開発者&開発の歴史:Jon Peirce氏が自分の研究室で使うために2002年から開発。他の研究者からの要望が増大したためそれに応える仕様に拡充。2007年にソフトウェアPsychoPy開発に関する論文を発表。2010年から2011年にかけて、学生がプログラミングなしでPsychoPyを使えるようにとBuilderを開発。これによりPsychoPyの利用者が劇的に増加し、利用者数16000人、開発者数総勢70人の規模にまでPsychoPyコミュニティが育ってきている(参照:Building Experiments in PsychoPy)。
Build your first PsychoPy experiment (Stroop task)
PsyScope is a program to design and run psychological experiments, used by many experimental labs. It runs on Apple Macintosh computers. http://psy.ck.sissa.it/
実際には、Image Jよりもさらに高機能なFijiを自分は使っています。Fijiは単にImageJそのもので(Fiji is just ImageJ)、プラグインが最初からたくさんくっついてくるだけです。Image Jは様々なデータ処理・データ解析のためにプラグインを入れることができますが、Fijiには最初からこれらのプラグインがてんこ盛りで入っていますので、いちいち後からインストールする手間がなくて良いです。顕微鏡メーカーやカメラメーカー独特の画像フォーマットでも、大抵の画像ファイルがFijiで開けてしまいます(Bio-Formatsを利用するなどして)。
Basic Intensity Quantification with ImageJ (PDF) If you have particles that have merged together, Process →Binary→Watershed can often (but not always) accurately cut them apart by adding a 1 pixel thick line where it feels the division should be. *2つの粒子がくっついている場合にウォーターシェッドというアルゴリズムを用いて分離する機能もImageJにはあるようです。
Watershedの機能も用いて細胞を分離して、細胞数をカウントする方法を示したYOUTUBE動画があったので紹介しておきます。
Counting Cells with ImageJ by Kevin Foley 2013/09/10
A Simple Method for Measuring Intracellular Fluorescence By Anthony Federico. Fortunately for microscopy users, measuring intracellular fluorescence has been made relatively simple through an ImageJ plugin called the Cell Magic Wand.
Analyze, Set Scale…を選びます。例えば20ミクロンが100ピクセルだとわかっていれば、Distance in pixels:100, Known distance: 20, Pixel aspect ratio:1, Unit of length: micronとします。すると、自動的に計算された結果として今の場合、Scale: 5 pixels/micronと表示されますので、OKをクリックします。
次に、画像を開いた状態で、Analyze, Tools, Scale bar…を選びますと、パネルが出現しますので表示させたいスケールバーの長さを例えばWidth in micron: 20, Height in pixels: 5, Color: White, Location:Lower Right などと選びOKをクリックします。すると画面右下に20ミクロンのスケールバーが表示されます。micronsとしていた単位は、写真に埋められたスケールバーにはギリシャ文字でμmと表示されました。
[仕事内容(業務内容、担当科目等)]
(1) 当センター事業として推進するProfessional and Global Educators’ Community(PAGE)プロジェクトなどのオンライン教育開発、ワークショップの企画・制作、プロジェクトの運営、ウェブサイト更新等の管理業務を行う。
(2)英語で授業を教えるスキルを磨くためのオンライン教育、ワークショップ技法の研究開発を行う。
職種:研究員・ポスドク相当
応募資格:
1)博士課程を修了していること(教育学・応用言語学分野の研究業績があることが望ましい)。
2)英語での教育経験、オンライン教育の運営経験を持つこと(英語で授業を教える(English Medium Instruction)教育方法についての専門知識があることが望ましい)。
3)高い日本語及び英語能力を有し、両言語で実務ができること。
STAP細胞とは、Stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP)という現象を示す細胞ことで、STAP細胞を日本語でいえば刺激惹起性多能性獲得細胞(しげきじゃっきせいたのうせいかくとくさいぼう)となります。2014年に小保方晴子研究員らを中心とする研究グループによりNATURE誌に論文報告されましたが、現在ではそんなものは存在しなかったことになっています。