全員が利用しています。(引用元:富士通導入事例カタログ2017年3月 PDF

 

東レにおける電子実験ノートE-Notebook 導入事例

  • 弊研究所では、2008 年より研究情報の管理・共有化の観点から全ての合成研究者を対象にCambridgeSoft 社の電子実験ノート E-Notebook の利用を原則義務付けている。
  • そのような事情から、ChemOffice 付属ソフトE-Notebook に注目し、実験ノート作成作業の効率化を図れないか検討を開始した。
  • 2005 年にデスクトップ版からWeb版であるE-Notebook Enterprise にシステムを移行した。
    (引用元:CICSJ Bulletin Vol.26 No.5 (2009)

The PerkinElmer E-Notebook for Biology PerkinElmer Informatics 2015/04/14 動画時間3:24

 

  1. E-Notebook (PerkinElmer) 紙の実験ノートを置き換える電子実験ノートブック
  2. E-Notebook Enterprise 製品概要(富士通)

 

アジレント・テクノロジーズ

  1. Agilent Technologies to Enhance Lab Informatics with Acquisition of Genohm (BuisinessWirecom May 02, 2018 04:30 PM) Agilent Technologies, Inc. (NYSE: A) today announced that it has entered into a definitive agreement to acquire privately-held Genohm, a developer of highly differentiated, on-premise and cloud-based software solutions for laboratory management. … Genohm’s main laboratory software automation suite, SLIMS, is a digital platform that provides laboratories with a rapidly deployable and seamless laboratory information management system (LIMS) and electronic lab notebook (ELN) environment that is used in biobanks, research labs and next gen sequencing facilities. … The modern architecture of SLIMS is perfectly aligned with the values of Agilent’s OpenLab products. By integrating this technology with our broad and diverse instrument portfolio, we are in a unique position to support and enhance the operations of modern laboratories—truly helping our customers to do more with their data.
  2. Access Agilent 2010年4月号 OpenLAB 電子ラボノート(ELN) 当初は Kalabie ELN と呼ばれていた OpenLAB 電子ラボノート Electronic Laboratory Notebook (ELN) は、2010 年春にリリースされる バージョン 4.1 で OpenLAB ソフトウェアポートフォリオの一部になります。

Agilent TEchnologies OpenLAB

Get Work Done Faster with OpenLAB ELN Agilent Technologies 2016/03/04


 

Genohm SLIMS

SLIMS introduction (Genohm 2017/08/30)

  1. genohm.com
     

ArxSpan

  1. ArxLab Notebookはクラウド型システムで、ご利用にあたりソフトウエアやデータベースのインストール等一切不要です。
  2. 米アークスパンが日本市場でELNなど本格販売開始 (ccsnews.jp) 2014.05.13-米アークスパンはこのほど、日本市場で本格的な事業を開始した。電子実験ノートブック(ELN)などクラウド型の医薬R&D支援ソリューション「ArxLab」(アークスラボ)を売り込んでいく。… 現在、既存ユーザーの半分は米国の製薬会社で、残りの半分ほどはその製薬会社の仕事を請け負っている中国のCROだという。… 実際、同社はELN市場では後発となるため、既存システムとの共存・連携を前提にした製品づくりが行われており、CROから製薬会社へ提供されるデータを変換して、その製薬会社が使用しているパーキンエルマーやアクセルリスなどのELN製品が管理するデータベース(薬理、化学、インビボ、インビトロなどの区分あり)へ直接格納することが可能。

 

Waters

  1. ラボ用電子実験ノート Waters(R) NuGenesis(R) ELN Waters(R) NuGenesis(R) ELNは、NuGenesisラボ管理システムのラボ用電子実験ノートです。

 

CBIS

  1. Chemical and Biological Information System(CBIS)(PDF) 化合物カタログ・試薬在庫・細胞株・機器分析データ・文書等の研究に関わるあらゆるデータを統合して管理できるWebシステム 

 

ELSEVIERの電子実験ノート HiveBench

  1. hivebench.com Built by scientists. For scientists.
  2. Hivebench(エルゼビア)生命科学分野のワークフローと問題点を理解している生命科学の科学者が作った、簡単に使用できるElectronic Lab Notebook (ELN)

 

labfolder

  1. labfolder

Introduction to labfolder’s ELN by CEO Dr. Simon Bungers labfolder 2018/02/02


 

Chemotion ELN

  1. Chemotion ELN: an Open Source electronic lab notebook for chemists in academia Journal of Cheminformatics20179:54

 

マイクロソフトOneNoteを電子実験ノートとして使う方法

  1. A quick guide for using Microsoft OneNote as an electronic laboratory notebook. PLoS Comput Biol. 2019 May 9;15(5):e1006918. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006918. eCollection 2019 May.

 

電子実験ノートの一覧および市場展望

今後、大学の生物系の研究室でも徐々に電子実験ノートに移行していくことになるのではないかと思います。以下、アルファベット順。

  1. Abbott Laboratories
  2. Agilent Technologies, Inc.
  3. Arxspan, LLC
  4. Benchling, Inc.
  5. Bio-ITech BV (elabJournal)
  6. Dassault Systemes SE
  7. Docollab
  8. eLabJournal
  9. Hivebench
  10. ID Business Solutions (IDBS) Ltd. (Danaher Corporation)
  11. KineMatik Inc.
  12. Lab-Ally, LLC
  13. Labfolder GmbH
  14. Labguru
  15. Labii Inc.
  16. LabArchives, LLC.
  17. LabLynx, Inc.
  18. LABTrack, LLC
  19. LabVantage Solutions, Inc.
  20. LabWare, Inc.
  21. Mestrelab Research, S.L.
  22. PerkinElmer, Inc.
  23. RURO, Inc.
  24. SciNote, LLC
  25. SEQOME Limited
  26. Thermo Fisher Scientific Inc.
  27. Waters Corporation

参考

  1. The Electronic Lab Notebook in 2019: A comprehensive guide. labfolder.com
  2. Electronic Lab Notebook (ELN) Market Report 2019 7ᵗʰ edition Top Companies, Sales, Revenue, Forecast and Detailed Analysis (Eric Shaw Eric Shaw May 30, 2019 markettrendsnews.com)
  3. 2019 review of the best electronic laboratory notebooks April 5, 2019 — Published by Victoria MARMILLOD. This article follows a review that has been published in 2017. After a lot of feedback gathered from ELN editors and users, Labs Explorer is releasing this updated review.
  4. Global Electronic Lab Notebook (ELN) Market 2018-2023 – Increasing R&D Activities / Growing Automation in Laboratories / Technological Advancements / Rising Need for Regulatory Compliance (Sep 12, 2018, 13:15 ET prnewswire.com)
  5. The 9 Best Electronic Lab Notebooks (ELN) Review for Your Research April 16, 2018 splice.bio.com
  6. 2017 review of best electronic laboratory notebooks. March 15, 2017 — Published by Benedicte Huchet labsexplorer.com

 

参考

  1. Lists of ELNs

  2. How to pick an electronic laboratory notebook. Roberta Kwok. 06 AUGUST 2018 Nature.com
  3. デジタル実験ノートはあなたにピッタリ?(エナゴ学術英語アカデミーJan 30, 2015 Last updated Jul 6, 2018 )英語エディターのウィリアム・スティーブンソンが、化学者としての自分の経験も踏まえて、「デジタル実験ノート(digital lab notebook、digital labbooks、eNotebooks)」について考察してみました。
  4. 電子ノートか紙のノートか (2017/11/22 Chem-Station)
  5. Lab Notebook Software, Bypassed By Biologists, Poses Tough Challenge For Software Developers Steve Dickman Nov 8, 2017, 11:56am Forbes
  6. Electronic lab notebooks: can they replace paper? 2017 May 24. J Cheminform. 2017; 9: 31. 
  7. A pocket guide to electronic laboratory notebooks in the academic life sciences. 2016 Jan 4. F1000Res. 2016; 5: 2.
  8. Electronic Laboratory Notebooks: More than Notes (CNI: Coalition for Networked Information 2015/06/11 YOUTUBE 46:41) ウィスコンシン大学における電子実験ノートLabArchivesの導入事例と電子実験ノートが抱える問題点
  9. 電子実験ノートを用いた知的財産保護の前線 (原田 明彦, 間杉 奈々子 富士通株式会社テクニカルコンピューティング・ソリューション事業本部H P Cアプリケーション統括部 情報管理 vol. 57 no. 10 2015)
  10. 電子実験ノートもクラウドの時代? Accelrys Notebook (Chem-Station 2014/12/11) サーバーがいらないってどういうこと?と思うかもしれませんが、正確にいえば自分でサーバーを持たず、管理されているサーバーにアクセスして随時情報を更新していく、つまりクラウド型の電子実験ノートであるということです。
  11. STAP騒動をSTOPできた? 「電子実験ノート」の実力(田中 淳=日経コンピュータ 2014/06/25 00:00)(会員限定記事)
  12. 第5回 ELN 研究会開催の案内PDF) 日時:2013年5月22日(水)会場: 富士通株式会社 関西システムラボラトリ(大阪京橋) アジレント・テクノロジー OpenLAB ELN、アクセルリス クラウド版創薬データ共有ツール(Accelrys HEOS)/電子実験ノート(Contur ELN)、CTCLS  IDBS E-WorkBook、パーキンエルマー E-Notebook Enterprise
  13. A Review of Electronic Laboratory Notebooks Available in the Market Today Michael Rubacha, Anil K. Rattan, Ph.D.*, Stephen C. Hosselet, Ph.D. February 1, 2011 
  14. 電子ノートシステムの動向と展望 アスビオファーマ株式会社 島本哲男 CICSJ Bulletin Vol.26 No.5 (2009)
  15. 電子実験ノート導入を成功させるためのアプローチ 株式会社 NTT データ ビジネスコンサルティング 林 正博 CICSJ Bulletin Vol.26 No.5 (2009)
  16. Meeting the Specialized Requirements of the Biologist Through a Biology-Focused Electronic Laboratory Notebook. October 1, 2007. American Laboratory.
  17. The status of electronic laboratory notebooks for chemistry and biology. Keith T Taylor. Current Opinion in Drug Discovery & Development 2006 9(3):348-353 (PDF)
  18. Electronic Lab Notes (Feb 9, 1987 HOWARD KANARE TheScientist) Electronic notekeeping can be easier and more useful than traditional handwritten records. However, many scientists and lab managers who have relied on traditional paper-based records are concerned about depending on electronically recorded notes.

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