Note that in this missive, Carreira does not impose his own rules on Guido, but those of Caltech. In fact, sources assured me that such work practices were and still are perfectly standard at Caltech. Working in the lab late and on weekends was normal, everyone had to do it, as the sources said. Caltech used to be infamous for people working ungodly hours. Sometimes, lights were on in the labs even at 2 AM on a Saturday morning. Other US elite universities were not really much better, or same. (New JACS EiC Erick Carreira: “correct your work-ethic immediately” SEPTEMBER 6, 2020 For Better Science)
A statement from Prof. Erick Carreira:
“I regret writing this letter, as it in no way reflects my leadership approach today. I have made peace with those impacted by the letter. (1/3)
Whether I am leading a lab or leading a journal, I am committed to promoting a sustainable and positive cultural shift in our industry.” – Erick Carreira (3/3)
But in the less digitally aligned areas of biology, the shift from paper to electronic laboratory notebooks and similar online tools has been slow, sometimes glacially so. (Steve Dickman. Forbes.com 2017)
The Human Element In Lab Informatics (By Rick Mullin, c & en (Chemical & Engineering News) Volume 92 Issue 42 | pp. 12-15 Issue Date: October 20, 2014) In April, the most acquisitive of them, Accelrys, was itself acquired by France’s Dassault Systèmes, which develops software for three-dimensional modeling and product life-cycle management. Dassault folded Accelrys into a new group called Biovia with a goal no less ambitious than supplying the software needed for the lab of the future.
Accelrys CEO on Dassault Acquisition (By Allison Proffitt, Bio IT World January 31, 2014) Yesterday, Dassault Systèmes, a Paris-based company focused on Product Lifecycle Management (PLM), announced its intention to acquire Accelrys for approximately $750 million.
Agilent Technologies to Enhance Lab Informatics with Acquisition of Genohm (BuisinessWirecom May 02, 2018 04:30 PM) Agilent Technologies, Inc. (NYSE: A) today announced that it has entered into a definitive agreement to acquire privately-held Genohm, a developer of highly differentiated, on-premise and cloud-based software solutions for laboratory management. … Genohm’s main laboratory software automation suite, SLIMS, is a digital platform that provides laboratories with a rapidly deployable and seamless laboratory information management system (LIMS) and electronic lab notebook (ELN) environment that is used in biobanks, research labs and next gen sequencing facilities. … The modern architecture of SLIMS is perfectly aligned with the values of Agilent’s OpenLab products. By integrating this technology with our broad and diverse instrument portfolio, we are in a unique position to support and enhance the operations of modern laboratories—truly helping our customers to do more with their data.
Electronic Lab Notebook (ELN) Market Report 2019 7ᵗʰ edition Top Companies, Sales, Revenue, Forecast and Detailed Analysis (Eric Shaw Eric Shaw May 30, 2019 markettrendsnews.com)
2019 review of the best electronic laboratory notebooks April 5, 2019 — Published by Victoria MARMILLOD. This article follows a review that has been published in 2017. After a lot of feedback gathered from ELN editors and users, Labs Explorer is releasing this updated review.
Global Electronic Lab Notebook (ELN) Market 2018-2023 – Increasing R&D Activities / Growing Automation in Laboratories / Technological Advancements / Rising Need for Regulatory Compliance (Sep 12, 2018, 13:15 ET prnewswire.com)
Meeting the Specialized Requirements of the Biologist Through a Biology-Focused Electronic Laboratory Notebook. October 1, 2007. American Laboratory.
The status of electronic laboratory notebooks for chemistry and biology. Keith T Taylor. Current Opinion in Drug Discovery & Development 2006 9(3):348-353 (PDF)
Electronic Lab Notes(Feb 9, 1987 HOWARD KANARE TheScientist) Electronic notekeeping can be easier and more useful than traditional handwritten records. However, many scientists and lab managers who have relied on traditional paper-based records are concerned about depending on electronically recorded notes.
実際には、Image Jよりもさらに高機能なFijiを自分は使っています。Fijiは単にImageJそのもので(Fiji is just ImageJ)、プラグインが最初からたくさんくっついてくるだけです。Image Jは様々なデータ処理・データ解析のためにプラグインを入れることができますが、Fijiには最初からこれらのプラグインがてんこ盛りで入っていますので、いちいち後からインストールする手間がなくて良いです。顕微鏡メーカーやカメラメーカー独特の画像フォーマットでも、大抵の画像ファイルがFijiで開けてしまいます(Bio-Formatsを利用するなどして)。
Basic Intensity Quantification with ImageJ (PDF) If you have particles that have merged together, Process →Binary→Watershed can often (but not always) accurately cut them apart by adding a 1 pixel thick line where it feels the division should be. *2つの粒子がくっついている場合にウォーターシェッドというアルゴリズムを用いて分離する機能もImageJにはあるようです。
Watershedの機能も用いて細胞を分離して、細胞数をカウントする方法を示したYOUTUBE動画があったので紹介しておきます。
Counting Cells with ImageJ by Kevin Foley 2013/09/10
A Simple Method for Measuring Intracellular Fluorescence By Anthony Federico. Fortunately for microscopy users, measuring intracellular fluorescence has been made relatively simple through an ImageJ plugin called the Cell Magic Wand.
Analyze, Set Scale…を選びます。例えば20ミクロンが100ピクセルだとわかっていれば、Distance in pixels:100, Known distance: 20, Pixel aspect ratio:1, Unit of length: micronとします。すると、自動的に計算された結果として今の場合、Scale: 5 pixels/micronと表示されますので、OKをクリックします。
次に、画像を開いた状態で、Analyze, Tools, Scale bar…を選びますと、パネルが出現しますので表示させたいスケールバーの長さを例えばWidth in micron: 20, Height in pixels: 5, Color: White, Location:Lower Right などと選びOKをクリックします。すると画面右下に20ミクロンのスケールバーが表示されます。micronsとしていた単位は、写真に埋められたスケールバーにはギリシャ文字でμmと表示されました。
出会いのパターンは大きく分けてこの二つ。 ① 大学時代に出会う。この場合、相手は同じ学問分野(同学科の同級生)、同趣味(サークルで出会う)、あるいは別学部や別学部(教養科目や友人を介して)だと考えられる。 ② 研究室で出会う。相手は同じ分野の研究者。あるいは研究補助員・テクニカルスタッフ・秘書。(研究者同士の結婚について。 aprilone78 2010-09-06 )
未婚状態から結婚状態への移行を検討する際、交際へ移行する過程と交際から結婚へ移行する過程では意思決定に影響を及ぼす要因が異なることが明らかになりつつある。(結婚の意思決定に関する分析~「結婚の意思決定に関する意識調査」の個票を用いて~ 佐藤博樹、三輪哲、高見具広、高村静、石田絢子 September 2016 内閣府 ESRI Discussion Paper Series No.332 PDF)
結婚前に分かる「長続きしない結婚の8つの兆候」(Amanda Scherker The Huffington Post 2015年01月13日 19時26分 JST) 1.はじめから金銭感覚が合わなかった。カンザス州立大学が行なった研究は、新婚旅行の最中にお金のことでケンカになってしまったら、末永く幸せには暮らせそうにない、と示している。研究者らは、関係の初期段階における金銭絡みのケンカと、将来の結婚生活における不満には相関性がみられるとし、お金は「離婚を予測する最大の判断材料」であるとしている。興味深いことに、この相関性は、収入レベルや裕福度を問わず見られるという。
私:「来週のラボミーティングは自分の番なんですが、データがないんですけど。」
ボス:「それはあなたの問題ね。」
Me: “I’m supposed to present at lab meeting next week, but I have no data.”
Advisor: “That’s your problem.” @sianbehr 14:48 – 2014年2月21日
大学院で最初のラボミーティングだけどデータが無いから休日の写真を1時間見せていよう First lab meeting presentation today as a PhD, no data, just going to show my holiday photos for an hour @Sarah_Bethy_ 0:22 – 2016年2月26日
1. 失敗の過程を話して、ラボからの助言を仰ぐ
2.古いデータを見直してみる 定量的な解析を行うことにより、新しい見方ができるかも
3.解析ソフトウェアを使いこなす バイオインフォマティクスツールなどの利用で新しい発見があるかも
(4.論文紹介の時間にする)
5. 新しいモデル、模式図をつくってみる 手持ちのデータや文献からの知見をあわせて新たなモデルがつくれるかも
6.備えあれば憂いなし 日頃からサ イドプロジェクトを走らせておいて、何もニューデータがないという状態をつくらないようにする (How to present during lab meeting without new data May 25, 2017 BY Brittany Carson)
“I have not failed 10,000 times. I have not failed once. I have succeeded in proving that those 10,000 ways will not work. When I have eliminated the ways that will not work, I will find the way that will work.” (Thomas Edison) (How Failure Taught Edison to Repeatedly Innovate. By Nathan Furr, forbes.com Jun 9, 2011)