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手段はusingかby usingかbyかwithか?

論文を書いていると、「手段」を表すときの英単語として、using とby usingのどちらを使うべきかでよく迷います。withやbyという選択肢もありますので、さらに迷います。 using? by using? with? by? 何を使えば良いのか、参考になりそうなウェブサイト、書籍、および、論文中の例を紹介します。 ‥‥ 「by using」と「using」はいずれも可能ですが、どちらにするかによって文意が微妙に異なります。「by using」によっては、Aを得るのに coupled cluster method だけで十分だというニュアンスが含まれます。(by, using, by using の使い分けについて エナゴ学術英語アカデミー)   (ある行為を描写している文の)動詞が受身形である場合には、byの目的語になりうるのはその行為を行う行為者を表す語のみだということである。つまり、その行為者が利用する道具、手段などがbyの目的語になることはありえない。(科学論文の英語用法百科 第1編 よく誤用される単語と表現 Chapter 29 147ページ) 能動態の場合でも、by の替わりに、(by) using、with、(by) employing、through、in terms of、by applying、(by) utilizing、(by) making use of、through use of、by means of、with …