「CAG-GFPを１５番染色体にヘテロで持つマウスはどこ由来なのか？」

京都大学iPS細胞研究所で遺伝子組み換えマウスが管理区域外で見つかり、文部科学省が厳重注意、山中伸弥所長が謝罪記者会見を開くということが以前ありました。

今回のＳＴＡＰ細胞論文捏造事件では、理化学研究所発生・再生科学総合研究センター（理研ＣＤＢ）で正体不明の遺伝子組み換えマウス（CAG-GFPを１５番染色体にヘテロで持つマウス）が使われていたことが明らかになっており、遺伝子組み換えマウス管理の杜撰さという点では、事の重大さは先の京大の件とは比較になりません。小保方氏が若山氏から供給されたマウス以外は使っていないというのなら、一体誰がどこからこの遺伝子組み換えマウスを理研ＣＤＢ内に持ち込み、小保方氏の実験にそれが入り込んできたのか？大きな謎です。このようなデタラメなことが起きた真相を明らかにすることもせずに、このようなデタラメの上に成り立っていた「ＳＴＡＰ現象」の再現性を科学的に検証しよ うとするのはあまりにも不毛です。ましてや世界に冠たる理研の科学者たちが、データ捏造が確定した（理研調査委員会 による）人間の「助言」を求めるなど、あり得ないことです。

参考

1. 「監視下で小保方氏参加実験を」　理研・竹市センター長（神戸新聞 2014/6/26 22:03）：”… 理研再生研で進められている検証実験には、小保方氏は助言しているが、立ち会ってはいないという。…”

２０１４年６月１６日
CDBに保全されているSTAP関連細胞株に関する検証について
発生・再生科学総合研究センター
センター長 竹市雅俊

背景
STAP論文では、脾臓から採取された免疫細胞が弱酸性にさらされることにより、多能性を獲得することを報告した。STAP細胞から増殖可能な細胞株としてSTAP幹細胞が作製された。STAP論文に関する疑惑が明らかになった後、山梨大学若山教授は第三者研究機関にSTAP幹細胞株のDNA解析を依頼した。その情報は理研と共有され、理研はCDBに保全されているSTAP関連幹細胞株の解析を進めてきた。
CDB小保方研STAP幹細胞株の検討目的
CDBに保全されているSTAP関連細胞株（STAP幹細胞、FI-幹細胞株）およびそれらから作出されたキメラマウスの遺伝子情報を比較解析し、各細胞株間の遺伝子レベルの相違と起源に関する客観的に検証可能なデータを得ることを目的とする。

CDBで保全されている小保方研細胞株の解析と結果
小保方研細胞株サンプルの遺伝子解析（遺伝的背景およびCAG-GFP挿入部位の確認）
• 小保方研細胞株サンプルのSTAP幹細胞６株に関して、遺伝的背景を６種のSNPマーカーを用いて検査したところ、以下の結果が得られた。GLS-1およびGLS-11については核型の解析も行った。
1. FLS-3およびFLS-4： B6129F1: CAG-GFP, ♂
2. GLS-1およびGLS-11： B6: oct4-GFP, ♂（核型の解析ではY染色体の一部に欠失が見られる）
3. AC129-1およびAC129-2: 129B6F1: CAG-GFP ♂ （129 CAG-GFP マウス由来とされたが, 129B6F1由来であることが判明）。
• CDBでは、若山氏から、STAP幹細胞のCAG-GFP遺伝子挿入位置の情報提供を受け、上記STAP幹細胞株のCAG-GFP遺伝子挿入部位を検証した。
STAP幹細胞株AC129-1およびAC129-2は、１８番染色体GFPの挿入を持つ若山研GFPマウスと同じ部位に、1コピーのCAG-GFP遺伝子の挿入を持つことが判明した。かつ、相同染色体の両方に挿入されていることも若山研GFPマウスと一致した。他方、FLS-3およびFLS-4に関しては、１５番染色体の片方の染色体にGFP遺伝子が挿入されていることが判明した。また、CAG-GFP遺伝子は複数コピーがタンデムに並んだ形で挿入されていた。
これらの結果は若山研のサンプルの解析結果と一致した。

解析結果に対する見解
１．若山氏が提供されたとされる光るマウス（CAG-GFP遺伝子保持マウス）から小保方氏がSTAP細胞を作成し、それを若山氏が受け取って樹立したSTAP幹細胞株に関して、保管されていたストックの解析から、CAG-GFP遺伝子の挿入状況の違いにより、STAP幹細胞は２種類の異なる遺伝子型のマウス由来であることがわかった。一方は、若山氏が提供した（CAG-GFPを１８番染色体にホモで持つ）もの、もう一方は由来不明（CAG-GFPを１５番染色体にヘテロで多コピー持つ）のものであった。
２．CAG-GFPを１５番染色体にヘテロで持つマウスがどこ由来なのか、そのマウス個体がSTAP細胞からSTAP幹細胞が樹立された時期に若山研（あるいは小保方研）に生存個体として存在していたのかは不明であり、今後、さらなる検証を進める。
（http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20140616_2/20140616_2_1.pdf）

小保方晴子研究ユニットリーダーが”STAP細胞”として若山教授に渡していたものは実はES細胞であったという疑惑を裏付ける事実が次々と明らかになっています。

NHKなどの報道によると、小保方研究室の冷凍庫からは「ＥＳ」とラベルされた容器が見つかり、その中の細胞の遺伝子を解析したところ、若山教授が保存していたＳＴＡＰ幹細胞の遺伝子の特徴と一致するという調査結果が出ました。

また、日経サイエンスなどの報道にあるように、小保方氏らのNATURE論文に付随するデータとして公開されていたSTAP細胞の遺伝子データ内に、胎児のうちに死亡するはずの「トリソミー」を示す情報が含まれていることが指摘されました。胎児のうちに必ず死亡してしまうので、STAP細胞を作るときに使われたはずの「生まれてから1週間のマウス」は存在しえないことになります。「存在しないもの」からSTAP細胞を作ったという小保方氏の主張は、信憑性が全くないといわざるを得ません。

STAP細胞が存在する可能性を示す科学的証拠などもともと何もなかったというのに、それでもなおSTAP細胞の存在の可能性を検証しようとすることは、果たして科学的な態度と言えるのでしょうか？

参考

1. STAP細胞 元細胞の由来 論文と矛盾 (日経サイエンス 号外 2014年6月11日)：”理化学研究所の小保方晴子ユニットリーダーが作ったSTAP細胞の一部が，論文に記したような新生児マウスの細胞から作った ものではないことが，理研の内部資料から明らかになった。小保方氏らが論文とともに公開した遺伝子データを新たな手法で解析したところ，STAP細胞に含 まれるほぼすべての細胞が，8番染色体が3本ある「トリソミー」であることが判明。マウスの場合，8番トリソミーは胎児のうちに死亡し，生まれることはな い。STAP細胞は新生児マウスから取って作ったのではなく，シャーレで培養された細胞だと考えられる。8番トリソミーは研究室で培養されているES細胞 （胚性幹細胞）の2 ～ 3割に見られるとの報告があり，この“STAP細胞” はES細胞だった可能性が高い。”
2. ＳＴＡＰ問題 冷凍庫に「ＥＳ」容器（NHK　NEWSWEB 6月16日 19時51分）：”…これについて日本分子生物学会の副理事長で九州大学の中山敬一教授は、「これまではＳＴＡＰ細胞はあるという前提で話が進んでいたが、今回の分析結果は実際にはＥＳ細胞だった可能性を強く示している。こうしたデータが明らかになった以上、ミスでは説明がつかず、人為的な混入も考えられるので、小保方さんや笹井さんがみずから会見し、説明するのが科学者としての義務だ」と指摘しています。”
3. ＳＴＡＰ細胞:小保方研究室に「ＥＳ」と書かれた容器(毎日新聞　2014年06月16日　23時32分 最終更新　06月17日　05時29分） “「ＳＴＡＰ細胞」の論文不正問題で、理化学研究所の関係者によると、理化学研究所発生・再生科学総合研究センター（ＣＤＢ、神戸市）の小保方（おぼかた）晴子・研究ユニットリーダーの研究室の冷凍庫からラベルに「ＥＳ」と書かれた容器が見つかった。

若山照彦山梨大教授が、凍結保存していたSTAP幹細胞の解析結果を報告するための記者会見を開きました。

【STAP細胞】10解析結果報告 若山照彦氏による記者会見【2014/6/16】

【STAP細胞】9竹市雅俊センター長らによる記者会見【2014/6/12】

参考

1. STAP細胞の論文問題で 独立行政法人 理化学研究所 は、小保方晴子研究ユニットリーダーが所属する理研発生・再生科学総合研究センター（CDB）の竹市雅俊センター長らが12日に会見し、一連の経緯や問題点などを自己点検した検証結果を公表すると発表しました。再発防止のため見直すべき点などを盛り込んだ「提案書」の取りまとめに向けた作業を行う、外部の有識者でつくる改革委員会が終了次第、生中継でお届けいたします。

■18:30メド～ 改革委員会によるブリーフィング

【登壇者】
岸輝雄　　 委員長
間島進吾　 委員長代理
市川家國　 委員
塩見美喜子 委員
竹岡八重子 委員
中村征樹　 委員

■20:00メド～ 竹市雅俊センター長らによる記者会見
【登壇者】
坪井裕　　理化学研究所 理事
竹市雅俊　理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター長
鍋島陽一　ＣＤＢ自己点検検証委員会 委員長

（http://live.nicovideo.jp/watch/lv182653123）

理化学研究所の研究不正再発防止のための改革委員会は、2014年6月12日に「研究不正再発防止のための提言書」を理研理事長野依良治氏に提出し、その内容が公開されました。

「小保方さん所属組織”解体”を」理研の改革委員会(14/06/12)

日本を代表する研究機関である理研で起きた前代未聞の研究不正の解明にあたり、理研内で真相と科学的真実の解明のため勇気ある行動をとっている研究者が複 数名いることは、理研にとって大きな救いである。本委員会はかかる研究者の勇気に敬意を表すると共に、このような行動により不利益な扱いをされることがな いよう、理研に対し、強く求めるものである。

Nature論文は全て撤回される見通しとなったが、STAP問題が日本の科学研究の信頼性を傷つけている事実は消えることはない。日本の代表的な研究機 関である理研が、STAP問題を真摯に総括し再発防止策を実行することができるのか、国内外から注目されている。STAP問題のような研究不正をめぐる不 祥事は、科学者自らによって解明、解決されなくてはならない。（http://news.mynavi.jp/news/2014/06/12/526/）

参考

1. 研究不正再発防止のための提言書 （独立行政法人理化学研究所 平成２６年６月１２日）（理研ウェブサイト内PDFリンク）：”…また本委員会の聴取に対し、竹市センター長は、小保方氏の採用を決めた人事委員会のメンバーは、「同時に採用された他のPIに比べ、小保方氏は研究者としてのトレーニングが不足している」、と認識していたが、小保方氏自身の研究テーマに研究予算をつける必要等を考慮すると研究員ではなくRULとして採用する必要があった、と答えている。以上の経過から、理研CDBは、小保方氏の研究者としての資質と実績を評価して、というよりも、小保方氏のSTAP研究の成果が魅力的であり、小保方氏をRULに採用することにより、iPS細胞研究を凌駕する画期的な成果を獲得したいとの強い動機に導かれて小保方氏を採用した可能性がきわめて高い。…”
2. CDB 自己点検の検証について （平成26 年6 月10 日 CDB 自己点検検証委員会) （理研ウェブサイト上のPDFリンク）
3. 研究不正の再発防止にはCDB解体など抜本的な改革が必要 – 理研改革委員会 （マイナビニュース 2014/06/12）：”…また、提言書では小保方氏の採用に信じがたい杜撰さがあったとしており、採用に加担した竹市センター長や西川副センター長(当時)、相澤副センター長(当時)などの理研 発生・再生科学総合研究センター(理研CDB)のトップにも責任があるとするほか、理研本体の研究不正防止に対する認識不足やガバナンス体制の脆弱性、責任の所在が明らかになることを怖れての及び腰での取り組みなどを指摘しており、再発防止に向け、理研に対し、対象となる論文が取り下げられた場合であっても、個人および責任の明確化と相応の厳しい処分の実施、ならびにコンプライアンス担当理事と研究担当理事の交代、そしてCDBの解体ともし新たに発生・再生科学分野を含む新組織を立ち上げるのであれば、トップ人員を刷新し、理研のためではなく、日本全体の研究力強化に貢献できる体制の構築などを掲げている。…”
4. 理研:改革委、再生研の解体提言…「関係者厳しい処分を」 （毎日新聞 最終更新　06月12日　22時09分）：”…小保方氏には「研究者としての資質に重大な疑義がある」として「極めて厳しい処分」を求め、ＣＤＢの竹市雅俊・センター長、共著者の笹井芳樹・副センター長ら幹部の処分と交代を盛り込んだ。…”
5. 竹市・笹井氏ら４人の辞任求める　理研改革委（日本経済新聞 2014/6/12 19:58）：”…再生医療の中核拠点である理研発生・再生科学総合研究センター（神戸市、ＣＤＢ）を早急に解体するとともに、竹市雅俊センター長、笹井芳樹副センター長ら上層部４人の辞任を求めた。…”
6. 「小保方氏の採用過程、信じがたい杜撰さ」　理研改革委 （朝日新聞DIGITAL 2014年6月12日21時27分）：”…通常実施する英語による公開、非公開のセミナーをせず、推薦状もない状態だったのに採用を決めるなど、「にわかには信じがたい杜撰（ずさん）さ」と批判した。…”

報道によれば、研究不正再発防止のための改革委員会が理化学研究所の理事の入れ替えを求める内容を盛り込んだ報告書を来週にも公表するそうです。STAP細胞論文不正事件の真相究明は、日本のサイエンスの信頼を取り戻すためには不可欠です。理化学研究所の運営には、自分自身の保身や組織の防衛でなく、日本の科学研究の将来を本当に考えられる人が望まれます。

理事長　野依 良治　（就任年月日 2003年10月1日）
主要経歴
1963年4月     京都大学採用
1968年2月     名古屋大学理学部助教授
1972年8月     同大学理学部教授
1997年1月     同大学大学院理学研究科長・理学部長（併任）
2002年4月     同大学高等研究院長（併任）

理事　川合 眞紀　（就任年月日2010年4月1日）
主要経歴
1985年5月     理化学研究所採用
1991年5月     同研究所表面化学研究室主任研究員
2004年3月     東京大学大学院新領域創成科学研究科教授
独立行政法人理化学研究所表面化学研究室招聘主任研究員（非常勤）
2009年4月     独立行政法人理化学研究所基幹研究所副所長（非常勤）

理事　古屋 輝夫　（就任年月日2009年4月1日）
主要経歴
1979年4月     理化学研究所採用
2006年2月     独立行政法人理化学研究所横浜研究所研究推進部長
2008年7月     同総務部長

理事　大江田 憲治　（就任年月日 2011年4月1日）
主要経歴
1980年4月     日本学術振興会奨励研究員
1982年4月     住友化学工業（株）採用
2002年7月     住友化学工業（株）生物環境科学研究所
分子生物グループ・グループマネージャー
2007年1月     内閣府　大臣官房審議官（科学技術政策担当）
2010年4月     住友化学（株）フェロー

理事　坪井 裕　（就任年月日 2012年9月19日）
主要経歴
1982年4月     科学技術庁採用
2000年6月     科学技術庁原子力局核燃料課長
2008年8月     文部科学省研究開発局開発企画課長
2009年7月     文部科学省大臣官房政策課長
2010年7月     経済産業省大臣官房審議官（地域経済担当）
2012年9月     退職（役員出向）

理事　米倉 実　（就任年月日2013年4月1日）
主要経歴
1981年4月     科学技術庁採用
2004年1月     文部科学省研究振興局基礎基盤研究課長
2006年7月     独立行政法人理化学研究所経営企画部長
2009年7月     経済産業省大臣官房審議官（地域経済担当）
2010年7月     独立行政法人宇宙航空研究開発機構執行役
2012年1月     筑波大学理事・副学長
2013年3月     退職（役員出向）
（http://www.riken.jp/about/executive/）

研究不正再発防止のための改革委員会　（平成26 年4 月10 日現在）
市川 家國 信州大学医学部 特任教授
岸 輝雄 新構造材料技術研究組合 理事長
塩見 美喜子 東京大学大学院理学系研究科 教授
竹岡 八重子 光和総合法律事務所 弁護士
中村 征樹 大阪大学全学教育推進機構 准教授
間島 進吾 中央大学商学部 教授、公認会計士
（http://www.riken.jp/~/media/riken/pr/topics/2014/20140410_2/140410_1.pdf）

参考

1. 理研の全理事に交代要求へ　改革委「自浄作用が不十分」　野依氏は除く （産経ニュース 2014.6.6 10:00）新型万能細胞とされる「ＳＴＡＰ（スタップ）細胞」の論文不正問題で、外部有識者でつくる理化学研究所の改革委員会が、理研の理事全員の交代を求める方針を固めたことが５日、分かった。来週にも公表する報告書に盛り込む。トップの野依良治理事長（７５）の交代は求めず、同氏に理事５人の最適な配置を求める。

小保方氏のSTAP論文問題は日本の生命科学研究者全体を巻き込む大騒動に発展していますが、DNAの電気泳動写真の切り貼りはどこまでなら許されるのでしょうか？雑誌の投稿規程に具体的にやってはいけないことが記述されている場合があります。

例えばMolecular Biology of the Cellの投稿規程には、

Authors may delete or crop irrelevant parts of a gel image (such as blank lanes) but should explicitly describe such manipulations in the figure legend and should add lines to the image to show where sections have been deleted. (http://www.molbiolcell.org/site/misc/ifora.xhtml)

とあり、空白のレーンなど不要な部分を除去することは構わないがその場合は除いた部分がわかるように線を引くこと、また図の説明文中にその旨をはっきりと記述することを要求しています。

Molecular Cell誌でも、

Groupings and consolidation of data (e.g., cropping of images or removal of lanes from gels and blots) must be made apparent and should be explicitly indicated in the appropriate figure legends. (http://www.cell.com/molecular-cell/authors)

 ゲルの写真でレーンを除いたりする場合には行なわれた操作が明瞭にわかるようにし、かつ、図の説明文で説明せよとあります。

Neuropsychopharmacology誌はもう少し具体的で、

Vertically sliced gels that juxtapose lanes that were not contiguous in the experiment must have a clear separation or a black line delineating the boundary between the gels. (http://www.nature.com/npp/author_instructions.html)

実験では隣接していなかったレーンを切り貼りにより並べる場合には、隙間を入れるかまたは黒い線でゲルの境界に線を入れるように求めています。

これらの規程からすると、論文には必要の無いサンプルも電気泳動してしまったためそのレーンを除いて図を作るということは、そのことを明示すれば問題ないようです。だったらレーンを並べ替えてしまってもいいのかとなると、そこまで細かい規程は見当たらずグレーゾーンに突入しているかもしれません。では同一のゲルではなく2枚のゲルのレーンを並べてもいいのかとなるとさらに疑問が膨らみます。しかし2枚のゲルの写真から一つの図を作ることが絶対にダメともいえないようで、

Molecular Pharmacology誌の投稿規程を読むと、

The groupings of images from different parts of the same gel, or from different gels, fields, or exposures must be made explicit by the arrangement of the figure (e.g., using dividing lines or ensuring white space separates lanes from different gels) and in the text of the figure legend. (http://molpharm.aspetjournals.org/site/misc/ifora.xhtml)

異なるゲルであってもレーンの間にちゃんと線を入れれば良いという記述があります。しかしさすがに移動度が極端に異なる2枚のゲルの一方を拡大・縮小して非科学的な操作により自分が合わせたいバンドの位置を合わせて並べるという行為まで許容しているとは考えにくいでしょう。

明示せずレーンを入れ替える切り貼りも、拡大縮小をデタラメに行なって2枚のゲルを張り合わせる切り貼りも、どちらもやってはいけないことです。日本のトップの研究者たちが出した論文の中で普通に「切り貼り」が行われていたという事実は驚くべきことですが、前述の２つでは悪質さの程度全く異なるため、「切り貼り」と言う言葉で両者を同列に並べるような報道姿勢は誤解を招き好ましくありません。

理化学研究所研究員2800余名が関わる過去の全論文（2万報超）にデータ捏造、改竄、盗用などの不正行為がないか自主点検

STAP細胞NATURE論文の捏造問題の処理にあたっている理研の調査委員会の調査委員長や調査委員らの過去の論文にデータ捏造、改竄の疑義が唱えられるという異常な事態になっていますが、理研の研究者は自分の過去の論文の粗探しをされることを恐れて、STAP細胞問題に関わることに尻込みしてしまっているようです。

ジャパンタイムズの記事によると、理化学研究所の元研究者トーマス・クヌッフェル（Thomas Knopfel）氏は、理研在職中に研究不正を問題にしようとしたらむしろ激しいハラスメントに会い、理研で研究を続けることが不可能になったと述べ、研究不正に関して非常に甘い理研の隠蔽体質を強く批判しています。

理研の野依良治理事長は石井俊輔氏がSTAP細胞論文調査委員会の委員長を辞任するという事態を受け、４月２５日に理研の研究リーダーらに対して、画像の切り貼りや盗用などの不正がないかを自主的に点検するよう文書で指示していたことが明らかになりました。

参考

1. 理研、論文の自主点検指示＝対象研究者２８００人余（時事ドットコム 2014/05/04-14:37）：理研では年間約２５００本の論文を出しているが、指示文書では、どの時点までさかのぼって点検するかは明示していない。
2. 理研 全研究者に論文の自主点検指示 （NHK NEWSWEB 5月4日 11時28分）：理化学研究所は少なくともこの１０年の間に書かれた論文を対象とする方針で、この間の論文の数は２万を超えるとみられるということです。
3. 小保方氏側「調査委の信用なくなった」と不信感（読売新聞　YOMIURI　ONLINE 2014年05月04日 13時25分）:「ＳＴＡＰ細胞の問題に関わると、自分の研究にも厳しい目が向けられると思うようだ」。理研のある幹部は、読売新聞の取材に対し、委員の論文の確認作業が思うように進んでいないことを認めた。
4. ＳＴＡＰ問題で理研、全研究者の論文を自主点検 （読売新聞 YOMIURI ONLINE 2014年05月04日 13時25分）：ＳＴＡＰ（スタップ）細胞の論文問題を受け、理化学研究所が、理研のすべての現職研究者約３０００人がかかわる論文について自主点検していることが３日、わかった。
5. ‘STAPgate’ shows Japan must get back to basics in science – Misconduct, and covering it up, common in nation’s labs (The Japan Times Apr 20, 2014):(Thomas Knopfel) “I personally had been severely harassed (and finally found unsuitable to continue my work at Riken) because I was not willing to tolerate events that in my word constitute ‘research misconduct.’ ”
6. ドイツ人教授「理研は“STAP”以前も改ざんあった」(テレ朝NEWS 04/17 19:01):理化学研究所の元研究者、トーマス・クヌッフェル氏：「（Q.論文の盗用など見たことがあるか？）ええ、見たことがあります。私は、それについて批判しま したが、うまくいかなかった。批判に対する前向きな反応はなく、逆に私の立場が危うくなりました。それは、理化学研究所で育まれた一種の『文化』だと思い ます」【クヌッフェル教授のインタビュー動画】