Takaho A. Endo. Quality control method for RNA-seq using single nucleotide polymorphism allele frequency. Genes to Cells Published online: 21 SEP 2014. DOI: 10.1111/gtc.12178
RNA sequencing (RNA-seq) provides information not only about the level of expression of individual genes but also about genomic sequences of host cells. When we use transcriptome data with whole-genome single nucleotide polymorphism (SNP) variant information, the allele frequency can show the genetic composition of the cell population and/or chromosomal aberrations. Here, I show how SNPs in mRNAs can be used to evaluate RNA-seq experiments by focusing on RNA-seq data based on a recently retracted paper on stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP) cells. The analysis indicated that different types of cells and chromosomal abnormalities might have been erroneously included in the dataset. This re-evaluation showed that observing allele frequencies could help in assessing the quality of samples during a study and with retrospective evaluation of experimental quality.
(http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/gtc.12178/abstract)
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参考
- kahoの日記： STAP細胞の非実在について 日記 by kaho 2014年03月05日 15時10分 ：”どうしてSTAP細胞が存在しないといえるのか？私はこの論文のインサイダーではありません．従って誰がどのように間違いを犯したかどのような意図を持っていたかといったことは分かりません．しかし，彼らが公開しているデータから彼らの捏造，少なくとも完全な誤りは証明できます．彼らはそうとは知らず，自分たちの捏造を世界に公開しているのです．どのデータから？それは，次世代シーケンサーの生データからです．今 回の論文（２報）のうち片方ではChIP-seqという実験を行っています．そして（本当は論文の公開時にするべきですが）しばらくした後でこの時のデー タを誰にでも使えるように公開しました．実験の詳細は省きますが，この実験では対照実験として”input”と称した染色体配列そのものを読んでいます．これは細胞のDNAの配列がほぼランダムに断片化されて記録されているので，丁寧に見ていくとその細胞がどのような染色体構造を持っているのかが分かります．”
- 日経サイエンス号外 STAP細胞 元細胞の由来 論文と矛盾 2014年6月11日：”… まとめると， 小保方氏らがmRNAの配列を調べたSTAP細胞は2つあり，一方は通常の体細胞，もう一方はマウスから作ったSTAP細胞ではなく培養されていた多能性幹細胞だった。後者はES細胞である可能性が高い。関係者によると，結果は近く論文として発表される。”
- 研究不正再発防止のための提言書 独立行政法人理化学研究所 平成２６年６月１２日 理事長 野依良治 殿 研究不正再発防止のための改革委員会 委員長 岸 輝雄:”… 日本を代表する研究機関である理研で起きた前代未聞の研究不正の解明にあたり、理研内で真相と科学的真実の解明のため勇気ある行動をとっている研究者が複数名いることは、理研にとって大きな救いである。本委員会はかかる研究者の勇気に敬意を表すると共に、このような行動により不利益な扱いをされることがないよう、理研に対し、強く求めるものである。…”
- 職務に関わる情報の取り扱いについて 平成 26 年 5 月 27 日 ：”今般のSTAP細胞論文の問題に関する報道やインターネット上において、公表 されていない重要な情報が所定の手続きを経ることなく所外に出ているのではないかと思われる記述が見受けられます。… STAP細胞論文の問題に限らず、研究所の役職員は、法律や諸規定により秘密 保持義務が課せられているとともに、これには罰則規定があることも再認識し、
業務に精励されるよう改めて周知いたします。… ” (参考：STAP細胞の懐疑点 PART403 166 ：名無しゲノムのクローンさん：2014/06/02(月) 23:40:20.05 (http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1401713853/)、NHKスペシャル – 調査報告 STAP細胞 不正の深層 (YOUTUBE http://www.youtube.com/watch?v=A8sbTuRFZlM 46分2１秒)
