「 Image Jの使い方 」 一覧

Image J / Fiji のダウンロード方法、インストール方法と使い方

  2019/01/11    Image Jの使い方

ImageJは無料の画像処理ソフトです。マックでもウインドウズでもリナックスのOSでも使えて、研究で必要な画像処理が比較的簡単にできるので、バイオ研究者の間で非常によく使われています。自分も長年にわたり使ってきましたが、画像データを見直したり簡単な解析(特定の領域の平均輝度を取得するなど)を行うときには、Image Jを使うのが一番手軽で便利な方法だと思います。 Fijiの勧め 実際には、Image Jよりもさらに高機能なFijiを自分は使っています。Fijiは単にImageJそのもので(Fiji is just ImageJ)、プラグインが最初からたくさんくっついてくるだけです。Image Jは様々なデータ処理・データ解析のためにプラグインを入れることができますが、Fijiには最初からこれらのプラグインがてんこ盛りで入っていますので、いちいち後からインストールする手間がなくて良いです。顕微鏡メーカーやカメラメーカー独特の画像フォーマットでも、大抵の画像ファイルがFijiで開けてしまいます(Bio-Formatsを利用するなどして)。   Image Jのダウンロード ImageJは、https://imagej.nih.gov/ij/download.html からダウンロードできます。Fijiは、https://imagej.net/Fiji/Downloads からダウンロードできます。   Image Jのインストール方法 インストール方法は、ダウンロード後の指示に従って行ってください。   Image Jの使い方 アイデア次第でいろいろな画像処理がImageJでできますが、自分がよくやる画像処理をいくつか紹介します。 Image Jを用いて画像を二値化する方法 元画像としてカラヤンの画像をウィキペディアから拝借。 メニューからImage, Adjust, Threshold…を選びます。2つのスライダーを調節して、望む画像になるような閾値を探して決めましょう。今の場合、76-255としました。Applyボタンをクリックして適用します。   ImageJを使って細胞の数を数える方法 サンプルとしてこの血球の画像をお借りします。 この画像を使って、ImageJでカラー画像を白黒にし、2値化して、粒子解析の機能を利用して、細胞の数を数えてみます。 メニューからFile, Open…として、ダウンロードしておいた目的の画像ファイルを開きます。 メニューからImage, Type, 8-bitと順に選びます。これで白黒画像に変更されました。 メニューからImage, Adjust, Threshold…を選びます。2つのスライダーを調節して、全ての細胞が分離できそうな閾値を探して決めましょう。今の場合、183-255としました。Applyボタンをクリックして適用します。 …