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リアルタイムPCRの原理、解析手法の概説、注意点などのまとめ

リアルタイムPCRは遺伝子発現量を調べる手法として今ではすっかり普通の実験になりましたが、いざ実験しようとすると再現性が悪かったり、そもそも、遺伝子発現量を議論する(絶対量?相対量?比較対象は何と何?)ためにはどういう実験デザインにしてどんな解析をすべきなのかが初心者にとってはすぐには明らかではなかったりもします。そこで、わかりやすい解説記事をまとめておきます。   リアルタイムPCRとは リアルタイムPCR(real-time PCR)は、定量PCR(quantitative polymerase chain reaction)、qPCR、RT-qPCR (Reverse Transcription quantitative PCR)などとも呼ばれもので、PCR反応で生成されている産物の量を蛍光標識してリアルタイムに測定・記録することにより、指数関数的に増幅している部分を利用して鋳型の量を定量的に解析するものです。絶対的な量を算出するか、相対的なサンプル間の比を算出するかは、実験デザインと解析方法で変わってきます。 リアルタイム PCR は、定量的逆転写 PCR (RT-qPCR) や定量的 PCR (qPCR) としても知られますが、最もパワフルかつ高感度な遺伝子解析技術の一つです。… リアルタイム PCR は、PCR増幅が起こるそのタイミングから核酸の定量を行います。(リアルタイムPCR のコンセプト 遺伝子発現の概要:入門ガイド サーモフィッシャーサイエンティフィック)   リアルタイムPCRのデータ解析方法概説 リアルタイムPCRの遺伝子発現解析をより正確に行うために(PDF)(日本バイオ・ラッド ラボラトリーズ株式会社 副島正年,井口潤一 yodosha.co.jp) 検量線を用いた相対的定量、比較Ct法(Livak法)、比較Ct法(Pfaffl法とVandesompele法) リアルタイム定量PC法の原理と活用 (PDF) (有賀博文 Nippon Suisan Gakkaishi 73(2):292-295 (2007).)PCR初期ではPCRの阻害となる要因がほとんど無いためPCRプロダクトは指数関数的に増幅する 絶対定量と比較定量の違いとは?リアルタイムPCRの主な4つのデータ解析方法(サーモフィッシャーサイエンティフィック) リアルタイムPCR再入門(PDF)(BIO-RAD)   …