2種類のマーカーで細胞を同時に染色（二重染色）したときに、例えば緑に染まった多数の細胞の何割が赤でも染まっているのかを知りたいことがあります。そのような解析にImage Jが使えるかもしれません。
ImageJのParticle Analysis（粒子解析）を利用して一方のチャンネルの画像内の細胞を同定し、その結果をROIとして取り込み、他方のチャンネルの画像にそのROIを適用して輝度を測定することが可能です。やり方は非常に簡単で、Particle Analysisを実行するときに、Add to Mangerのチェックボックスにチェックを入れておくだけ。
ROI Managerを出すには、ImageJ/Fijiのメニューから、Analyze, Tools, ROI Manager… と選びます。ROIマネジャーが保持するROIの輝度（画素値）の平均を計算するには、ROI Managerのパネルの右側のリストのMore>>をクリックしたときに現れるリストでMulti Measureをクリックします。
画像処理で一番重要なことは、出発材料となる画像が良いことです。ここでの画像の良さとは、解析対象物のコントラストが高くて、簡単に背景から分離できることです。いろんな意味でノイズが多かったり、染色が一様でなかったり、個々の対象物の一部が見かけ上くっつくなど形状が一様でない場合には、単純な処理だけでは期待した結果が得られにくいです。悪い画像からであっても意味のある情報を抽出するというのは、もはや工学における研究テーマでしょうから、ImageJで簡単にというわけにはいきません。
参考