Category Archives: 科学英語ライティング



分かっていること Known


It is now well established that developmental decisions can be overridden by artificial induction of combinations of “core” TFs that yield induced pluripotent stem (iPS) cells or direct lineage conversion (Hanna et al., 2010, Morris and Daley, 2013, Orkin and Hochedlinger, 2011, Takahashi and Yamanaka, 2006, Vierbuchen and Wernig, 2011).


Increasing evidence suggests that certain malignant tumors also depend on a cellular hierarchy, with privileged subpopulations driving tumor propagation and growth.

分かっていないこと Unknown


However, despite extensive studies, many components of TLR and other biological networks are unknown, and many genes associated with disease have not been assigned to a function or a pathway.  引用元:

It has been difficult to reconcile some of these opposing data, and it is unclear whether these two effector T cell populations are related to one another or are independent subsets with distinct origins. 引用元:

While most of the studies have focused on the biology of virus-specific CD8 TRM cells, basic questions regarding CD4 TRM still remain unanswered. For example: Where do these cells come from; What is the cellular origin of CD4 TRM cells; Which environmental signals maintain them into the tissue; and finally, Are CD4 TRM cells able to rapidly respond to a second challenge? 引用元:

In contrast, mechanistic understanding of dietary modulation of small intestine (SI) physiology, where the majority of dietary exposures and interactions take place remains elusive.  引用元:


However, the mechanisms and consequences of these multi-faceted interactions are still poorly understood.  引用元:

Which of the numerous cell subsets in a tumor contribute to the response, how their interactions are regulated, and how they are spatially organized within tumors remain poorly understood (Cardenas et al., 2021; Saltz et al., 2018). 引用元:


In the nervous system, although multiple families of guidance cues have been found in the last decade, our understanding of intracellular signal transduction mechanisms leading from the cell membrane to the cytoskeleton remains limited (Mueller 1999).  引用元:


Nevertheless, the true extent of TCR cross-reactivity, and its role in T cell immunity, remains a speculative issue, largely due to the absence of quantitative experimental approaches that could definitively address this question (Mason, 1998, Morris and Allen, 2012, Shih and Allen, 2004, Wilson et al., 2004, Wucherpfennig et al., 2007). 引用元:


However, understanding the precise molecular mechanisms influencing progenitor cells is precluded by limited knowledge of stromal cell identities in the lung. 引用元:

Mutations that cause TSC are spread over the entire sequences of both TSC1 and TSC2 (26,–29), but mechanistic understanding of the functional consequences is precluded by the lack of biochemical and structural information. 引用元:



The extent to which unidirectional differentiation hierarchies underlie tumor heterogeneity remains controversial (Visvader and Lindeman, 2012).


This raises the intriguing possibility that sensory neurons targeting distinct peripheral sites may contribute differently to immune responses by engaging in local tissue-specific sensory neuro-immune circuits. 引用元:




We hypothesize that mapping the routes toward tumorigenesis in precursors of MSI-H and MSS CRCs will uncover mechanisms that define the CRC cellular landscape and identify targets with diagnostic or therapeutic utility. 引用元:


only a subset of such genes is activated in response to a given signal. Thus, a central problem in signal transduction is how this specificity is achieved. 中略 An excellent model for studying this problem is provided by the virus-inducible enhancer of the human interferon-p (IFND) gene (reviewed by Maniatis et al., 1992; Thanos et al., 1993; Tjian and Maniatis, 1994).




Drosophila provides an attractive system to understand the logic of olfactory perception because flies exhibit complex behaviors controlled by an olfactory system that is anatomically and genetically simpler than that of vertebrates. 引用元:



  1. “using” vs “by using” それとも”by”, “with”? 実験・解析の手段・方法を表す語句を正しく選ぶ



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手段はusingかby usingかbyかwithか?

論文を書いていると、「手段」を表すときの英単語として、using とby usingのどちらを使うべきかでよく迷います。withやbyという選択肢もありますので、さらに迷います。

using? by using? with? by? 何を使えば良いのか、参考になりそうなウェブサイト、書籍、および、論文中の例を紹介します。

‥‥ 「by using」と「using」はいずれも可能ですが、どちらにするかによって文意が微妙に異なります。「by using」によっては、Aを得るのに coupled cluster method だけで十分だというニュアンスが含まれます。(by, using, by using の使い分けについて エナゴ学術英語アカデミー)


(ある行為を描写している文の)動詞が受身形である場合には、byの目的語になりうるのはその行為を行う行為者を表す語のみだということである。つまり、その行為者が利用する道具、手段などがbyの目的語になることはありえない。(科学論文の英語用法百科 第1編 よく誤用される単語と表現 Chapter 29 147ページ)

能動態の場合でも、by の替わりに、(by) using、with、(by) employing、through、in terms of、by applying、(by) utilizing、(by) making use of、through use of、by means of、with the help of、with the aid of、from のような、意味がよりはっきり限定された表現を使用した方が望ましい。(科学論文の英語用法百科 第1編 よく誤用される単語と表現 Chapter 29 147ページ)







  1. The cells were examined by fluorescent microscopy using a Leica SP2 confocal microscope (Leica, Wetzlar, Germany). (doi: 10.1186/1471-2202-13-48 PMC3407521) [Google Scholar “examined by * microscopy” 約 151,000 件]
  2. Cells were examined by confocal microscopy following MitoTracker staining. (10.1371/journal.pone.0015901) [Google Scholar “examined by * microscopy” 約 151,000 件]
  3. These images were obtained by ceiling mounted X-ray sources and corresponding floor mounted amorphous silicon image detectors. (10.3389/fonc.2012.00063) [Google Scholar “obtained by * detector” 約 2,050 件] :


  1. MOR distribution was examined with a Zeiss confocal microscope using a 63× oil immersion objective. (10.1371/journal.pone.0019372) [Google Scholar “examined with * microscope” 約 7,180 件]


  1. All images were acquired using a Zeiss confocal microscope (LSM 510 META DuoScan) (10.1371/journal.pone.0009465)[Google Scholar “acquired using * microscope” 約 1,020 件]

by usingを用いた文例

  1. Living and fixed cells were imaged by using widefield microscopy as previously described. (10.1371/journal.pone.0009898) [Google Scholar “imaged by using * microscopy” 約 140 件 ]




  1. Multiple comparisons were controlled for using the Bonferroni correction (P<0.0005). (10.1038/sj.bjc.6604935) [Google Scholar ” controlled for using” 約 5,890 件]

by usingを用いた文例

  1. Day of the week effects, holidays, and epidemics were controlled for by using dummy variables. (10.1289/ehp.7387)[Google Scholar “controlled for by using” 約 2,770 件 ]



by usingを用いた文例

  1. Our findings underscore the importance of considering HER3 behavior in the context of its molecular environment, which we were able to control by using a cell line that does not endogenously express HER receptors. ( 10.1073/pnas.1617994114) [Google Scholar “by using a cell line” 約 404 件]




  1. To separate the effects of cell cycle perturbation from changes in viral gene expression, we conducted experiments using a cell line that is relatively resistant to profound growth arrest with rapamycin treatment. (10.1371/journal.pone.0014535) [Google Scholar “experiments using a cell line” 約 72 件 ]


『科学論文の英語用法百科 第1編 よく誤用される単語と表現』のChapter 29では、13ページにわたって、日本人が犯しやすいbyの誤用に関する詳細な説明があります。その中の、29.1[行為]+by+[道具]のような表現 29.1.3「道具」が手段、過程、方法、などである場合 というセクションから一つだけ例を紹介します。

誤:This integral was performed by the Newman method.

正:This integral was performed /with/using/ the Newman method.




  1. The intervertebral rotation calculated by our method during an
    extension movement was comparable to the rotation calculated by the manual method for the C2/C3 to C6/C7 segments. (Image Analysis: 20th Scandinavian Conference, SCIA 2017) [Google Scholar “calculated by * method” 約 92,700 件]


  1. The normalized mean number of division that cells have undergone was calculated using method of De Boer and Perelson, where Xn(t)  =  the number of cells undergone n divisions by time t [51]. (10.1371/journal.pone.0015154) [Google Scholar “calculated using * method” 約 44,500 件]


  1. Intraclass correlation coefficients were calculated with the method described by Snijders and Bosker. (10.1136/bmj.b5479) [Google Scholar “calculated with * method” 約 16,600 件]




  1. The level of βGeo expression was analyzed using two methods. (10.1186/1471-2202-11-62)[Google Scholar “was analyzed using * method” 約 5,180 件] [Ludwigh “was analyzed using * method 30 ]


  1. Data was analyzed with Prism 5 (GraphPad software). (10.1186/s12915-015-0167-8) [Google Scholar “data was analyzed with” 約 17,500 件]


  1. Data was analyzed by custom Matlab scripts. (10.7554/eLife.08688) [Google Scholar “data was analyzed by” 約 19,000 件]
  2. Data was analyzed by ∆-∆CT method using 18S ribosomal transcript as endogenous control. (10.1038/s41598-017-12940-0) [Google Scholar “was analyzed by * method” 約 13,300 件] [Ludwig “was analyzed by * method” 2 件]



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  3. エナゴ学術英語アカデミー パケット道場~初級アカデミック英語講座~
  4. 科学論文の英語用法百科 第1編 よく誤用される単語と表現 グレン・パケット 著 京都大学学術出版会


科学論文の英語用法百科 第1編 よく誤用される単語と表現
科学論文の英語用法百科 第2編 冠詞用法




グレン・パケット氏が『科学論文の英語用法百科 第1編 よく誤用される単語と表現』を世に送り出したのが2004年。それから実に12年もの歳月を経て、2016年に「科学論文の英語用法百科」待望の第2編が刊行されました(全5編の予定)。第2編「冠詞用法」は、書籍タイトル通り、一冊まるまる300ページが冠詞の選び方の説明に費やされています。


冠詞用法は、正式な指導を受けるとしても僅かなものにすぎないのに、ネイティブ・スピーカーはどうにかほとんど全ての人が完璧な直感的な理解を得る。… 上述のように冠詞の特殊性を認識した結果として、冠詞用法の理論を科学的理論と同様に構築することができるということに気付いた。…当然、英語における冠詞用法を説明する理論は他にも組み立てられ、異なった個人的観点から築かれた理論はどれも内容に多少の差異があるものとなるだろう。しかし、慎重に組み立てられたものであれば、そのいずれの理論でも、ネイティブ・スピーカーに共有される同一の直感的な理解に基づくため、冠詞用法についての帰結が必ず一致するという意味で同等のものでなければならない。…英語の場合は、冠詞があるため、日本語では普段示されない情報が各名詞に対して必ず示される。冠詞により名詞の意味するものがことごとく一定の形を持つかどうか、また特定、唯一、包括的などであるかどうかについて明確な情報が伝えられる。…原文を日本語として読むときは内容について何の違和感も感じないが、英語に訳そうとすると、初めて文章中に(英語から見れば)意味が曖昧な名詞があることに気付く、ということがしばしばある。その名詞が特定のものを意味しているのか、任意のものを意味しているのか、ある種類やある範囲内の全てのもの、あるいはその一部のみを意味しているのかなど、ということが判断できないわけである。また、その情報が文脈からでも分かり得ないことは少なくない。その多くの場合、訳文での冠詞用法を誤らないためには文献を調べる必要がある。…冠詞用法の基礎となるロジックをしっかり学習した上で、たくさんの用例を対象にそのロジックを熟考すると、冠詞の正しい使い方は徐々に直感的に理解できるようになる。本書が提供する指導はまさにそういった学び方を可能にするものである。 (前書きより)



  1. 『科学論文の英語用法百科』とは(京都大学学術出版会)
  2. パケット道場~初級アカデミック英語講座~  (エナゴ学術英語アカデミー):パケット道場記事一覧
  3. Paquette道場(phpBB掲示板